С 14 по 31 августа 1918 г. на озере Байкал действовала Байкальская флотилия во главе с лейтенантом М.М. Комеловым, и состоявшая из четырех вооруженных пароходов и четырех барж. Также в составе флотилии находились восемь офицеров и гардемарин Российского флота. Флотилия вела успешные боевые действия против Байкальской флотилии красных, а также обеспечивала высадку десанта русских и чешских войск в районе Посольского монастыря.
С развитием успехов белых армий на Восточном фронте и увеличением числа моряков, входивших в их состав, возникла необходимость создания централизованных органов управления морскими частями. Объединенное Военно-морское министерство было организовано еще 1 июля 1918 г. Временным Сибирским правительством В сентябре 1918 г., после объединения всех вооруженных сил, действовавших на территории Урала, Сибири и Дальнего Востока, военное министерство Временного Сибирского правительства и военное ведомство Народной армии Комитета членов Учредительного собрания перешли в подчинение военно-морского министерства Временного Сибирского правительства. После прихода к власти адмирала Колчака (18 ноября 1918 г.) постановлением Совета министров от 28 декабря 1918 г. Военно-морское министерство разделили на два самостоятельных органа: Военное и Морское министерства. Управляющим последним назначили контр-адмирала М.И. Смирнова. В течение всего существования Морское министерство колчаковского правительства не только осуществляло руководство морскими частями, расположенными на подконтрольной ему территории, но и пыталось наладить взаимодействие между всеми белыми флотами и флотилиями. В условиях Гражданской войны, полыхавшей на огромных просторах России, данные действия министерства оказались малоэффективными. Поэтому все взаимодействие, за редким исключением, ограничивалось перепиской между штабами и управлениями. Формально, вплоть до начала 1920 г., находившийся в Омске морской министр возглавлял весь Российский флот. Ему же подчинялись и все военно-морские агенты (по современной терминологии — атташе), продолжавшие работу в не признававших правительство большевиков странах.
В течение навигации 1919 г. на Волге, Каме и сибирских реках активно действовали речные флотилии. Наиболее крупной из них была Речная боевая флотилия (Камская), созданная в силу приказа начальника штаба верховного главнокомандующего № 192 от 1 марта 1919 г. Командующий флотилией временно подчинялся командующему Сибирской армией чешскому генералу Р. Гайде. Снабжение флотилии проходило по линии Морского министерства, и в дальнейшем флотилия подчинялась сухопутному начальству только в оперативном отношении. Командующим флотилией стал контр-адмирал М.И. Смирнов (оставаясь при этом в должности управляющего Морским министерством).
В состав Главной базы флотилии входили части: строевая, хозяйственная, артиллерийская, минная, механическая, кораблестроительная, юридическая, санитарная, а также комендантская роты, нестроевая команда и обоз. Опорная база имела менее развернутую структуру. Она состояла из начальника базы, начальника хозяйственной части, казначея, начальника отдела транспортирования войск и учета грузов, начальника артиллерийскою отделения, комендантской, нестроевой команд и обоза. В задачу Главной и Опорных баз входило прежде всего обеспечение кораблей материальными припасами, их техническое обслуживание и ремонт; предполагалась также постройка новых катеров.
Служба связи должна была состоять из трех районов. Внутри районов задачи связи выполняли посты. Сообщение между постами и районами предполагалось осуществлять с помощью пароходов, автомобилей, мотоциклов и велосипедов. В задачи Службы связи входило обеспечение связи между отдельными частями флотилии, а также между флотилией и берегом.
При флотилии существовала медицинская служба. Она состояла из Берегового и Малого лазаретов и аптечного склада при Главной базе в Перми, плавучих лазаретов «Вера» и «Александр». Кроме того, медперсонал находился на трех кораблях дивизионов флотилии: штабном теплоходе «Волга», пароходах «Митя» и «Кострома».
Основной силой флотилии являлись три дивизиона кораблей. В каждый из дивизионов должно было входить б вооруженных пароходов, 3 бронированных катера, 3 легких катера. При каждом дивизионе находились вспомогательные суда: база дивизиона, плавучая мастерская, плавучий госпиталь. Помимо вышеуказанных дивизионов в состав флотилии входили следующие части: 12 плавучих батарей (каждая из которых состояла из одной вооруженной баржи и одного вооруженного буксира), три дивизиона тральщиков-заградителей (в каждом по три тральщика), три воздушных наблюдательных поста (в каждом одна баржа с аэростатом и один вооруженный буксир), гидроавиационный отряд (четыре гидросамолета, четыре сухопутных самолета, одна гидроавиабаржа, два легких катера). К началу кампании (май 1919 г.) в составе флотилии числилось: 15 вооруженных пароходов, 2 плавбатареи, 3 плавбазы и плавмастерских в составе 1-го и 3-го дивизионов боевых кораблей; 3 парохода и катер в составе Службы связи; 2 посыльных судна, 2 госпитальных судна, 3 военных буксира, 1 гидроавиабаржа с приданными ей 2 катерами и 2 военными буксирами, 1 штабной теплоход, 6 специально оборудованных понтонов и 1 военный буксир в составе 1-го дивизиона тральщиков.
Был сформирован также гидроотряд в составе четырех глиссеров. На глиссерах стояли авиационные моторы, корпуса же их строились силами флотилии. Помимо перечисленных кораблей и судов в состав флотилии постоянно привлекались различные суда частных владельцев. К 1 июня 1919 г. личный состав флотилии насчитывал 358 офицеров и чиновников и до 3 тысяч матросов.
К моменту начала навигации весеннее наступление армий адмирала Колчака было в самом разгаре, так что первый бой флотилии с красными судами произошел 24 мая уже за Елабугой, у Святого Ключа. Он закончился полной победой белых кораблей, подбивших и заставивших выброситься на берег красные канонерские лодки «Терек» и «Рошаль». Однако начавшееся вскоре общее отступление Западной и Сибирской белых армий свело на нет все последствия этой победы. Уже 2 июня кораблям флотилии пришлось прорываться с боем мимо оставленного белыми войсками Сарапула. Во время прорыва от прямых попаданий артиллерийских снарядов береговых батарей погиб вооруженный пароход «Статный».
Флотилия прекратила существование в конце июня 1919 г., когда после общего отступления армии ее корабли были большей частью уничтожены (сожжены) в устье реки Чусовой (близ Перми), а личный состав и часть имущества эвакуировали в Тюмень. Впоследствии они послужили основой для других морских частей.
На сибирских реках Обь, Иртыше и Енисее также действовали военные флотилии. Основой для создания Обь-Иртышской речной боевой флотилии послужил Отряд судов особого назначения для действий на реках. Его сформировали 8 июля 1919 г. из личного состава Речной боевой флотилии, действовавшей на Каме. 2 августа Отряд расформировали, а его личный состав был направлен на формирование Обской флотилии (первоначально соединению присвоено именно такое наименование) и действовавших на суше морских подразделений.
Флотилии следовало действовать на Оби, Иртыше, Тавде, Тоболе и других обских притоках. Она должна была состоять из двух дивизионов, причем 1-й предназначался для ведения активных боевых действий, 2-й — для обороны. 18 августа управляющий Морским министерством контр-адмирал М.И. Смирнов утвердил временный штат Обской флотилии. По штату она состояла из штаба командующего, 1-го и 2-го дивизионов вооруженных судов (по 6 единиц в каждом), службы связи, плавучей мастерской и базы. Главная база флотилии находилась в Томске. Административно флотилия подчинялась морскому министерству — именно по его линии шло ее снабжение. В оперативном плане она подчинялась командованию тех сухопутных подразделений, с которыми приходилось взаимодействовать. Командующим стал капитан 1-го ранга П.П. Феодосьев. На 18 октября 1919 г. в составе флотилии числилось 147 офицеров и 17 чиновников. Точных данных по общей численности рядового состава Обь-Иртышской флотилии не имеется, однако можно предположить (исходя из количества кораблей), что она не превышала 1000 человек.
