Первое время англичане всячески противодействовали развитию русских морских сил на Каспии. В частности, кораблям флотилии приходилось ходить под русским национальным флагом вместо военного Андреевского, что подчеркивало зависимость флотилии от английского командования. Первую боевую операцию флотилия провела в мае 1919 г. по инициативе капитана 1-го ранга К.К. Шуберта. Лучше всего о ней рассказал Кадесников: «В первой половине мая 1919 года капитан 1-го ранга Шуберт, ничего не добившись от английского командования, решил организовать поход в Астрахань на рыбачьих парусниках, именуемых на местном наречии „рыбницами“. Несмотря на видимую нелепость этого похода, настроение молодежи, покидавшей Петровск, было неудержимо бодрое. „Рыбницы“ представляли собой палубные рыбачьи парусники, грузоподъемностью до тысячи пятисот пудов, в большинстве случаев двухмачтовые с гафельным вооружением.

Как и следовало ожидать, армада капитана 1-го ранга Шуберта, состоявшая из 10 „рыбниц“, Астрахань не взяла, но с помощью Николая Угодника и благодаря храбрости молодых моряков, она в нужный момент помогла войскам генерала Драценко, наступавшим на Астрахань в направлении к северу от пристани Серебряковской. „Рыбницы“ доставляли для отряда генерала Драценко муку, боевые припасы, перевозили раненых в ближайший тыл и пр. Несмотря на слабое вооружение (пулеметы, а на некоторых горные трехдюймовые пушки на колесных лафетах), армада выдержала не один „морской бой“ с превосходящими силами красных, при минимальных потерях, как тяжелое ранение инженера-механика мичмана А. Ильина и двух-трех матросов. Эта армада была, в сущности, началом боевой Каспийской флотилии под Андреевским флагом!»[24]

После расформирования британского отряда в июне — августе 1919 г. английское командование передало его корабли русским морякам. В корабельный состав флотилии вошли переданные англичанами вооруженные пароходы, ранее принадлежавшие обществу «Кавказ и Меркурий», сильнейшими из которых были «Дмитрий Донской» и «Князь Пожарский». Флотилия также включала вооруженные пароходы «Азия», «Европа», «Кама», «Ока», «Волга», «Орленок», «Африка», «Америка», «Австралия», «Слава», «Президент Крюгер», «Араг», «Надежда», «Мануфактура», катера-истребители №№ 1—10, катера «Доброволец», «Ретвизан», «Петровск», «Успех», «Михаил», «Литта», «Орлик», «Рыбак», «Крепыш», транспорты «Ленкоранец» и «Кизил-Агач».

1 сентября 1919 г. вступило в действие «Положение о флоте Каспийского моря», согласно которому основными задачами флота являлась защита каспийского побережья, обеспечение свободы плавания торговых судов и господства антибольшевистских сил на море. В состав флота входили: штаб командующего, собственно военная флотилия в составе четырех отрядов вооруженных судов, транспортная флотилия, состоявшая из трех отрядов, охрана Петровского рейда, морская инспекция, Управление Петровским портом, Служба связи, Дирекция маяков и лоций, воздушный отряд.

В дальнейшем Каспийская флотилия провела ряд боев с кораблями Волжско-Каспийской флотилии красных в районе дельты Волги и 12-футового рейда, установила морскую блокаду Астрахани, поставив заграждение из 200 мин, оказывала поддержку войскам на приморском фланге. К началу 1920 г. флотилия насчитывала 9 вспомогательных крейсеров, 7 канонерских лодок, 2 плавбатареи, 10 торпедных и 11 сторожевых катеров, 10 плавбаз и военных транспортов, 2 авиатранспорта с 10 гидросамолетами. Артиллерийское вооружение кораблей состояло из более чем 80 орудий, в том числе 56 — калибром от 76 до 152 мм.

В начале 1920 г. Красная армия провела успешное наступление на Северном Кавказе. 5 января был занят Гурьев, 6 февраля — Красноводск. Потеря основных пунктов базирования, а также трех подорвавшихся на минах кораблей, вынудили флотилию в апреле 1920 г. перейти в Баку. Отсюда корабли ушли в находившийся под контролем англичан иранский порт Энзели. Вспомогательный крейсер «Австралия» и посыльное судно «Часовой» перешли на сторону большевиков. В Энзели флотилия фактически оказалась интернированной англичанами, а значительная часть личного состава покинула корабли. В результате проведенной 18 мая 1920 г. Красным флотом Энзелийской операции Каспийская флотилия белых прекратила свое существование, а ее корабли пополнили военно-морские силы РСФСР и Азербайджанской ССР. Личный состав (80 офицеров и свыше 200 матросов) эвакуировался через Месопотамию и 23 сентября 1921 г. прибыл на пароходе в занятый белыми Владивосток, где продолжил службу в составе Сибирской флотилии.

В 1918–1919 гг. на территории, простирающейся от Поволжья до Тихого океана, существовал целый ряд речных, морских и озерных флотилий. Наиболее крупными из них являлись: Речной боевой флот Народной армии Комитета членов Учредительного собрания (Комуча), действовавший на Волге летом — осенью 1918 г.; Речная боевая флотилия (Камская), воевавшая в мае — июне 1919 г.; Обь-Иртышская речная боевая флотилия (август — октябрь 1919 г.); Енисейская флотилия (апрель — декабрь 1919 г.). В Тихоокеанском регионе существовали Морские силы на Дальнем Востоке в составе Сибирской и Амурской флотилий, созданных еще в период Российского императорского флота. Помимо флотилий на указанной территории действовал еще ряд сухопутных и учебных флотских подразделений.

Речной Боевой флот Народной армии Комитета членов Учредительного собрания (до 1 августа 1918 г. — Речная оборона) был создан в инициативном порядке морскими офицерами, оказавшимися в Самаре после занятия города чешскими частями. Флот подчинялся Главному штабу Народной армии (впоследствии Военному ведомству). Командующий — мичман В.А. Ершов (с августа 1918 г. — командующий 1-ми 3-м дивизионами, а фактически — всего флота, контр-адмирал Г.К. Старк). К октябрю в составе флота насчитывалось более 40 вооруженных пароходов, вспомогательных судов и катеров.

Первоначально Речной боевой флот состоял из одного дивизиона. В июле он был разделен на два — 1-й, Северный (командующий — мичман Мейрер), и 2-й, Южный (мичман Дмитриев). 1-й дивизион действовал вверх по Волге в сторону Симбирска и Казани, а 2-й — вниз по реке на Хвалынск и Вольск. 10 августа, вскоре после взятия Казани, в связи с увеличением количества пароходов началось формирование 3-го дивизиона под командованием капитана 2-го ранга П.П. Феодосьева. Также был сформирован штаб Речного боевого флота. При штабе имелось отделение контрразведки (начальник — полковник Кафаров).

10 августа был сформирован Казанский водный район, в который вошли районы Волги и Камы, находящиеся под властью Комуча. Начальником района стал капитан 1-го ранга В.В. Ковалевский. Таким образом, можно говорить о том, что к августу 1918 г. в руках командования флотом сосредоточилось управление не только военными кораблями, но и транспортным судоходством.

Суда Речного боевого флота сражались под Георгиевскими флагами (согласно воспоминаниям Мейрера — «в виде ленты большого размера»), и только в августе или сентябре на них подняли Андреевские флаги. Возможно, это произошло уже после образования Временного Всероссийского правительства — Уфимской директории 23 сентября 1918 г. и назначения генерала В.Г. Болдырева верховным главнокомандующим.

Даже на импровизированных судах малочисленные команды буквально творили чудеса. Уже в начале июля в бою у деревни Климовка флотилия существенно помогла отряду В.О. Каппеля, обстреливая красных со стороны реки картечью. Затем последовали бой 10 июля под Сызранью, походы 17–22 июля на Симбирск и 1–7 августа на Казань. В этих боях белая флотилия своими решительными и успешными действиями способствовала победам отряда Каппеля и чехов.

В сентябре, после оставления Казани, 1-й и 3-й дивизионы отошли на Каму, а оттуда — на реку Белую. 2-й дивизион прикрывал эвакуацию Самары; 8 октября корабли были разоружены, а артиллерия и личный состав погружены в эшелоны и отправлены в Сибирь. Но по дороге, в Уфе, эшелоны с личным составом Речного боевого флота были задержаны по приказанию командующего войсками Камской группы генерал-лейтенанта С.Н. Люпова. Между ним и морским начальством разыгрался конфликт, причем адмирала Г.К. Старка отдали под суд за слишком поспешный уход из Камы в реку Белую, оголивший фланги сухопутных частей. Впрочем, суд его полностью оправдал. Речной боевой флот прекратил существование в октябре 1918 г., после отступления армии из района его действий и окончания навигации.