Царь Иван IV оказал казацкой делегации Ивана Кольцо милостивый прием, щедро одарил посланцев – среди подарков была кольчуга великолепной работы – и отправил обратно к Ермаку. 10 мая 1583 г. князь Семен Волховской получил указ царя проследовать в Сибирь с дружиной в 300 стрельцов. Кроме этого, Строгановым предписывалось предоставить Волховскому 40 добровольцев из числа своих людей.

На пути в Сибирь Волховской с отрядом остановился на зиму 1583-1584 гг. на территории Строгановых. Но отряд прибыл в Кашлык только в ноябре 1584г., а казаки не заготовили необходимого количества провианта. К концу зимы Волховской и несколько его людей умерли от голода.

Кучум и его последователи продолжали доставлять русским беспокойство. Они были недостаточно сильны, чтобы вести против казаков настоящую войну, но заманивали небольшие группы казаков в ловушки или захватывали их врасплох ночью. Так погиб Иван Кольцо, а затем и сам Ермак. Легенда говорит, что, пытаясь спастись от нападавших, Ермак бросился в Иртыш, но тяжелая кольчуга (подарок царя Ивана) потянула его на дно, и он утонул (август 1585 г.).

Яркая личность Ермака произвела неизгладимое впечатление и на русских, и на татар. Сказания о подвигах Ермака были после его смерти занесены в сибирские летописи, о нем сложили много исторических песен (былин). Некоторые из этих песен начинаются описанием собрания (круга) донских казаков, созванного чтобы решить, как избежать наказания за разбой на Волге.

После гибели Ермака уцелевшие казаки и люди Волховского покинули Кашлык и начали отступление назад, к Уральским Горам. Казалось, что русским завоевать Сибирь так и не удастся.

К этому времени, однако, московское правительство царя Федора (сына и преемника Ивана IV) ясно осознало значение Сибири и предприняло энергичные шаги к восстановлению и упрочению русского контроля над этой огромной территорией. Вдохновителем разработки нового плана явился один из ведущих бояр Борис Федорович Годунов.

Еще до того, как известие о гибели Ермака достигло Москвы, в Сибирь был отправлен новый отряд стрельцов под командованием воеводы Ивана Мансурова. А впоследствии подкрепления посылались за Уральские горы почти ежегодно. Воеводе каждой дружины предписывалось в подходящем месте, обычно на берегу реки, построить крепость. Эти укрепленные города скоро превратились в центры русской администрации в Сибири. Хотя крепости и рассматривались прежде всего как военные укрепления, воеводы должны были стараться завоевать расположение местных племенных и родовых вождей, проявлять по отношению к ним дружелюбие и устанавливать ясак (налог мехом) не выше, чем они платили Кучуму до русского завоевания.

В 1586 г. на реке Туре была построена крепость Тюмень, в 1587 г. на Иртыше, напротив впадения в него Тобола, – Тобольск, в 1590-х, – Пелым на Тавде, Верхотурье на Туре, Березов на Нижней Оби, Тара на Иртыше, Нарым на Кети (притоке Оби) и другие. В 1604 г. на Томи (притоке Оби) был построен Томск.

Вместе с тем, как происходило планомерное военное занятие территорий Западной Сибири и учреждение там сети административных центров, северные русские охотники и торговцы мехами продвигались в устье реки Оби, на Крайний Север. В 1601 г. там был основан городок Мангазея, который в первой четверти XVII века стал важным центром торговли мехами.

Хотя большая часть сибирских татар присягнула царю, Кучум продолжал свои отчаянные, но безуспешные попытки вернуть ханство на всем протяжении 1590-х годов. В конце концов, в 1598 г. его разбил воевода Тары Иван Воейков. Кучум бежал, но многие члены его семьи – жены, дочери, сыновья и внуки – попали в плен. Воейков всех их отослал в Москву, где они были милостиво приняты царем Борисом, преемником Федора. Один из сыновей Кучума, Арслан, который и доставил всех в Москву, впоследствии стал царем Касимова.425 Однако к этому времени в иртышских степях на юге Западной Сибири появилась новая угроза русским – калмыки426.

Гарнизоны вновь возведенных крепостей нуждались в снабжении вооружением и провиантом. В каждом городе расселяли ремесленников разных специальностей – плотников, кузнецов, оружейников. Муку сначала доставляли по воде из Руси, однако очень скоро начали развивать сельское хозяйство в окрестностях каждого города, привлекая колонистов.

Правительство обзаводилось будущими крестьянами двумя путями: по договору (по прибору) и, когда не хватало добровольцев, в приказном порядке (по указу), В этом случае город или район был обязан отправить в Сибирь определенное количество мужчин (с семьями, если они не были холостяками). Кроме того, зачастую в Сибирь высылали военнопленных (поляков, литовцев, ливонских немцев и шведов) и преступников. Военнопленных по желанию зачисляли в армию. Тем же крестьянам (преимущественно из Северной Московии), которые желали переселиться в Сибирь, правительство оказывало поддержку субсидиями и другими средствами.427

Как и в случае с завоеванием русскими казанских земель, по следам государства шла церковь. Первые две сибирские церкви были возведены в Тюмени в 1586 г. К 1605 г. несколько других появилось в Верхотурье, Туринске, Мангазее и Березове. Самые первые из основанных в Сибири монастырей – Тобольский (1588 г.). Туринский и Верхотуринский (1604 г.).428 Главной целью церкви в ее продвижении в Сибирь было обслуживание религиозных потребностей русских поселенцев.

В отличие от ситуации в Казани, миссионерская деятельность русской церкви в Сибири в конце XVI и начале XVII веков была незначительной. Как и в Казани, духовенству и местным официальным лицам запрещалось прибегать к насилию при обращении местного населения в христианскую веру. Христианство, если вообще вводилось, должно было побеждать «любовью, а не жестокостью».429 Новообращенные вступали в русскую общину и прекращали платить ясак, что для государственной казны было невыгодно. Крещеные мужчины приписывались к русской службе. Крещеные женщины восполняли недостаток женского населения среди русских в Сибири.

В целом, московское правительство не вмешивалось в племенной уклад и местные традиции. Чтобы гарантировать уплату ясака, правительство старалось завоевать расположение племенных и родовых дождей, а также других лучших людей. По словам Ланцева, этот «альянс русского правительства с высшим классом аборигенов был очень удобен для управления».430

Через несколько лет московская государственная казна, а также русские купцы и охотники начали получать большой доход от сибирских мехов. Кроме поступления мехов от местного населения в качестве ясака, правительство располагало налогом в 10 процентов, взимаемым с частных предпринимателей, экспортирующих меха из Сибири.