Всего в состав флотилии входили 15 вооруженных пароходов, 2 бронекатера, 11 катеров, 2 теплохода-базы и 1 баржа.
Удачные действия Тобольской группы и Обь-Иртышской флотилии, направленные во фланг всему красному фронту, не смогли, однако, отвлечь на себя достаточно сил, чтобы способствовать общей устойчивости белых войск на Тоболе. В связи с общим отступлением сухопутных армий 22 октября Тобольск был вновь оставлен. К тому же приближался ледостав, и кораблям флотилии пришлось отойти к Омску и Томску, где их разоружили. В начале ноября флотилия закончила свое существование, а месяц спустя ее пароходы, вмерзшие у пристаней, достались наступающей 5-й армии красных.
Формирование Енисейской речной боевой флотилии началось согласно приказанию командующего антипартизанскими операциями командующего войсками в Енисейской губернии генерал-лейтенанта С.Н. Розанова от 18 апреля 1919 г. Подготовка флотилии завершилась к 25 мая. Она состояла из мобилизованных и вооруженных судов гражданского флота и находилась в ведении Военного министерства. Денежное, пищевое и вещевое довольствие личный состав флотилии получал от штаба командующего войсками Енисейской губернии. Штаб также оплачивал стоимость топлива для кораблей флотилии, обеспечивал ее артиллерией и боезапасом. Согласно «Положению о Енисейской Речной Боевой флотилии» ее возглавлял командующий со своим штабом. На каждом корабле имелся командир, обладавший всеми правами согласно морскому уставу. База флотилии находилась в Красноярске.
До 22 мая обязанности командующего флотилией исполнял лейтенант Покровский, затем — капитан 2-го ранга М.И. Щербицкий, командовавший флотилией до 26 июля, после чего командующим стал вновь Покровский.
Всего в сентябре 1919 г. в составе флотилии числился 21 офицер и 147 человек рядового и унтер-офицерского состава, а также команды, состоящие из работников гражданского флота, включенных в состав флотилии по военно-судовой повинности. Флотилия состояла из мобилизованных и вооруженных судов гражданского флота. По состоянию на 3 сентября 1919 г. в ее составе числилось: 2 вооруженных трехдюймовыми орудиями парохода (бывшие буксирные), 1 пароход, вооруженный пулеметами, 5 катеров, 2 баркаса, 1 моторная лодка.
Флотилия существовала до декабря 1919 г. Затем в связи с общим отступлением белых армий Восточного фронта она была ликвидирована.
Помимо вышеперечисленных флотилий в подчинении Морского министерства Всероссийского правительства Колчака находились Морские силы на Дальнем Востоке в составе Сибирской и Амурской флотилий.
Сибирская военная флотилия Российского Императорского флота была создана в 1856 г. На 1 января 1917 г. в ее составе значились вспомогательный крейсер, канонерская лодка, 14 миноносцев, транспорт-заградитель, 4 минных заградителя, посыльное судно и 2 тральщика. Личный состав флотилии насчитывал 6055 матросов и кондукторов. Основные силы этой флотилии располагались в районе Владивостока. По примеру матросов других флотов и флотилий моряки-тихоокеанцы в конце 1917 — первой половине 1918 г. приняли достаточно активное участие в революционных событиях и в борьбе против зарождавшихся в этот период очагов сопротивления большевикам С весны 1918 г. на Дальнем Востоке началась вооруженная интервенция «союзных» держав.
29 июня 1918 г. с помощью чехословацких войск советская власть во Владивостоке оказалась свергнута, а к осени 1918 г. от нее освобожден весь Дальний Восток.
Морские силы на Дальнем Востоке были образованы 23 ноября 1918 г. Их возглавил контр-адмирал С.Н. Тимирев, которого 1 августа 1919 г. сменил контр-адмирал М.И. Федорович. Морские силы на Дальнем Востоке подчинялись Морскому министерству, а в оперативном отношении с 19 июля 1919 г. подчинялись командованию Приамурского военного округа. После освобождения Владивостока от большевиков там начала восстанавливаться Сибирская флотилия. Не обошлось без трудностей: пришлось вести интенсивные переговоры с японцами о возврате ими захваченных кораблей Амурской флотилии. Соответственно, началось формирование команд для кораблей флотилии. Но японцы их так и не отдали…
В серьезных боевых действиях в 1919–1920 гг. Морским силам на Дальнем Востоке принять участие так и не довелось, их деятельность ограничивались местными рейдами против прибрежных баз красных партизан Приморья. Однако роль владивостокского порта переоценить тяжело, поскольку он являлся главным (по существу, и единственным) транзитным пунктом для поставок вооружения, обмундирования и других припасов из-за рубежа для армии адмирала Колчака. Огромную роль для белых сил на Дальнем Востоке играли представители союзных миссий, опиравшиеся на значительные контингента собственных войск, поэтому русскому военному и морскому командованию приходилось во всем считаться с их «пожеланиями». Эта зависимость стала одним из факторов, затормозивших развитие белых сил в Приморье. Достаточно вспомнить непримиримую позицию японцев по вопросу о возвращении ими кораблей Амурской флотилии.
В результате переворота 31 января 1920 г. власть белых на Дальнем Востоке перешла в руки Приморской земской управы. В ходе восстания в ночь на 30 января моряки Сибирской и Амурской военных флотилий избрали Военно-морской революционный штаб, который должен был «руководить движением революционных моряков».
Работа по подготовке флотилии к новой кампании 5 апреля 1920 г. прервалась вооруженными выступлениями японских войск, которые ввели в Приморье полуоккупационное положение. Только в июле 1920 г. японское командование вернуло Приморскому правительству суда Сибирской флотилии. В итоге в начале 1921 г. Сибирская военная флотилия насчитывала 3 действующих миноносца (из 10) и 5 посыльных судов. На 1 февраля 1921 г. на кораблях и в учреждениях флотилии находились 324 человека командного и административного и 1385 рядового составов.
В течение зимы на флотилии проводились восстановительные и ремонтные работы. 6 апреля 1920 г. на территории Забайкальской, Амурской и Приморской областей было провозглашено создание Дальневосточной республики — просоветского, «буржуазно-демократического» по форме, государственного образования, призванного служить «буфером» между территориями, подконтрольными белым правительствам и Советской Россией. В составе вооруженных сил новой республики имелся и Народно-революционный флот, куда вошла и Сибирская флотилия.
Однако 26 мая 1921 г. власть Приморского областного управления Дальневосточной республики была свергнута, и во Владивостоке образовалось антибольшевистское правительство во главе с С.Д Меркуловым Его брат, Н.Д Меркулов, стал министром иностранных и военно-морских дел. На кораблях Сибирской флотилии вновь взвились Андреевские флаги. После переворота часть судов Сибирской военной флотилии партизаны увели в бухту Ольга, где из них сформировали дивизион. Однако в ноябре 1921 г. белые части захватили эти корабли и возвратили их во Владивосток.
Новое правительство очень нуждалось в опоре, которую его представители видели в вооруженных силах. По мнению братьев Меркуловых, человеком, способным возродить флот, являлся контр-адмирал Г.К. Старк, занимавший у Колчака ряд командных должностей и эмигрировавший после его поражения в Харбин, где с ним и познакомились братья Меркуловы. Старк получил телеграммы за подписью главы правительства С.Д Меркулова и командующего войсками генерал-лейтенанта Г.А. Вержбицкого с приглашением возглавить флотилию и согласился. Он энергично взялся за дело: начались работы по подъему затопленных и ремонту разрушенных кораблей, налажена комплектация их командами нижних чинов. Одним из важных нововведений явилось создание рабочего органа — Военного совета, его членами стали контр-адмиралы В.В. Безуар и В.И. Подъяпольский, генерал-майор А.И. Ухлин, капитаны 1-го ранга А.Н. Пелль, Н.Ю. Фомин, Н.С. Харин, старший лейтенант Г.С. Серебренников. Благодаря этим и другим мерам за короткий промежуток времени Сибирская флотилия превратилась в боеспособную силу.
В конце сентября 1921 г. англичане перебросили во Владивосток около 900 бывших чинов Каспийской флотилии, уральских казаков и офицеров ушедшей за рубеж Русской армии генерала Врангеля, интернированных в различных местах. Это позволило укомплектовать многие корабли и части Сибирской флотилии. В октябре 1921 г. десанты с кораблей ликвидировали власть большевиков в Охотске, Гижиге, Петропавловске-Камчатском. Также флотилия занималась борьбой с незаконным ловом рыбы и крабов и патрулированием побережья с целью пресечения контрабанды.
