Не следует думать, что превосходно вооруженное новгородское дворянство спокойно наблюдало за насилиями опричников. Московский дворянин Митнев посреди пира во дворце обличил тиранию царя. Среди новгородцев, надо думать, также нашлось немало мужественных людей. На Пыточном дворе монарху приходилось выслушивать не одни мольбы о пощаде. Его проклинали, ему грозили возмездием на том свете.

Опричнину окружала стена ненависти. Генриху Штадену пришлось оказать помощь нескольким опричникам, которых преследовали земцы. Опричные мародеры получили отпор и принуждены были спасаться бегством. Сам Штаден прекратил свой поход по Новгородской земле, услышав, что земские люди побили большой отряд опричных стрельцов. Бравый немец-опричник многократно преувеличил численность отряда, будто бы насчитывавшего 300 человек. Но не в его манере было выдумывать такого рода подробности.

По мере разрастания террора ширилось сопротивление насильникам. Грозный видел в этом подтверждение своих подозрений насчет всеобщей измены.

Стремясь предварить неблагоприятный поворот событий, Грозный отдал приказ о разгроме Новгорода, а также разослал отряды опричников в разные концы Новгородской земли. Террор имел целью пресечь в корне самую возможность сопротивления.

Опричники разграбили новгородский торг и поделили все ценное из награбленного между собой. Простые товары, такие, как сало, воск, лен, они сваливали в большие кучи и сжигали. В дни погрома были уничтожены большие запасы товаров, предназначенных для торговли с Западом. Ограблению подверглись не только торги, но и дома посадских людей. Опричники ломали ворота, выставляли двери, били окна.

Горожан, которые пытались противиться насилию, убивали на месте. С особой жестокостью царские слуги преследовали бедноту. Вследствие голода в Новгороде собралось множество нищих. В сильные морозы царь велел выгнать их всех за ворота города. Большая часть этих людей погибла от холода и голода.

Опричные санкции против посада преследовали две основные цели. Первая состояла в том, чтобы пополнить опричную казну, а вторая — в том, чтобы терроризировать население. В истории кровавых «подвигов» опричнины новгородский погром был самым отвратительным эпизодом. Бессмысленные и жестокие избиения ни в чем не повинного населения сделали самое понятие «опричнина» синонимом произвола и беззакония.

Вопреки обычным представлениям Малюта Скуратов из-за тяжелой раны не мог участвовать в разгроме Новгорода. Грозный сам руководил резней.

Разделавшись с новгородцами, опричное воинство двинулось к Пскову. Приезд царя всегда воспринимался в Пскове как великий праздник. И на этот раз жители города следовали обычаю. Город встретил опричную армию колокольным звоном. Люди накрывали столы и ставили их против своих дворов. В поле царя встречали воевода, дворяне и посадские люди с хлебом и солью. Впереди шествовал старший церковный иерарх, печерский игумен Корнилий и духовенство с крестами.

Царь пощадил Псков, но всю ярость обрушил на местных монахов. Он не тронул наместника Пимена в Пскове Неудачу Цыплятева, но велел отрубить голову Корнилию.

Слободской игумен не простил печерскому его дружбы с Курбским. Лишился головы и ученый старец Вассиан Муромцев, некогда переписывавшийся с изменником-боярином.

Перед отъездом царь отдал город опричникам на разграбление. Но опричники не успели завершить начатое дело.

Во времена Грозного ходило немало легенд относительно внезапного прекращения псковского погрома. Участники опричного похода сообщали, будто на улицах Пскова Грозный встретил юродивого и тот подал ему совет ехать прочь из города, чтобы избежать большого несчастья. Церковники снабдили легенду о царе и юродивом множеством вымышленных подробностей. Блаженный будто бы поучал царя «ужасными словесы еже престати от велия кровопролития и не дерзнути еже грабити святыя Божия церкви». Не слушая юродивого, Иван велел снять колокол с Троицкого собора.

Возмездие не заставило себя ждать. Под царем пал конь: «Паде конь его лутчии по пророчеству святого». Слова псковского летописца находят подтверждение в немецком «листе» 1572 г. В этом источнике слова юродивого переданы следующим образом: «Хватит мучить людей, уезжай в Москву, иначе лошадь, на которой ты приехал, не повезет тебя обратно».

Пророчество Николы сбылось. Царь поспешно покинул «город» (крепость) и перебрался в посад. Там он стоял «немного и отыде к Москве». Но перед отъездом он все же «повеле грабити имения гражан», а «церковную казну по обителем и по церквам, иконы и кресты, и сосуды и книги, и колоколы пойма с собою».

Полоумный юродивый оказался одним из немногих людей, осмелившихся открыто перечить Грозному. Его слова, возможно, ускорили отъезд опричников: царь Иван был подвержен всем суевериям своего времени. Но пророчества Николы нисколько не помешали антицерковным мероприятиям опричнины. Царь покинул Псков лишь после того, как ограбил до нитки псковское духовенство.

Псков избежал участи Новгорода по причинам, ускользавшим от внимания историков.

Эти причины раскрылись благодаря реконструкции Синодика. После сдачи Изборска Грозный приказал вывести из Пскова всех изменников. Половина из них успела добраться до мест, отведенных им для поселения. Другую половину опричники нашли в Твери, в селе Медня и в Торжке. По приказу царя Малюта устроил псковичам кровавую бойню. Ивана вполне удовлетворила резня, и только потому он пощадил прочих жителей Пскова.

Опричники не оставили в покое опальных псковичей, доставленных в московские города. «За ними были разосланы гонцы». В черновике Описи архива Посольского приказа 1626 г. упоминались «Наказы черные дворяном, как посыланы с Москвы в Слободу и по городом за псковичи…».

Согласно Синодику, в Пскове были убиты два городовых приказчика, один подьячий и 30-40 детей боярских. Очевидно, приказные люди были выселены из города ранее и стали жертвами Малюты Скуратова.

Из Пскова Грозный уехал в Старицу, а оттуда в Слободу. Карательный поход был окончен. Направление розыска об измене, как полагают, во многом определялось тем, что власть в Новгородской земле находилась в руках приказных людей, и «именно в приказных людях царь видел главных организаторов заговора» (Б.Н. Флоря).