Были убиты знатный воевода Андрей Шеин-Морозов с сыном Григорием, Алексей Шеин, дворяне Заболоцкие.

В связи с делом о заговоре Федорова погибли Василий Борисов-Бороздин (двоюродный дядя князя Владимира Старицкого, побывавший в казанской ссылке), Иван Колычев и Федор Образцов, ранее служившие в уделе князя Владимира.

Репрессии 1568 г. затронули титулованную знать. Но главный удар опричнина обрушила на старомосковское боярство, которому царь после учреждения опричнины вверил управление земщиной.

Гибель Челяднина решила судьбу Филиппа. Вернувшаяся с Соловков следственная комиссия представила боярам материалы о порочной жизни митрополита. Оппозиция в думе была обезглавлена, и никто не осмелился высказать вслух своих сомнений.

Послушная воле царя, земская Боярская дума вынесла решение о суде над главою церкви. Чтобы запугать Филиппа, царь послал ему в монастырь зашитую в кожаный мешок голову окольничего М.И. Колычева, его троюродного брата. Филиппа судили в присутствии Боярской думы и высшего духовенства. На соборном суде главным свидетелем обвинения выступил соловецкий игумен Паисий, бывший ученик Филиппа, которому за предательство обещали епископский сан. Филипп отверг все обвинения и попытался прекратить судебное разбирательство, объявив о том, что слагает с себя сан по своей воле. Но царь отказался признать отречение Колычева. Он не забыл пережитого унижения и. желал скомпрометировать опального главу церкви в глазах народа.

Филипп принужден был служить службу после того, как соборный суд вынес ему приговор. В середине службы в Успенский собор ворвались опричники. При общем замешательстве Басманов огласил соборный приговор, порочивший митрополита. С Колычева содрали клобук, набросили разодранное монашеское одеяние. Святителя изгнали «из церкви яко злодея и посадиша на дровни, везуще вне града (из Кремля) ругающеся… и метлами биюще». Описанный эпизод дает представление о том, какую роль играл символ опричнины — метла. Битье метлой означало царскую опалу.

Признанный виновным в «скаредных делах», Колычев по церковным законам подлежал сожжению. Но Грозный заменил казнь вечным заточением в монастырской тюрьме.

Смолкли голоса недовольных в земщине. На страну опустилась мгла. Не только заговорщиков, но и всех заподозренных в сочувствии им постигла суровая кара. Вожди опричнины торжествовали победу. Но ближайшие события показали, что их торжество было преждевременным. Прошел год, и усиливавшийся террор поглотил не только противников опричнины, но и тех, кто стоял у ее колыбели.