Царь вел продолжительную и оживленную переписку с Никоном, но не досаждал ему своими распоряжениями. Летом 1654 г., когда Москву поразила эпидемия чумы, Никон эвакуировал царскую семью в Калязин на верхней Волге.

После этого царь дал Никону указания самому остаться с царицей и царевичем Алексеем, чтобы обеспечить бесперебойную деятельность администрации. (Москва находилась под карантином). За управление Москвой отвечал князь Михаил Петрович Пронский. Вскоре начались бунты. Москвичи, измученные болезнями, карантином и другими санитарными мерами, введенными Пронским, обрушились на Никона за то, что он оставил Москву, и требовали суда над ним и его помощником Арсением Греком. Более того, городской люд жаловался, что многие священники покинули Москву после отъезда патриарха и что, в результате этого, многие церкви закрыты, и не хватает священнослужителей, которые могли бы исповедать и причастить больных и умирающих.

Эти жалобы на Никона и Арсения явились первой публичной демонстрацией оппозиции Никону и его церковным реформам со стороны староверов. Пронский собрал вместе старшин и влиятельных членов московских купеческих и городских «сотен», и с их помощью ему удалось умиротворить население. Вскоре после этого сам Пронский умер от чумы (11 сентября). В октябре болезнь начала идти на убыль.1223

В то время, как староверы считали чуму божьим наказанием за церковные реформы Никона, сам Никон придерживался мнения, что чума явилась господним наказанием за вмешательство царя и бояр в права церкви в своде законов 1649 г. Царь согласился на время остановить действие оскорблявших церковь статей свода во владениях патриарха, но это не удовлетворило Никона, и он хотел, чтобы царь отменил их повсеместно.

Никон понимал, что боярская оппозиция по отношению к нему резко возрастает. Многие бояре были оскорблены, как они считали, его высокомерием по отношению к ним. Трехлетний срок, в течение которого Никон обещал царю исполнять службу патриарха, истекал 25 июля 1655 г. В это время царь вместе с армией находился в Литве. Он вернулся в Москву 10 декабря, и вполне вероятно, что после этого Никон попросил царя Алексея позволить ему сложить с себя обязанности патриарха и уйти в отставку. Алексей настаивал на продолжении Никоном службы в этой должности, и тот, в конце концов, согласился.

В течение второго срока пребывания Никона в должности патриарха (1655-1658 гг.), отношения между ним и царем складывались не так гладко по сравнению с первым сроком (1652-1655 гг.).

Хотя в начале второго срока царь держал сторону Никона против бояр, но жалобы последних накапливались и не могли со временем не подействовать на царя. С психологической точки зрения, лично участие Алексея в войне против Литвы и Польши (1654-1655 гг.) и в еще большей степени – против Швеции (1656 г.) укрепило его в сознании собственной власти как царя и главнокомандующего армией и, одновременно, сделало независимым от Никона. Теперь Алексей начал возмущаться по поводу титула «Великий государь», который сам пожаловал Никону в 1653 г.

Что касается церковных дел, то когда царь вернулся из Литвы 1 декабре 1655 г., то обнаружил патриарха Антиохии Макария в Москве. Никон пользовался авторитетом патриарха Макария для решительного введения греческих образцов в русский церковный ритуал. Макарий, высоко ценивший Никона за грекофилию, пользовался высоким доверием царя. Но он значительно сильнее уважал царя, как возможного спасителя греко-православных народов Ближнего Востока от исламского ига.

В определенном смысле, экуменическая политика Никона оборачивалась против него самого, поскольку царь и бояре в случае несогласия с Никоном могли апеллировать высоким авторитетам – восточным патриархам.

Серьезный конфликт произошел между Адексеем и Никоном после смерти киевского митрополита Сильвестра Коссова. Царь и бояре хотели воспользоваться этим случаем и посадить на киевский престол кандидата, который бы устроил царя, и чтобы тот был возведен, в сан Никоном. Некоторые украинские иерархи желали следовать именно этой процедуре, но Никон, по каноническим соображениям, отказался действовать без согласия патриарха Константинопольского. Царь Алексей был разъярен и ругался на Никона, используя самые грубые выражения.1224

Изменение царского отношения к Никону обратило его на сторону религиозных оппонентов Никона, Бояре следовали в этом отношении за царем, что видно на примере случая Ивана Неронова. Никон отдал приказ о его ссылке на север России в августе 1653 г. Два года спустя ему удалось бежать из монастыря и с помощью Стефана Вонифатьева и ряда влиятельных бояр в декабре 1655 г. он тайно проник в Москву. В день Рождества он принял монашеский постриг под именем Григория.

Это означало, что он прекращал противостояние существующей церкви. Однако публично он не отрекался от старого обряда, и для многих старообрядцев отец Григорий продолжал оставаться авторитетом. 8 мая 1656 г. во время обедни, которую служили два патриарха, Никон и Макарий Антиохийский, Григория подвергли анафеме.1225

11 ноября 1656 г. умер Стефан Вонифатьев. И Никон, и Неронов были глубоко опечалены. Психологически общая скорбь, казалось бы, сгладила враждебные отношения, хотя бы на короткое время и 4 января 1657 г. Неронов заявил Никону о своем желании принять вероисповедание московской церкви и восточных патриархов. Никон с готовностью и благосклонностью отнесся к смирению Неронова, не требуя отречения от старого обряда. По этому случаю он сказал Неронову: «Есть много хороших книг, как среди заново напечатанных, так и среди старых. Ты можешь пользоваться теми, которые тебе по нраву».1226

Заявление Никона явилось свидетельством знаменательной перемены в его взглядах на место церковного обряда в культовом служении. Совет, полученный им от патриарха Константинопольского Паисия в 1655 г. и сначала отвергнутый, по всей видимости, был тщательно обдуман и принят.

К 1657 г. Никон осознал, что патриарх в одиночестве, недостаточно силен, чтобы совладать с царем и боярами. Ему нужна была поддержка общественного мнения внутри церкви, ценностью которого он до этого пренебрегал. Установление мира с прежним противником внутри церкви, человеком благочестивым и целомудренным, таким, как Неронов, было важно для Никона не только с этической точки зрения, но также и исходя из практических соображений.

К несчастью для Никона (и для русской церкви), перемена его взглядов на значение церковного обряда наступила слишком поздно. Хотя Неронов и принял установившуюся церковь, он не стал другом Никона. А шаг Неронова осуждался, как отступничество, протопопом Аввакумом (тогда все еще находившегося в сибирской ссылке) и другими непримиримыми лидерами старообрядческого движения.

Второй трехлетний срок патриаршества Никона, как это было согласовано между ним и царем Алексеем, должен был закончиться в июле 1658 г. К началу этого года Никон осознал, что царь, поддерживаемый боярами, не намерен отменять те положения свода законов 1649 г., которые Никон считал оскорбительными для церкви. Наоборот, бояре стали пренебрегать соглашением 1652 г. между Никоном и Алексеем, согласно которому действие этих положений временно приостанавливалось.

Для Никона это означало нарушение царем и боярами торжественной клятвы, принесенной перед возведением Никона в сан патриарха. Вся ответственность, с точки зрения Никона, ложилась на царя, потому, что нарушив клятву, царь разрушил диаду и, в чем Никон был убежден, совершил смертный грех, за который не только он, но и весь русский народ будет наказан Господом. Никон чувствовал, что его долг патриарха в том, чтобы совершить последнюю попытку заставить царя одуматься и восстановить «симфонию» церкви и государства. Следуя духу проповеди Иоанна Хризостома о Добром Пастыре, Никон решил взять царский грех на себя и уединиться, если царь не раскается.1227