Что касается военных дел, то Годунов решил не только реорганизовать вооруженные силы под своим командованием, но и построить укрепленную линию для защиты южной части Тобольской провинции (районы Шадринска и Тюмени).

Работа по возведению линии началась на востоке у городка Тарханский острог на реке Тобол. Оттуда она прошла вверх по Тоболу к Ялуторовску, а затем на запад вверх по реке Исеть, через Шадринск и Далматово к Уральской горной гряде. Общая длина линии должна была составить 472 версты. Она состояла из засек (преград из поваленных деревьев в лесных районах) и в некоторых местах из рвов и земляных валов. Между существующими укрепленными городами Дополнительно построили несколько новых крепостей. За время службы Годунова на этом посту линию полностью не закончили, однако она служила своей цели.

Сибирские вооруженные силы первоначально состояли из стрельцов, казаков и вспомогательных отрядов местных жителей. В самой Московии, начиная примерно с 1630 г., при помощи иностранных специалистов создавались новые армейские подразделения. Большую часть из них расформировали после неудачной войны с Польшей 1632-1634 гг. При царе Алексее эксперимент повторили в более широком масштабе, и отряды нового типа – рейтары (кавалерия) и солдаты (пехота) – постепенно стали основой московских армий.

В 1661 г. один из предшественников Годунова в Тобольске, князь Иван Хилков, организовал два отряда модернизированных войск, кавалерийский и пехотный. Людей набирали на месте и отдавали на подготовку к инструкторам, каких смогли найти, большинство из которых сами не имели представления о новых методах.

Эти войска стояли небольшими отрядами в городках и селениях южной части Тобольской провинции. Когда Годунов прибыл в Тобольск, количество рейтаров приближалось к семи сотням человек, солдат – к 850. Годунов нашел, что все они недостаточно подготовлены, большинство плохо вооружены, а их содержание – слишком дорого. Кроме того, Годунов понял, что и рейтары, и солдаты не соответствуют своей задаче – сражаться с калмыками или татарами. Рейтаров – тяжелую кавалерию – готовили воевать крупными отрядами: метод эффективный в войнах против Польши и Швеции, но не со степной конницей.

В связи с этим Годунов заменил два отряда одним, хорошо подготовленным подразделением легкой кавалерии – драгунами. Кавалерия драгун была более подвижной, чем рейтарская, и обучена воевагь в пешем строю, на случай если возникнет такая необходимость.

Чтобы сократить расходы на новый отряд, Годунов установил для солдат и офицеров значительно более низкое жалованье. В качестве компенсации тем и другим дали право получить земельные участки, размер которых зависел от чина. Младшим офицерам полагалось от 9 до 24 десятин; старшим офицерам – от 27 до 90. Этот принцип применялся также к жалованьям других категорий жилых людей в Сибири.

Чтобы поддержать производство сельскохозяйственной продукции, Годунов принял меры к увеличению количества земель, обрабатываемых для государственных нужд (государева или десятинная пашня). В районах Тюмени, Тары и Пелыма провели перепись пахотных земель, чтобы предотвратить уклонение крестьян от сдачи зернового налога. Целью Годунова было сделать Сибирь производящей достаточно сельскохозяйственной продукции для того, чтобы ежегодная доставка зерна из Перми в Тобольск стала ненужной. Это ему удалось.

Ища способы увеличить государственные доходы в Тобольской провинции, Годунов приказал проверить население города Трбольска, чтобы выявить горожан, не зарегистрированных ни как служилые, ни как члены посадской (городской) тягловой общины. Таковыми являлись различные младшие родственники горожан: сыновья, младшие братья или племянники, которые, таким образом, до сих пор избегали службы или тягла (налогооблагаемого статуса).

Если в армии или администрации находились вакансии, этих младших родственников регистрировали на службу; остальных объявляли посадскими, как и младших родственников обычных посадских.

Практически на все категории населения (служилых, посадских, крестьян, казаков) наложили разного рода повинности. Работа из включала в себя постройку или ремонт речных судов и мостов, пре доставление лошадей и повозок для транспортировки соли и топлива, уборку и ремонт улиц Тобольска и так далее. Все работы были действительно необходимы, да беда в том, что людям за нее не платили. Система, выгодная для государственной казны, но ненавистная народу, привела к многочисленным жалобам на Годунова.

Значительно более конструктивными были усилия Годунова по развитию промышленности, например, строительство мастерских две изготовления канатов, веревок и такелажа; винокуренного завода и железоделательных мастерских. Кроме того, Годунов также разведал месторождение серебряной руды.

Огромное значение имела поддержка Годунова таких научных работ, как создание общей карты Сибири и сбор данных о Китае.

Годунов прекрасно понимал важность глубокого знания ресурсов и потребностей страны, за которую он нес ответственность Для широкомасштабного сбора информации он использовал официальные каналы, отсюда его инструкции подчиненным, программы переписей и т.д.

Обычно он предпринимал подобные шаги, предварительно обсудив их в узком кругу своих неофициальных советников, людей которым он доверял, хорошо знавших эту страну и живущий здесь народ. Среди членов этого неофициального кружка был стрелецкий сотник Ульян Ремезов, человек острого ума, глубоко интересовавшийся географией и историей Сибири, многие считали его волшебником.1423

Кроме опоры на эту группу постоянных советников, Годунов всегда стремился получить информацию и помощь от местных людей. Так, при поисках месторождений железной руды в бассейне реки Исеть, Годунов положился на монаха Далматовского монастыря – Лота, горного специалиста-самоучку.

С другой стороны, со своими подчиненными в Тобольске и других городах Тобольского разряда Годунов вел себя надменно и властно. Исполненный идеей государственного приоритета и являясь в Тобольске представителем царя, Годунов требовал полного подчинения и уважения от своего младшего воеводы, князя Ф.Ф. Бельского, секретарей (дьяков) и других чиновников администрации, а также от народа в целом. Он считал своим долгом демонстрировать государственную власть при всех официальных действиях.

Тобольские служащие жаловались, что, когда Годунов работал в своем кабинете правительственного здания (приказной избе) в Тобольске, он выставлял охрану на улице под окнами. Они должны были стоять на часах без головных уборов как зимой, так и летом. «Никто из предыдущих воевод не требовал этого».

Когда Годунов по праздникам или торжественным случаям посещал службу в соборе, он организовывал впечатляющую процессию; по таким дням на площади перед собором устанавливались десять пушек.

Из-за высокомерного поведения Годунова и его попытки сконцентрировать высшую административную власть над всей Сибирью в собственных руках, он постоянно не ладил с другими сибирскими официальными лицами, такими как князь Бельский, воевода Верхотурья – Иван Колтовский и др. Многие из них жаловались в Москву. Поначалу их жалобы игнорировались, и в июне 1668 г. князя Бельского сняли с должности и вызвали в Москву. Годунов снова мог чувствовать себя в безопасности.

Но в следующем году в Москву поступили новые жалобы. В июне 1670 г. совместная делегация от тобольских служилых людей разных категорий, татар Тобольска и Тары, а также крестьян Тобольского района отправилась в Москву протестовать против новых налогов и повинностей, наложенных на них Годуновым. Это было разинского восстания, и московское правительство внимательно относилось к настроениям военнослужащих и крестьян. В октябре Годунова освободили от должности и возвратили в Москву. Его неофициальных советников, включая Ульяна Ремезова, выслали в отдаленные города (Ремезова сослали в Березов). Большую часть финансовых мер Годунова, считаемых населением непосильными, аннулировали.