Корабли флотилии боевых действий не вели, эпизодически совершая межбазовые переходы в Баренцевом и Белом морях. Помимо кораблей в ведении командующего флотилией состояли следующие части (на сентябрь 1918 г.): охрана водного района Архангельского порта, Служба связи, отряд тральщиков, отряд катеров-истребителей и ряд других, С 1 февраля 1919 г. штаты флотилии подверглись значительному сокращению. На тот момент из морских учреждений на Севере существовали: штаб флотилии, Дирекция маяков и лоций Северного Ледовитого океана (объединенная со службой связи), гидрографическая экспедиция Белого моря и Северного Ледовитого океана, Печорская и Северодвинская речные флотилии, Архангельский и Мурманский порты и санитарная инспекция. Позже в состав морских сил также вошла Онежская озерная флотилия. Снабжение флотилий велось через Мурманский военный порт (командир — капитан 1-го ранга Д.О. Дараган). К началу 1920 г. в составе флотилии Северного Ледовитого океана находились линкор «Чесма», 4 эсминца, 1 подводная лодка, 4 тральщика, 6 посыльных и 7 гидрографических судов, 1 плавмастерская, 2 портовых судна, 1 ледорез, 4 портовых ледокола, 4 катера, а также прибывшие с Онежской флотилии 6 катеров-истребителей и 2 моторных катера. Активную деятельность по обеспечению безопасности мореплавания, проводке транспортных судов и исследовательским работам в западном секторе Арктики осуществляли Дирекция маяков и лоций и Гидрографическая экспедиция. С занятием войсками Красной армии Архангельска (21 февраля 1920 г.), а затем Мурманска (13 марта 1920 г.) оставшиеся корабли флотилии вошли в состав Морских сил Белого моря и Северного Ледовитого океана, позже — Беломорской военной флотилии Красного флота.

Северо-Двинская речная флотилия — формирование, действовавшее в бассейне Северной Двины и созданное зимой 1918–1919 гг. в Архангельске в составе: 2 канонерские лодки (вооруженные пароходы с английской командой), 3 вооруженных парохода, 5 плавбатарей и более 10 вспомогательных судов. Флотилия находилась в подчинении командующего союзными силами на Северной Двине и действовала совместно с английской флотилией (5 канонерских лодок, 4 монитора, ряд более мелких кораблей и судов). В мае — сентябре 1919 г. Северо-Двинская флотилия совместно с английскими кораблями провела ряд удачных артиллерийских боев на участке Кургоминская, Пучуги. После эвакуации союзников она вела самостоятельные боевые действия. В конце сентября вместе с сухопутными частями флотилии пришлось отступить к устью реки Шипилиха, где при поддержке корабельной артиллерии создавался оборонительный рубеж. С началом ледостава на Северной Двине корабли перешли в Архангельск. Зимой 1920 г. состав флотилии возрос до 7 плавбатарей (со 130-мм и 203-мм орудиями и 76-мм бомбометами), 1 канонерской лодки, 13 катеров-истребителей, 4 тральщиков, 2 катеров-тральщиков, 1 плавмастерской, 7 посыльных судов и пароходов, 7 вспомогательных плавсредств. Из числа моряков флотилии было сформировано несколько рот морских стрелков, действовавших в составе войск Железнодорожного района. С падением Архангельска корабли флотилии остались в базе и впоследствии продолжили службу под красным флагом.

Печорская флотилия действовала на реке Печоре в составе войск Мезенско-Печорского (затем Пинежско-Мезенского) района. В ее состав входили 11 пассажирских и буксирных пароходов, 3 катера и 10 барж.

Онежская озерная флотилия воевала в Повенецком заливе Онежского озера. Флотилия была сформирована летом 1919 г. в составе 7 катеров-истребителей, 10 вооруженных моторных катеров, 2 вооруженных буксиров и гидросамолетов. Главной базой флотилии служил поселок Медвежья Гора (ныне — город Медвежьегорск). Экипажи кораблей укомплектовывались в основном офицерами и гардемаринами, прибывшими из Мурманска и Архангельска. В отличие от Северо-Двинской флотилии, в составе Онежской флотилии практически не было англичан. Начальник флотилии капитан 1-го ранга АД. Кира-Динжан писал: «Лишь флотилию не касался с точки зрения числа бойцов, уход союзников, т. к. […] она выполняла на озере свое дело самостоятельно, без всякого их участия. Союзники (англичане) во всех операциях брали на себя неизменно роль десанта, т. е. такую, которая давала им большую безопасность, одновременно с возможностью кое-что и приобрести (ограбление ими церквей в Кузаранде и Пудож-горе). Присланные сюда английские моряки во многом напоминали мне товарищей Дрека, Фробишера, Моргана и прочих времен Большой Флибусты. Сотрудничество английской флотилии с нашей (…) приносило лишь вред нашему делу в боевом отношении»[15].

В 1919 г. флотилия вела активные боевые действия в прибрежной зоне, используя многочисленные острова и бухты для нанесения внезапных ударов по кораблям и для нарушения коммуникаций Онежской военной флотилии красных, а также занимаясь установкой и охраной минных заграждений. Первый поход кораблей под Андреевским флагом состоялся 3 августа 1919 г., а уже на следующий день белых моряков ждал первый боевой успех. Утром 3 августа дозорная группа красной флотилии в составе двух канонерских лодок, сторожевого судна и сторожевого катера вступила в бой с тремя катерами-истребителями Онежской флотилии в районе острова Мег. Вскоре неприятельская канонерская лодка № 2, получившая подводную пробоину, выбросилась на камни, через некоторое время ее примеру последовало сторожевое судно № 3, выбросившееся у деревни Обежи. В том же бою белые захватили катер № 6 этой же группы, замаскированный у острова Сал. В результате успешного боя белая флотилия пополнилась двумя новыми единицами — вооруженным пароходом, получившим название «Сильный», и катером «Боевой».

17 августа десант с кораблей занял Кузаранду, затем — Пудож-гору. Однако в октябре противник начал наступление, и вскоре белым пришлось оставить многие недавно занятые пункты, а сама флотилия оказалась блокирована в своей базе. Но захватить Медвежью Гору красноармейцам так и не удалось. Командир флотилии строил обширные планы по ее использованию в кампанию следующего года, предлагая даже доставку на Онежское озеро подводной лодки, однако этим проектам сбыться было не суждено.

После захвата противником основных баз — Архангельска и Мурманска — существование флотилии прекратилось. Судьба многих моряков сложилась трагически. Вот что пишет об оставшихся в Медвежьей Горе Кадесников: «Вместе с группами летчика лейтенанта А.Д. Мельницкого и командира десантной роты лейтенанта Вуича были захвачены и расстреляны: лейтенант Е. Садовинский, лейтенант Добромыслов, мичман Г. Католинский, старший гардемарин А. Хмылино-Вдовиковский, П. Светухин и др. Старший кадет Былим-Колосовский сумел бежать из Петрозаводска, но был во второй раз схвачен в нескольких километрах от финской границы и убит на обратном пути при конвоировании. Некоторые из захваченных сумели сбежать и пробраться к белым на юг России, но некоторым, в том числе гардемарину Ф. Каналоши-Лефлеру, избежавшим смерти весной 1920 года на севере России, не удалось от нее уйти осенью того же года при переходе через фронт в белый Крым. Нам также известно, как лейтенанту Е. Максимову с неимоверными трудностями удалось уйти на лыжах из Медвежьей Горы в Финляндию, но и этот выдающийся офицер позднее погиб при повторном нелегальном переходе границы с разведывательной целью».

Часть офицеров и некоторое количество матросов флотилии смогли попасть в Финляндию, где их интернировали в городе Лахти-Хеннола. Моряки флотилии во главе с командиром жаждали вновь принять участие в боях с большевиками. Так, Кира-Динжан 22 июля 1920 г. говорил: «…все мы согласны ехать (в том числе и я, конечно) в любых условиях, хоть на верхней палубе всю дорогу, лишь бы попасть в Крым». Однако попасть к Врангелю не удалось: до эвакуации «острова Крым» оставалось чуть более трех месяцев…

Помимо флотилий в составе войск Северной области действовали два морских бронепоезда — «Адмирал Колчак» и «Адмирал Непенин». Они были вооружены морскими орудиями и укомплектованы флотскими офицерами. Их боевая работа доставляла немало беспокойства противнику. Так, только в феврале 1920 г. после прибытия на фронт «морского бронепоезда» «Красный моряк» большевистские войска смогли активно действовать против белых бронепоездов. Судьба экипажей бронепоездов после падения фронта также сложилась весьма драматично. Вновь обратимся к Кадесникову: «Личный состав находившихся на Двинском фронте морских бронепоездов, под командованием капитана 1-го ранга Ю.Ю. Рыбалтовского, после переворота-в Архангельске должен был бросить поезда и отступить пешком к Мурманской железной дороге, но, не доходя до станции Сороки, был окружен в деревне Сухое и принужден был сдаться. Все находившиеся здесь морские офицеры, состоявшие в командном составе бронепоезда „Адмирал Колчак“ и других, были расстреляны в Холмогорах. Свою смерть здесь нашли: капитан 1-го ранга Ю. Рыбалтовский, старший лейтенант А. Лобода, командир бронепоезда „Адмирал Колчак“ капитан 1-го ранга Н.А. Олюнин, старший офицер „Чесмы“ и бронепоезда лейтенант Ю.Н. Витте, командир миноносца „Бесстрашный“ и затем плутонговый командир бронепоезда, и мичманы — граф Г. Гейден, барон Рокосовский, старший гардемарин А. Защев и др. Только нескольким смельчакам, в том числе лейтенанту Яновицкому, инженеру-механику лейтенанту Миловскому и старшему гардемарину Еловскому удалось отбиться и на лыжах пройти тяжелый путь до Финляндии… Одной большой группе, составлявшей команду бронепоезда „Адмирал Непенин“ (командир капитан 2-го ранга Н.М. Ломан), сражающейся на Мурманском фронте, вместе с примкнувшими к ним другими офицерами и гардемаринами, удалось пробиться в Финляндию, где она была интернирована».