В начале 1919 г. командование ВСЮР произвело реорганизацию системы управления флотом. 15 января было утверждено «Временное положение об управлении Флотом и Морским ведомством», согласно которому руководство всеми морскими частями, находящимися на Черном, Азовском и Каспийском морях, осуществлялось командующим флотом Юга России, имевшим права морского министра. 21 марта должность командующего упразднили, организовав вместо нее морское управление ВСЮР. Его начальник получил права морского министра, подчинялся непосредственно главнокомандующему и входил в состав Особого совещания при нем. Вновь должность комфлота была восстановлена 20 августа того же 1919 г. К командующему вновь перешла вся полнота власти, а функции морского управления несколько сузились. Окончательно его реорганизовали в марте 1920 г., и в дальнейшем, вплоть до эвакуации, управление решало проблемы технического и хозяйственного обеспечения белого флота.

Весной 1919 г. началось активное наступление частей Красной армии на южном направлении. Оказался под угрозой и Севастополь. В итоге белому командованию и союзникам пришлось организовать эвакуацию кораблей и имущества, находившегося в Севастополе и в других черноморских портах, в Новороссийск. Во время эвакуации представители Антанты уничтожили немало русского имущества. В частности, около Севастополя они затопили 11 подводных лодок (из них семь новейших) и разрушили гидро-авиационную базу, а из-за царившего при эвакуации хаоса многие предметы снабжения, жизненно необходимые белому флоту, достались противнику.

В июле англичане официально открыли военные действия против большевиков, и вскоре корабли под Андреевским флагом смогли вернуться в Севастополь. Осенью союзники передали белому командованию по праву принадлежащие России линкор «Воля», посыльное судно (бывший крейсер) «Алмаз», ряд эсминцев и других кораблей.

Черноморский флот вел активные боевые действия как на Черном, так и на Азовском морях. Описать все события, происходившие на Черном море, в рамках одной главы не представляется возможным[17].

Среди основных задач, которые решал флот, значились: поддержка сухопутной войск артиллерийским огнем, высадка десантов, минные постановки. Важную роль черноморские корабли сыграли и в происходившей в марте 1920 г. эвакуации частей Белой армии из Новороссийска в Крым — одном из самых трагических событий Гражданской войны. В книге Кадесникова хорошо описана боевая работа флота: «В первых числах августа крейсер „Кагул“ под командой капитана 1-го ранга П.П. Остелецкого руководил десантными операциями в районе Одессы. Русский отряд составляли крейсер „Кагул“, эскадренный миноносец „Живой“, транспорт „Маргарита“, тральщики „Роза“ и „Адольф“, буксир „Доброволец“, катера № 52 и 58, три баржи и один быстроходный катер. Десант составлял Драгунский полк в составе 74 офицеров, 841 солдата, 253 лошадей и 38 повозок. Для связи с десантом между кораблями и берегом был назначен эскадренный миноносец „Живой“ — командир капитан 2-го ранга Кисловский. После суточного боя десантная операция окончилась успешно. 12 августа Одесса была в руках белых, несмотря на то, что силы противника превосходили более чем в десять раз».

Корабельный гардемарин, известный эмигрантский историк флота П.А. Варнек, о действиях флота в Северо-Западном районе Черного моря в 1920 г. говорил: «Нельзя отрицать того, что десятимесячная оборона Крыма оказалась возможной лишь при условии господства в море белого флота. Благодаря флоту были перевезены в Крым десятки тысяч войск из Новороссийска, Туапсе, Сочи, Одессы, потом прорвавшиеся к морю через Кавказский хребет в Адлер и Грузию кубанцы генерала Костикова и, наконец, 27 июля из Сулина — бригада генерала Бредова. Артиллерия флота позволила подошедшим в Крым слабым частям Добровольческой армии удержать перешейки. В дальнейшем флот произвел несколько армейских десантов, а его демонстрации вражеских берегов оттягивали силы красных от главного фронта. Владея морем, флот обеспечивал спокойствие и безопасность крымских берегов и беспрепятственную доставку в Крым снабжения и продовольствия, которые почти полностью шли морским путем».

Активная боевая работа черноморцев не могла остаться без внимания белого командования. 26 июня 1920 г. приказом главнокомандующего Русской армией для награждения особо отличившихся кораблей были утверждены Николаевские флаги и вымпелы. Прообразом для такой награды послужили Георгиевские флаги, введенные в 1819 г. Новые отличия появились после того, как 30 апреля 1920 г. главнокомандующий учредил орден Святителя Николая Чудотворца — высшую награду в Русской армии. Напомним, что в отличие от других белых правительств, на Юге России особо отличившиеся офицеры не представлялись к Георгиевским наградам, поскольку командование не считало возможным вручать их за участие в братоубийственной Гражданской войне.

Именно это и послужило причиной создания ордена Святителя Николая Чудотворца. Сразу же после учреждения Николаевских флагов и вымпелов новым знаком отличия отметили канонерские лодки «Страж» и «Грозный», речные канонерские лодки «Алтай» и «Урал», вооруженные ледоколы «Всадник» и «Гайдамак», вооруженные катера «Мария», «Азовец», «Никола Пашич», «Дмитрий», «Пантикопея» и «Меотида».

Решающую роль сыграл Черноморский флот в спасении частей Русской армии и беженцев после падения последнего оплота Белого движения на Юге России — полуострова Крым.

Формирования на Азовском море входили в состав Черноморского флота, подчинявшегося командованию ВСЮР, а затем Русской армии; в Таганроге находилось управление портами Азовского моря. Первыми боевую деятельность по поддержке сухопутных войск на северо-западном побережье и Керченском полуострове в январе — мае 1919 г. осуществляли прибывшие из Новороссийска и Севастополя вооруженный ледокол «Полезный», канонерская лодка «К-15» и подводная лодка «Тюлень». Позже к ним добавились несколько вооруженных транспортов и пароходов. В мае 1919 г. был сформирован отряд обороны Азовского моря под командованием капитана 2-го ранга В.И. Собецкого из 3-го дивизионов (восемь речных канонерских лодок и вооруженных пароходов), подчиненный начальнику Морских и речных сил Дона. В июне шесть канонерских лодок, три транспорта, буксир и баржа при поддержке английских и французских кораблей предприняли неудачную попытку высадить десант в районе Геническа.

С развитием наступления ВСЮР в 1919 г. в центральные районы России отряд обороны Азовского моря расформировали, корабли в июле перебросили в нижнее течение Днепра. В последующем для несения дозорной службы на Азовском море и борьбы с повстанческими отрядами на побережье периодически привлекались эсминцы, канонерские лодки и катера Черноморского флота.

Изменение оперативной обстановки в связи с наступлением Красной армии потребовало формирования в декабре 1919 г. для действий на Азовском море 2-го отряда судов Черноморского флота. При поддержке двух канонерских лодок была создана устойчивая оборона на перешейках Крымского полуострова и косе Арабатская Стрелка.

В ночь на 24 декабря 1919 г. командир канонерской лодки «Терец» капитан 2-го ранга Я.В. Шрамченко получил приказание командующего Черноморским флотом немедленно привести свой корабль в боевую готовность для срочного выхода в Азовское море. Подобное приказание получили и остальные корабли отряда. Начальником отряда судов Азовского моря был назначен капитан 2-го ранга Н.Н. Машуков. 26 декабря «Терец» под брейд-вымпелом начальника отряда вышел в море. Так началась беспримерная эпопея русских моряков, заключавшаяся в оказании поддержки войскам 3-го армейского корпуса. Для более ясной характеристики деятельности флота на Азовском море в этот период необходимо процитировать выдержку из приказа командира корпуса генерал-майора Я.А. Слащева: «В самые тяжелые периоды нашей белой деятельности канонерская лодка „Терец“ оказывала и продолжает оказывать самую широкую поддержку по защите наших позиций на Арабатской Стрелке.