На Филиппинах все еще оставались русские моряки: не прошедшие медицинскую комиссию перед эвакуацией, занятые охраной кораблей, а также лица, не успевшие вернуться с острова Минданао. С 23 мая Красный Крест прекратил снабжение флотилии продовольствием, а еще через четыре дня был ликвидирован лагерь в Олонгапо. Холостые моряки перебрались на корабли, семейные — на частные квартиры. О моральном состоянии оставшихся на Филиппинских островах людей адмирал Старк говорил: «…внутренняя солидарность и присущая обычно частям флота способность сживаться по типу дружной семьи, в данном случае отсутствовали».

Средства на жизнь и пропитание доставались русским эмигрантам с огромным трудом. За работы на кораблях, а также за пресную воду приходилось платить наличными деньгами. Группа офицеров во главе с капитанами 2-го ранга А.П. Ваксмутом и М.М. Кореневым пыталась организовать плантацию, но, увы, безуспешно. За время пребывания на Филиппинах из числа команд кораблей скончались матрос Блеткин и кондуктор Герасимов.

Помимо необходимости поддержания кораблей флотилии в должном состоянии требовалось срочно эвакуировать людей с острова Минданао, проживавших там в трудных условиях, и почти не получая денег за работу. Их удалось вывезти только после продажи первого корабля — канонерской лодки «Фарватер».

К 1 января 1924 г. в Олонгапо собралось более 200 человек. Для их эвакуации адмирал Старк решил продавать корабли. В итоге одна часть кораблей и судов была продана, другая — брошена за негодностью. Большинство личного состава, кто как сумел, перебрались в Австралию, Новую Зеландию, США, Китай или Европу. Полтора десятка морских офицеров с флотилии Старка остались в Маниле, где они организовали кают-компанию под председательством контр-адмирала В.В. Ковалевского. После Второй мировой войны они все перебрались в США.

Как и при эвакуации частей Русской армии из Крыма, во время эвакуации Приморья командованию Белой армии удалось спасти от наступающих большевиков как воинские части, так и гражданских беженцев, не пожелавших оставаться в захваченной стране. При этом эвакуация, проведенная кораблями и судами Сибирской флотилии, проходила в несравненно более трудных условиях, нежели на Юге России и своим успешным завершением она обязана именно отваге русских моряков.

Помимо корабельных соединений в Гражданской войне на Востоке России приняли участие и морские части, действовавшие на сухопутном фронте. Наиболее известными и активно воевавшими подобного рода формированиями по праву считаются Отдельная бригада морских стрелков и Отдельный морской учебный батальон вооруженных сил Всероссийского правительства Колчака.

Первым флотским сухопутным формированием, созданным на Востоке России, стала харбинская Морская рота имени адмирала Колчака, сформированная в мае 1918 г. В дальнейшем на ее основе был развернут Отдельный батальон морских стрелков Дальнего Востока при Амурской флотилии. Этот батальон базировался на Владивосток и в боевых операциях участия не принимал. 12 декабря 1918 г. верховный правитель России и верховный главнокомандующий всеми сухопутными и морскими силами России адмирал Колчак издал приказ № 73: «1. Из команд Речной Боевой флотилии сформировать в составе Морведа стрелковую бригаду шестибатальонного состава — „Отдельную бригаду Морских стрелков“. 2. Формирование производить последовательно, начиная со штаба бригады и двух батальонов и произвести дальнейшее формирование после обучения двух батальонов, причем порядок формирования должен быть таков, чтобы части были постоянно боеспособны. 3. Снабжение и пополнение команды Речной Боевой флотилии до состава двух батальонов Морских стрелков произвести из Военведа. 4. Предоставить командиру Отдельной бригады Морских стрелков права начальника дивизии». По штатам при каждом батальоне следовало иметь следующие части: специальную роту, пулеметную команду, команду связи, подрывную команду, перевязочный пункт, нестроевую команду, учебную команду. Всего в бригаде предполагалось иметь 75 офицеров, 8 военных чиновников, 1496 солдат и 207 лошадей. В состав бригады вошла часть офицеров и матросов Речного боевого флота Народной армии Комуча. Командиром бригады стал контр-адмирал Старк, помощником командира — капитан 2-го ранга П.В. Тихменев.

12 декабря 1918 г. приказом управляющего Морским министерством контр-адмирала М.И. Смирнова № 29 для бригады была установлена форма одежды защитного цвета, по образцу пехотных частей, но с рядом отличий. Так, на левом рукаве носился вышитый якорь синего цвета. Офицеры носили погоны флотского образца с вышитыми литерами «М.С.» приборного цвета с накладной медной арматурой, изображающей либо две скрещенные винтовки (для офицеров морских стрелков), либо две скрещенные пушки (для офицеров морских стрелков — артиллеристов). Унтер-офицеры и рядовые должны были носить на погонах черные буквы «М.С.». Офицерам полагалось носить оружие флотского образца (т. е. кортик), но допускалось ношение и шашек. 1 февраля 1919 г. приказом за № 45 унтер-офицерам и рядовым присвоили черные погоны с литерами «М.С.» и желтой арматурой.

К 23 марта 1919 г. в бригаде удалось укомплектовать два батальона и команду связи штаба бригады, сформированные в Красноярске. В первом батальоне по спискам числилось 1050 человек, во втором — 521. Всего по спискам в бригаде числилось 1637 человек рядового и унтер-офицерского состава, из них 236 добровольцев, остальные — мобилизованные. Состав добровольцев оказался достаточно пестрым: заявления с просьбой о зачислении в бригаду подавали самые разные люди — от офицеров флота до учеников учительской семинарии и гимназистов включительно.

Из списков личного состава видно, что бригада являлась морской только по названию и подчиненности Морскому министерству. Моряки занимали в ней только штабные и командные должности, вплоть до уровня ротного командира. Основную массу командиров составляли сухопутные офицеры разных родов оружия. Окончательно положение сухопутных офицеров в бригаде было оформлено постановлением Совета министров Всероссийского правительства Колчака № 85 от 10 января 1919 г. Был учрежден Корпус морских стрелков. В соответствии с «Временным положением об офицерах Корпуса Морских стрелков», офицеры сухопутных войск при поступлении в части морских стрелков переименовывались в морские чины.

Третий и четвертый батальоны бригады сформировались в апреле — мае 1919 г. Местом формирования третьего батальона назначалась Пермь, четвертого — Уфа.

С 23 декабря 1918 г. по 14 марта 1919 г. в составе бригады находился бронепоезд, вооруженный одним 75-мм и тремя морскими трехдюймовыми (так они называются в документах; возможно, речь идет о сухопутных «трехдюймовках» на морских станках) орудиями. Бронепоездом командовал капитан 2-го ранга П.П. Феодосьев, которою впоследствии сменил лейтенант Н.Н. Гакен. 14 марта бронепоезд передали Военному ведомству (без личного состава, орудий и боезапаса).

Стрелковое оружие для двух батальонов бригады выделялось союзниками (французами). Хотя из 1700 винтовок бригада получила почти все (1660 штук), но многие были учебные или непригодные для стрельбы.

Первоначально организация бригады предусматривала тесное взаимодействие ее с Речной боевой флотилией, сформированной для действий на Каме, даже размещение части обоза на плавсредствах. В итоге бригада действовала как самостоятельная сухопутная часть, и время от времени — совместно с флотилией.

Впрочем, в документах упоминаются и «Морские стрелки Речной боевой флотилии». В частности, 24 мая 1919 г., согласно приказанию командующего Речной боевой флотилией, был утвержден временный штат артиллерийского взвода при 1-м батальоне Морских стрелков Речной боевой флотилии. Комплектовалась морскими стрелками также комендантская полурота Нижней опорной базы флотилии, следовательно, вполне можно предположить, что и другие вспомогательные подразделения также комплектовались ими. В мае 1919 г. к штабу бригады прикомандировали пароход «Удалый» (командир — мичман Сивов).