Опричные земельные перетасовки причинили ущерб тем земским дворянам, которые имели поместья в Суздале и Вязьме, но не были приняты на опричную службу. Эти дворяне потеряли земли «не в опале, а с городом вместе». Они должны были получить равноценные поместья в земских уездах, но власти не обладали ни достаточным фондом населенных земель, ни гибким аппаратом, чтобы компенсировать выселенным дворянам утраченные ими владения. Земских дворян особенно тревожило то обстоятельство, что царь в соответствии с указом мог в любой момент забрать в опричнину новые уезды, а это неизбежно привело бы к новым выселениям и конфискациям. Земщина негодовала на произвольные действия Грозного и его опричников. Учинив опричнину, повествует летописец, царь «грады также раздели и многих выслаша из городов, кои взял в опричнину, и из вотчин и с поместий старинных… И бысть в людех ненависть на царя от всех людей…»

Старомосковское боярство и верхи дворянства составляли самую широкую политическую опору монархии. Когда эти слои втянулись в конфликт, стал неизбежен переход от ограниченных репрессий к массовому террору. Но весной 1566 г. подобная перспектива не казалась еще близкой. Прекращение казней и уступки со стороны опричных властей ободрили недовольных и породили повсеместно надежду на отмену опричнины. Оппозицию поддержало влиятельное духовенство. 19 мая 1566 г. митрополит Афанасий сложил сан и удалился в Чудов монастырь. Официальная точка зрения сводилась к тому, что владыка решил уйти в отставку «за немощью велик».

Однако эта версия вызывает большие сомнения. С 29 апреля по 28 мая государь уезжал из Москвы. Почему глава церкви ушел в монастырь в его отсутствие, иначе говоря, без его разрешения и благословения?

Доверие монарха к духовнику поколебалось после того, как тот выступил с протестом по поводу казней летом 1564 г., а затем отказался лично ехать в Слободу после отречения самодержца в январе 1565 г.

Грозный поспешил в столицу и после совета с земцами предложил занять митрополичью кафедру Герману Полеву, казанскому архиепископу. Рассказывают, что Полев переехал на митрополичий двор, но пробыл там всего два дня. Будучи противником опричнины, архиепископ пытался воздействовать на царя «тихими и кроткими словесы его наказующе». Когда содержание бесед стало известно членам опричной думы, те настояли на немедленном изгнании Полева с митрополичьего двора.

Поведение Афанасия, а равно Германа Полева делало честь церкви. Руководство церкви всеми силами старалось предотвратить надвигавшуюся катастрофу. Бояре и земщина были возмущены бесцеремонным вмешательством опричников в церковные дела.

Распри с духовными властями, обладавшими большим авторитетом, поставили царя в трудное положение, и он должен был пойти на уступки в выборе нового кандидата в митрополиты. В Москву был спешно вызван игумен Соловецкого монастыря Филипп (в миру Федор Степанович Колычев). Филипп происходил из очень знатного старомосковского рода и обладал прочными связями в боярской среде. Его выдвинула, по-видимому, та группировка, которую возглавлял конюший Иван Челяднин и которая пользовалась в то время наибольшим влиянием в земщине. Соловецкий игумен состоял в отдаленном родстве с конюшим. Как бы то ни было, с момента избрания в митрополиты Филипп полностью связал свою судьбу с судьбой боярина Челяднина. Колычев был хорошо осведомлен о настроениях земщины и по прибытии в Москву быстро сориентировался в обстановке. В его лице земская оппозиция обрела одного из самых деятельных и энергичных вождей. Колычев изъявил согласие занять митрополичий престол, но при этом категорически потребовал распустить опричнину. Поведение соловецкого игумена привело Грозного в ярость.

Царь мог бы поступить с Филиппом так же, как и с архиепископом Германом. Но он не сделал этого, понимая, что духовенство до крайности раздражено изгнанием Полева. На исход дела повлияло, возможно, и то обстоятельство, что в опричной думе засел двоюродный брат Колычева. 20 июля 1566 г. Филипп вынужден был публично отречься от своих требований и обязался «не вступаться» в опричнину и в царский «домовной обиход» и не оставлять митрополию из-за опричнины. Вслед за тем Колычев был посвящен в сан митрополита.

Множество признаков указывало на то, что выступления Полева и Колычева не были единичным явлением и что за спиной церковной оппозиции стояли более могущественные политические силы. По крайней мере два источника различного происхождения содержат одинаковые сведения о том, что в разгар опричнины земские служилые люди обратились к царю с требованием об отмене опричного режима.

Согласно московской летописи, царь навлек на свою голову проклятие земли «и биша ему челом и даша ему челобитную за руками о опришнине, что не достоит сему быти». По словам слуги царского лейб-медика Альберта Шлихтинга, в 1566 г. земцы обратились к царю с протестом против произвола опричных телохранителей, причинявших земщине нестерпимые обиды. Указав на свою верную службу, дворяне потребовали немедленного упразднения опричных порядков. Выступление служилых людей носило внушительный характер: в нем участвовали более 300 знатных лиц земщины, в том числе некоторые бояре-придворные. Царь отклонил ходатайство земских дворян и использовал чрезвычайные полномочия, предоставленные ему указом об опричнине, чтобы покарать земщину. 300 челобитчиков попали в тюрьму. Правительство, однако, не могло держать в заключении цвет столичного дворянства, и уже на шестой день почти все узники получили свободу. 50 человек, признанных зачинщиками, подверглись торговой казни: их отколотили палками на рыночной площади. Нескольким урезали языки, а трех дворян обезглавили. Все трое казненных — князь Василий Пронский, Иван Карамышев и Крестьянин Бундов — незадолго до гибели участвовали в работе Земского собора.

Антиправительственное выступление дворян в Москве произвело столь внушительное впечатление, что царские дипломаты вынуждены были выступить со специальными разъяснениями за рубежом. По поводу казни членов Земского собора они заявили следующее: про трех лихих людей «государь сыскал, что они мыслили над государем и над государскою землею лихо, и государь, сыскав по их вине, потому и казнити их велел». Такова была официальная точка зрения. Требование земских служилых людей об отмене опричнины власти квалифицировали как покушение на безопасность царя и его «земли».