Пропуски Синодика носят закономерный характер: если в «приказном списке» пропущен некий судебный процесс, то в списке опальных пропущены все связанные с этим делом лица. Исключение составляют записи, относящиеся к 1565 и 1571-1572 гг.

В целом пропуски Синодика незначительны. Вопреки заключению С.Б. Веселовского «приказной список» отличался большой полнотой. Приказные люди, «законспектировавшие» опричные судные дела, и не подозревали, что после гибели опричных архивов их конспекты послужат бесценным материалом для историков.

В некоторых списках Синодика подробному тексту предпослан краткий перечень опальных, насчитывающий 75 имен самых знатных из «убиенных». Краткий список был разослан по монастырям в 7090 (1582) г., подробный — в 7091 (1582-1583) г.

Сличение текстов обнаруживает, что краткий Синодик был экстрактом «приказного списка», с небольшими отступлениями от последнего. По непонятным причинам составители краткого Синодика пропустили имена нескольких бояр (Басманова и Яковлевых), а в конце приписали двух бояр, отсутствующих в «приказном списке». Опричный архив исчез. Он сгорел, был уничтожен или сгнил в подземных тайниках.

Казалось бы, никакая сила не может его восстановить. Однако новейшие методы источниковедения позволили решить задачу. Реконструированный Синодик — своего рода конспект утраченного опричного архива. Деяния опричнины описаны в этой кровавой летописи бесстрастно и точно, день за днем, месяц за месяцем. Документ дает ключ к эпохе массового террора в России.

Многолетние споры о целях и результатах опричного террора близятся к концу. …Царь был озабочен тем, чтобы оправдать бесславное окончание похода в Ливонию в конце 1567 г. Причиной отмены похода было выставлено расстройство посошной службы. Податное население — «сохи» выставляли людей, которые служили в обозе армии и волокли пушки. Ведал посошными людьми дьяк Казарин Дубровский, известный взяточник. Он не обеспечил своевременной доставки пушек на границу.

Царь велел подобрать жалобы на дьяка. Дубровский был уличен в злоупотреблениях и казнен. В царском Синодике опальных ему посвящена такая запись: «Казарина Дубровской, да 2 сына его, да 10 человек, которые приходили на пособь». Вслед за тем Грозный взялся за дворян, скомпрометированных доносом Старицкого. Опричники казнили двоюродного дядю князя Владимира Андреевича и некоторых других лиц. Как видно, дядя неосторожно намекал племяннику на возможность перехода власти в его руки.

Начавшиеся казни вызвали резкий протест со стороны высшего духовенства.

Митрополит Филипп посетил царя и долго беседовал с ним наедине. Убедившись в тщетности увещеваний, он выждал момент, когда царь со всей своей свитой явился на богослужение в кремлевский Успенский собор, и при большом стечении народа произнес проповедь о необходимости упразднить опричнину. Кремлевский диспут кратко и точно описан новгородским летописцем: 22 марта 1568 г. «учал митрополит Филипп с государем на Москве враждовати о опришнины». Диспут нарушил благочиние церковной службы и имел неблагоприятный для Грозного исход. Не получив от митрополита благословения, царь в ярости стукнул посохом оземь и пригрозил митрополиту, а заодно и всей земле суровыми карами. «Я был слишком мягок к вам, но теперь вы у меня взвоете!» — будто бы произнес он. На другой день о столкновении царя с митрополитом говорила вся столица. Церковь пользовалась большим авторитетом как среди власть имущих, так и в беспокойных низах. Народ не оставался безучастным свидетелем происходившего.

Речи митрополита наиболее подробно изложены в «Житии митрополита Филиппа» и в «Записках» Таубе и Крузе, написанных на 20-30 лет раньше «Жития». Сопоставление этих источников не оставляет сомнений в их достоверности. По существу, митрополит обратился к монарху с теми же требованиями, что и земские бояре после собора 1566 г. Он просил прекратить кровопролитие и упразднить опричнину, «твоя бо есть едина держава». Филипп молил государя, но также грозил ему Страшным Судом: «Мы приносим жертву Господеви чисту и безкровну, за тебя, государя, Бога молим, а за олтарем неповинна кровь лиется християнская и напрасно умирают»; ты, государь, благочестив, но почему «неправедная дела твориши»; «суд сотвори праведен и истин, а оклеветающая сыщи и обличи»; «О царю, свете, сиречь православна вседержавный наш государь, умилися, разори, государь, многолетное свое к миру негодование, призри милостивно, помилуй нас, своих безответных овец»; «Аще, государь, не велиши престати от сея крови и обиды, взыщет сего Господь от руки твоее».

Протест Филиппа был симптомом окончательного падения престижа царя в земщине.

Приспешники Грозного настоятельно убеждали его пустить в ход насилие, поскольку в обстановке острого внутреннего кризиса всякое проявление слабости могло иметь катастрофические для властей последствия.

Филипп нарушил клятву «не вступаться в опричнину» и должен был понести наказание. Опричники схватили митрополичьих бояр и забили их насмерть железными палицами, водя по улицам Москвы.

В Синодике убиенных записаны митрополичьи старцы Леонтий Русинов, Никита Опухтин и др. Рядом с ними на страницах Синодика фигурируют ближние люди и слуги конюшего Челяднина. Раздор с митрополитом побудил царя отдать давно подготовленный приказ о расправе с «заговорщиками».

В соответствии с официальной версией конюший Федоров-Челяднин готовился произвести переворот с помощью своих многочисленных слуг и подданных, будто бы посвященных в планы заговора. Не мудрено, что опричники подвергли вооруженную свиту конюшего и его челядь беспощадному истреблению. Царские телохранители совершили несколько карательных походов во владения Челяднина. Записи Синодика позволяют восстановить картину первых опричных погромов во всех деталях. Ближние вотчины конюшего разгромил Малюта Скуратов. Заслуги палача были оценены должным образом, и с этого момента началось его быстрое возвышение в опричнине. После разгрома ближних вотчин настала очередь дальних владений. Челяднин был одним из богатейших людей своего времени. Ему принадлежали обширные земли в Бежецком Верху, неподалеку от Твери. Туда царь явился собственной персоной со всей опричной силой. При разгроме боярского двора «кромешники» посекли боярских слуг саблями, а прочую челядь и домочадцев согнали в сарай и взорвали на воздух порохом. Об этих казнях повествует следующая документальная запись Синодика: «В Бежецком Верху отделано Ивановых людей 65 человек да 12 человек скончавшихся ручным усечением».