В задачу комиссии не входило делать какие-либо собственные заключения, она должна быда только допросить свидетелей и участников событий и представить в правительство отчет о своем расследовании. Свидетели дали разные показания по поводу смерти царевича. Сведения тех, кто утверждал, что Дмитрия убили, не скрывались. Кроме расследования обстоятельств смерти Дмитрия, комиссия также собирала информацию о роли Нагих в мятеже и природе бунта горожан.450 Следователи работали в Угличе до 30 мая и вернулись в Москву 1 июня.

24 мая Москву потрясли ужасные пожары, начавшиеся одновременно в разных частях города. Летопись, написанная после канонизации царевича Дмитрия, объясняла пожары Божьей карой за убийство царевича.451 Но в действительности пожары были результатом работы поджигателей. Их главарей схватили, и они показали перед боярами, что им за это заплатили люди Афанасия Александровича Нагого, и что Афанасий разослал своих людей организовать поджоги и во многих других городах, в том числе, в Чусовой на Урале.

28 мая царь Федор отправил Максиму Строганову в Чусовую грамоту с извещением об опасности и приказанием принять все меры предосторожности для предотвращения поджогов.452 Подобные грамоты, по всей вероятности, были разосланы и в несколько других городов.

Правительство, таким образом, столкнулось с двумя проявлениями изменнической деятельности Нагих: открытым мятежом в Угличе и поджогами, или попыткой поджогов, в Москве и других городах.

2 июня комиссия представила царю свой отчет, царь передал его патриарху и собору епископов. Епископы решили, что смерть царевича – деяние Божие, а Михаил Нагой и посадские Углича виновны в пролитии невинной крови и заслуживают наказания. Выбор наказания оставили за светскими властями.

Мать Дмитрия, царица Мария, приняла постриг под именем Марфы и была отправлена в монастырь близ Белоозера.

Никого из Нагих не казнили. Троих (Михаила Федоровича, его отца Федора Федоровича и двоюродного брата Михаила, Андрея Александровича) сослали в отдаленные города и заключили в темницу. Их собственность конфисковали. Такому же наказанию, по всей видимости, подвергся и Афанасий Александрович.

Углицких посадских, принимавших активное участие в мятеже, выслали в Сибирь на поселение в недавно основанном городе Пелыме. Наказание в этом случае содействовало проекту колонизации Сибири.

Подавив выступление Нагих, московское правительство должно было принять необходимые меры для защиты от надвигающегося нашествия крымского хана Казы-Гирея. Татар поддерживали Малые ногайцы (жившие тогда на Северном Кавказе между Кубанью и Нижним Доном).

Одновременно на северо-западе ожидали нападения шведов, и значительное количество русских войск необходимо было держать там. Поскольку вооруженные силы русских были, таким образом, разделены между двумя фронтами, армия, выставленная против Казы-Гирея, была недостаточно многочисленной, чтобы справиться на открытой местности с татарами.

Поэтому весьма реальной была опасность того, что Казы-Гирей дойдет до Москвы, как в 1571 г. Девлет-Гирей. Катастрофа того года – сожжение татарами Москвы – еще не стерлась из памяти. Была проведена серьезная подготовка, чтобы предотвратить повторение несчастья двадцатилетней давности. Напомним, что 24 мая часть города пострадала от пожаров и, возможно, была еще не полностью восстановлена.

Правительство решило разместить передовые отряды войска в Серпухове и укрепить подходы к самой Москве. На недавно законченной стене (Белом Каменном городе), окружавшей основную часть города (большой посад), установили пушки. Для защиты внешних посадов, вокруг них возвели деревянные стены. Чтобы предотвратить проникновение татар с юга через Замоскворечье (в излучине реки Москвы) к Кремлю453, построили деревянную башню на колесах и оснастили ее легкими полевыми пушками.454

Царь Федор назначил первым воеводой Большого полка князя Федора Мстиславского, а вторым – Бориса Годунова. Кроме того, под их командованием создали военный совет из пяти военачальников, включая Богдана Вольского.455 Фактическим главой совета являлся Борис Годунов, главным военным экспертом – Богдан Вольский.

Чтобы поднять дух и религиозные чувства московитов, царь Федор и патриарх Иов напомнили им о благословении, данном св. Сергием в 1380 г. великому князю Дмитрию на борьбу против хана Мамая, и о его последующей победе на Куликовом поле на Дону (после чего князя Дмитрия стали называть Донским).456 Для увековечения этого события была тогда написана икона Божьей Матери, которую Дмитрий Донской по традиции передал в Благовещенский собор в Москве.457 Она стала известна, как икона Донской Божьей Матери.

Во время напряженного ожидания татарского нашествия царь Федор и патриарх Иов призвали народ молиться перед этой почитаемой иконой, а также перед ликом св. Сергия.

4 июля хан и его татары подошли к Москве. Их встретили пушечные залпы с городских стен и башен. В излучине Москвы-реки русские, под защитой передвижной башни, отбили все атаки татар.

Татары не предполагали, что Москва так хорошо укреплена, и не ожидали встретиться со столь мощным сопротивлением. Не сумев взять Москву штурмом с одного удара и понеся огромные потери, они упали духом. Кроме того, через своих шпионов они узнали, что к Москве движутся дополнительные войска русских. Ночью хан дал приказ отступать. Русская конница преследовала его до самой Оки. Москва была спасена.

Это оказалось последним крупным набегом крымских татар во время царствования Федора.

В следующем году царь Федор повелел построить монастырь на том месте, где во время сражения выдержала атаку передвижная башня. Была выполнена копия иконы Донской Божьей Матери, которую поместили в монастырской церкви. Этот монастырь стал известен под названием Донской.458

Победа над татарами позволила московскому правительству сконцентрировать внимание на угрозе со стороны шведов. Целью Москвы в войне со Швецией было вернуть не только древнюю русскую территорию Ингрию (с городами Ивангород и Копорье), отданную шведам в 1583 г., но и Нарву, находившуюся во владении русских с 1558 по 1583 г. и ставшую за то время оживленным торговым портом.

В январе 1590 г. русские вновь захватили Ингрию, но не смогли взять штурмом Нарву. Война возобновилась в 1591 г. и продолжалась два года без решающих результатов. В 1593 г. было заключено перемирие, по которому Нарва осталась за Швецией. Московскому правительству стало ясно, что понадобятся большие усилия, чтобы вернуть этот порт. Продолжение войны означало бы вовлечение этот конфликт Литвы и Польши. Борис Годунов считал, что нужно пойти на компромисс.

16 мая 1595 г. Москва и Швеция подписали договор о «вечном мире». Шведы согласились уступить Руси Ингрию, но оставили за собой Нарву459 и поэтому праздновали этот договор, как свой большой успех. Москва тоже была удовлетворена договором, поскольку возвращение Ивангорода и Копорья закрепляло ее позиции в устье реки Невы.

Шведы не смогли в полной мере использовать Нарву в качестве торгового порта, и поток товаров через этот город быстро сократился. Для Руси большее значение, чем прежде, приобрел северный торговый путь через Белое море.

До 1584 г. монополию на торговлю с Московией по северному пути держали английские купцы, но в тот год их позиции сильно поколебал провал миссии Джерома Боуса.