Союз Выговского с Польшей сделал войну между Польшей и Москвой неизбежной. В секретном письме Беневскому от 6 сентября 1658 г. Выговский просил июльского короля немедленно прислать ему, по крайней мере, войско в тысячу человек, а если это возможно, то – в пять тысяч, чтобы изгнать московитов из Киева. Что касается крупномасштабных операции против Москвы, Выговский зависел, главным образом, от поддержки крымских татар. Он нуждался в иностранных войсках, поскольку не мог доверять казакам. Браславский полковник Иван Сербии, который и раньше был сторонником Выговского и принимал участие в неудачном походе Данилы Выговского на Киев, утверждал, что многие ветераны этой экспедиции не желают воевать против царских люди, и поэтому дезертируют из своих полков.1129 Еще один казацкий полковник говорив Шереметеву, что до этого похода Выговский казнил нескольких полковников и сотников, чтобы через устрашение заставить казаков следовать за ним.1130 В январе 1659 г. один украинский священнослужитель сказал московскому должностному лицу – Булгакову, – что гетман казнил многих казаков, подозревая их в дружеских чувствах по отношению к царю.1131

После того, как было заключено Гадячское соглашение, в польском сейме возобладали сторонники войны против Московии, и возможность признания царя Алексея наследником польского трона была забыта. Тем не менее, признавалось, что и далее следует продолжать переговоры с Москвой. Переговоры между польско-литовскими и московскими представителями состоялись в Вильно в сентябре и октябре 1658 г., но не принесли результатов.

В ноябре литовская армия и казаки Выговского начали наступление на московские вооруженные силы, расположенные в Великом княжестве Литовском. Казаки осадили Минск. Московский воевода, князь Юрий Алексеевич Долгоруков, разбил литовцев под Вильно, но ввиду действий казаков в районе Минска, решил отступить от города. В то же самое время как поляки, так и московиты пытались упрочить свое международное положение, ведя переговоры со Швецией. 20 декабря 1658 г. в городке Валиесари в Ливонии было подписано трехлетнее перемирие между шведами и московитами.

Перемирие со Швецией дало возможность Москве организовать более сильное сопротивление Польше и Выговскому. Еще до появления там царских войск, левобережная Украина стала театром восстания против Выговского в октябре 1658 г.1132 После этого в ноябре корпус московских войск в составе двадцати тысяч человек под командованием князя Григория Григорьевича Ромодановского – одного из самых талантливых московских военачальников того времени – занял город Лохвица. Вслед за этим общее собрание казаков, горожан и крестьян левобережной Украины избрало Ивана Беспалого – «значительного товарища» казацкого войска – временным гетманом.1133

В феврале 1659 г. Выговский напал на левобережную Украину. С армией казаков, поляков и татар он захватил Полтаву и еще несколько городов, но ему не удалось вытеснить войска Ромодановского Беспалого из Лохвицы. К концу марта Выговский возвратился в Чигирин. Именно оттуда Выговский направил своих представителей на сессию польского сейма, которая открылась в Варшаве 27 марта и ратифицировал Гадячское соглашение. 22 мая (по новому стилю) обе стороны – поляки и украинцы – скрепили договор клятвой.

Тем временем, московское правительство снарядило и отпраили в левобережную Украину сильную армию под командованием князя Алексея Никитича Трубецкого. В апреле это войско приблизилось к Конотопу, который охранялся отрядом казаков верных Выговскому под командованием полковника Григория Гуляницкого. Трубецкой был не в состоянии захватить город штурмом и провел два месяца в бездействии, осаждая его. В конце июня Выговский пришел на помощь конотопскому гарнизону с отрядом казаков. Его союзник крымский хан – привел сильное войско своих татар, а также с орду ногаев и белгородских (аккерманских) татар.

В то время как татары и половина казаков оставались в засаде в болотистой местности, Выговский со второй половиной казаков атаковал московитский лагерь. Трубецкой направил против них свою кавалерию. Выговский отступил, увлекая московитов в болота. 28 июня московские всадники были окружены татарами и разбиты. Цвет московской кавалерии погиб в этот роковой день. Пять тысяч человек было взято в плен. Большинство пленников было сразу же убито казаками Выговского и татарами.1134 У Трубецкого не было иного выхода, кроме поспешного отступления к границам Московии с оставшейся пехотой и артиллерией. Победителям не удалось воспрепятствовать его маршу в Путивль.

Ужас объял Москву, когда сведения о конотопском разгроме достигли столицы. Казалось, что надвигается опасность похода Выговского и хана на Москву. Правительство отдало приказ об укреплении московских фортификационных сооружений и строительстве земляных насыпей вокруг пригородов.

Тревога в Москве продлилась недолго, поскольку вскоре стало очевидно, что Выговский находился не в том положении, чтобы воспользоваться плодами своей победы. Украина переживала муки гражданской войны, которая была неизбежной, поскольку программу Выговского, включающую в себя олигархическую конституцию и объединение с Польшей, поддерживало меньшинство казаков. Кроме того, крымский хан не хотел начинать большую войну против Москвы, особенно из-за того, что он был хорошо осведомлен о разногласиях среди казаков. Поэтому он вскоре ушел в Крым с большей частью своей армии, оставив с Выговским небольшой татарский отряд. Конотопская кампания принесла татарам хорошие дивиденды. На пути домой они захватили тысячи пленников из левобережных украинских городов и деревень и взяли богатую добычу.

Не только казацкая «чернь», но и многие лидеры старшин присоединились к восстанию против Выговского. В сентябре старшины созвали общую раду в Германовке. Выговский отказался от своей должсности и бежал в ближайший лагерь польских войск, расположенный недалеко от Белой Церкви. 11 сентября Юрий Хмельницкий был избран гетманом днепровского правобережья. Чтобы воспрепятствовать какому-либо нападению со стороны поляков на левобережную Украину, а также чтобы войти в контакт с новым гетманом, Трубецкой направился из Путивля в Переяслав, до которого добрался 27 сентября и был принят переяславским казачьим полковником и всем населением. Начались переговоры между представителями Юрия Хмельницкого и Трубецким. Юрий по-прежнему был не способен править. Группа старшин проводила казацкую политику от его имени. Самым талантливым человеком в этой группе был прежний прилуцкий полковник Петр Дорошенко.

Старшины представили на рассмотрение Трубецкому перечень условий, на которых казацкая армия возвращалась под власть царя. Среди них было требование, чтобы царь вел переписку с запорожским кошем не иначе, как только через гетманскую канцелярию. Гетману должно быть возвращено право принимать иностранных послов; малороссийская церковь должна была остаться под юрисдикцией патриарха Константинопольского.1135 Трубецкой ответил, что эту программу следует представить на рассмотрение рады. Он был прекрасно осведомлен, что большинство рядовых казаков, а также горожан и крестьян в большей мере симпатизировали запорожскому кошу, нежели аристократической группе правобережных старшин. Кроме того, левобережные старшины уже проявили готовность выступить на стороне паря. Таким образом, Москва могла надеяться на свое влияние в украинских делах.