Тело Богдана было похоронено в его поместье Субботове в тот самый день, когда Кикин прибыл в Чигирин. Через два дня гетман-избранник Юрий, Выговский и все старшины возвратились в Чигирин после похорон. 26 августа в Чигирине собралась рада казацкого войска. Ей предшествовало совещание старшин. В раде приняли; участие есаулы и сотники, а также ограниченное число рядовых казаков. На ней присутствовало несколько запорожцев, но из Запорожья не приглашали никакой официальной делегации. Рада выбрала Выговского действующим гетманом на три года, пока Юрий не повзрослеет. Это был компромисс, нацеленный на то, чтобы смягчить опасения противников Выговского.1093 Однако Выговский сразу же начал подготовку к тому, чтобы сделать правление официальным и постоянным, а также к тому, чтобы добиться независимости от царя. Хотя он и заверял царских посланников в своей верности, но продолжал находиться в тесном контакте с поляками, чей агент Станислав Беневский провел в Чигирине три месяца (август-октабрь 1657 г.).

В начале сентября Выговский отправил письмо к крымскому хану, предлагая возобновить казацко-татарский альянс. Это письмо было перехвачено запорожскими казаками, которые переслали его в Москву. Позднее посланники Выговского приехали к хану и подготовили почву для заключения официального союза, который был ратифицирован ханом в марте 1658 г.

Для того, чтобы обеспечить поддержку своей политике со стороны иерархов церкви и старшин, Выговский начал раздачу земельных наделов монастырям и доходных должностей и поместий своим сторонникам из шляхты и старшин, таким как Юрий Немирич, Григорий Лесницкий и его собственный брат Данило Выговский.1094 Юрий Немирич, подкоморий Киева, был назначен старостой Кременчуга на левом берегу Днепра1095. Наперекор казацким традициям, этот человек обращался с местными властями, как казацкими, так и муниципальными (выбранными местными общинами), как со своими подчиненными, и относился к населению Кременчуга и его окрестностей, как к своим подданным.

Один из московских посланников на Украине докладывал, что некоторые казаки жаловались ему, будто друзья Выговского и полковники, которые поддерживали его, притесняют казаков, например, запрещали им ловить рыбу в реках.1096 «Как гетман, так и его советники – миргородский полковник Грицко (Григорий) Лесницкий и другие – обременяют нас налогами и нарушают наши свободы».1097 Современный казацкий летописец замечал, что Выговский имел двойственную программу: во-первых, уничтожить тех казаков, которые не подчинялись ему; во-вторых, самому уйти из-под царского протектората и прийти к соглашению с королем Польши.1098

Чтобы упрочить свои позиции, Выговский предпринял необходимые меры для того, чтобы обеспечить себе всю полноту гетманской власти. Для этого требовалось сместить Юрия Хмельницкого с должности, которую тот занимал лишь номинально.

11 октября 1657 г. Выговский созвал новую раду в Корсуни, положил булаву (символ гетманской власти) и притворился, что покидает город. Старшины обратились к нему с петицией, прося о том, чтобы он продолжил свое пребывание в должности. Он с готовностью согласился и был избран гетманом от своего собственного лица. Правами Юрия попросту пренебрегли.1099 После этого к Юрию обращались не как к гетману, а как к гетманычу (сыну гетмана, сыну Богдана Хмельницкого). Вся эта афера была разработана и продумана старшинами, но избрание после этого якобы было одобрено всем казацким войском. Юрий Миневский, которого Выговский послал в Москву, чтобы известить царя об его избрании, сказал боярам, что на корсуньской раде присутствовали все полковники и сотники, а также двадцать простых казаков (черных людей) от каждой сотни. Миневский заметил однако, что казаки запорожского коша не были приглашены на раду.1100 Во время корсуньской рады, когда велось предварительное обсуждение ситуации среди старшин, Выговский не скрывал своих антимосковских чувств. Один раз он вынул из своего кошелька несколько медных московских монет, швырнул их на стол и презрительно сказал: «Вот этим царь собирается платить нам, а что мы можем купить на это?».1101 Полтавский полковник Мартын Пушкарь резко ответил: «Даже если царь прикажет использовать в качестве денег нарезанную на куски бумагу, я стал бы с радостью принимать такую плату, поскольку на ней стоит имя царя». В своем ответе Пушкарь продемонстрировал замечательно ясное понимание основное идеи бумажных денег – будущих французских ассигнаций.1102

Еще несколько полковников, включая Павла Тетерю и Петра Дорошенко, указали гетману, что «народ из разных сословий и чернь с левого берега Днепра будут и дальше чтить свою клятву царю и не пожелают отделяться от него». С другой стороны, трое полковников, включая Ивана Богуна, настаивали на разрыве с царем. Хотя Выговский и разделял мнение последних, он был против того, чтобы раскрывать свои планы до времени. Таким образом, на настоящий момент, полковники решили оставаться верными царю Алексею.1103

Известия об избрании Выговского были встречены с чувством общего неудовлетворения среди простых казаков, особенно на левом берегу Днепра. Кошевой атаман (кошовой, атаман коша) Запорожской Сечи, Яков Барабаш, объявил, что выборы были незаконными, поскольку делегация запорожского коша не была приглашена для участия в них. Запорожский кош считал Сечь историческим местом рождения должности казацкого гетмана подчеркивал, что сам Хмельницкий был избран гетманом в Запорожье. Барабаш объявил, что запорожский кош является сердцевиной казачества и не подчиняется городским («городовым») казакам.1104 В ноябре 1657 г. Барабаш написал письмо царю, сообщая ему, что чернь повсеместно выступает против старшин – сторонников Выговского, и что многие городовые казаки бегуг в Запорожье. Более того, он предупреждал царя, что Выговский и старшины готовятся к тому, чтобы предать царя и перейти на сторону Польши.1105

Тем временем Выговский и преданные ему старшины развязали злобную пропагандистскую кампанию против Москвы. Одним из главных пунктов этой кампании был вопрос о московских гарнизонах на Украине. В 1654 г. Богдан Хмельницкий просил царя прислать войска в Киев, чтобы защитить его от нападения поляков. Так и было сделано. Когда казацкая делегация покидала Москву в марте 1654 г. после того, как условия объединения были согласованы, бояре предложили направить московские гарнизоны в Чернигов и в Нежин" Посланники согласились, но Богдан наложил вето на этот план. Выговский в его переговорах с московскими посланниками тоже возражал против того, чтобы московские войска были постоянно расположены на территории Украины сверх тех, что находились в Киеве. Не дожидаясь окончательных результатов переговоров, Выговский и старшины, поддерживающие его, распространили слух о том, что московское правительство уже решило послать гарнизоны в украинские города без согласия гетмана. Григорий Лесницкий, один из лидеров аристократической группы старшин, пустил в обращение документ, содержавший якобы пересмотренные статьи, касающиеся объединения Украины с Россией, где речь шла о том, что вскоре казаки окажутся обманутыми Москвой. Этот документ был фальшивкой. Согласно ему, московские гарнизоны должны быть расквартированы во многих городах не только левого берега Днепра, но также и на правом. В нем также говорилось, что число реестровых казаков якобы будет уменьшено с шестидесяти тысяч до десяти, и все они обязаны будут оставаться в Запорожье.1106