Уничтожение польских офицеров и интеллигенции в Катыни полностью отвечало политическим целям Сталина — очистить Польшу от польских патриотических элементов, ликвидировать интеллигенцию и тем расчистить почву для создания в Польше преданного СССР режима. Эту политику он последовательно проводил и позднее, во время Варшавского восстания 1944 года и во время пребывания Красной армии на территории Польши в 1944—45 гг.

Социально-экономические изменения, происшедшие в государстве, и преследования значительно уменьшили влияние православной церкви и сократили число практикующих верующих. Из насчитывавшихся до революции 50 тысяч священнослужителей русской православной церкви осталось несколько сот, из 163 епископов — 7. Было закрыто 1000 монастырей и 60 семинарий. Ответом на преследования было появление и распространение различных сект, общин и прочего, появление так называемой «катакомбной» церкви.

Накануне второй мировой войны политика ВКП (б) и государства по отношению к религии начала меняться. Испытывая нужду в возрождении и эксплуатации патриотических чувств, партия начала смягчать свою антирелигиозную политику. Осенью 1939 года после присоединения западных земель Украины и Белоруссии, а затем летом 1940 года после занятия Прибалтики, московская патриархия послала туда, а позднее в Прибалтику, своих епископов. Советский режим надеялся таким путем добиться полного подчинения новых подданных центральной власти. Московская патриархия охотно выполнила это поручение, поскольку это отвечало и ее собственным интересам.

Нападение Германии не застало православную церковь врасплох. 22 июня 1941 года патриарший местоблюститель митрополит Сергий выступил с обращением к церкви и к народу, призывая защищать страну, и осудил тех священнослужителей, которые не хотели бы последовать его призыву. На противоположном полюсе, в Берлине, митрополит Серафим призывал православных подняться под руководством Гитлера для борьбы с большевизмом. Сергий же за два первые года войны выпустил 23 посланий о даровании победы. По его предложению, были собраны средства на строительство танковой колонны имени Дмитрия Донского. Сталин милостиво согласился принять дар от церкви.

Вражеское вторжение вызвало у населения прилив религиозных чувств. На оккупированных немцами землях возобновились с разрешения немецких оккупационных властей богослужения. Задача церкви на оккупированной территории заключалась, по мнению Гитлера, в том, чтобы помогать оккупационным властям держать население в покорности. Религиозная сторона дела нимало не занимала его: в самой Германии нацисты лишь терпели церковь, но не больше. Одна из задач немецкой политики заключалась в том, чтобы не допустить объединения православной ортодоксальной и украинской автокефальной церквей. Закон о веротерпимости, изданный в Берлине 19 июня 1942 года, на самом деле был законом о регулировании религиозной жизни. Все религиозные организации обязаны были зарегистрироваться в управлении комиссара дистрикта. Комиссар обладал правом удаления любого священника, если появлялись какие-либо сомнения в его политической благонадежности. Религиозные организации, их местные и высшие органы обязывались ограничить свою деятельность религиозными задачами. В противном случае им угрожали штраф и роспуск церковной общины.

Незадолго до издания закона о веротерпимости Гитлер говорил своим приближенным: «В любом случае, создание единой церкви для больших русских территорий должно быть предотвращено. Проще всего для нас было бы, если бы каждая деревня имела бы свою собственную секту, которая развила бы свою собственную концепцию Бога».

Специальные войска, так называемые айнзатцтруппен, на которых была возложена задача ликвидации евреев и прочих «нежелательных народов», были наделены полномочиями контроля над деятельностью церкви на оккупированных территориях вплоть до ареста и ликвидации священнослужителей.

Использование религиозных чувств населения в интересах Германии оставалось главной целью германской церковной политики. В одном из немецких документов говорилось: «Все средства церквей, мистицизма, религии и пропаганды должны быть... использованы под лозунгом: «Гитлер против Сталина!» — или «Бог против Дьявола».

Немецкие армейские командиры иногда способствовали восстановлению церквей на контролируемых ими территориях. Их цель была чисто прагматической: обеспечить германской армии спокойный тыл, безопасные коммуникации и невраждебное отношение местного населения. Однако тем из них, кто помогал возобновлению богослужений, делались строгие внушения Берлином. Например, после богослужения в соборе Смоленска в августе 1941 года последовал приказ Гитлера, запрещавший помощь вермахта церкви на оккупированных территориях.

Отношение духовенства к германской оккупации было различным: от открытой поддержки и до организации сопротивления. Поучительна в этом отношении история митрополита Сергия младшего (Воскресенского). Посланный в Ригу епископом в 1940 году, он отказался возвратиться в Москву после начала войны. Был арестован гестапо, а затем освобожден. Сергий выступал с проповедями в пользу победы Германии. В то же время он возродил религиозную жизнь в Прибалтике. К 1943 году там работало около 200 приходов, проводилось церковное обучение, издавался религиозный журнал. Влияние Сергия на Псковщине было столь велико, что немецкие власти потребовали его перевода в Вильнюс. У Сергия начались столкновения с немцами по различным поводам. 28 апреля 1944 года он был убит по дороге из Вильнюса в Ригу, вероятно немецкой службой безопасности.

Разумеется, масса прихожан понятия не имела о том, что происходит за кулисами немецкой церковной политики. Для них было важно, что они могли открыто выражать свои религиозные чувства, не опасаясь преследования со стороны власти. Они, конечно, не подозревали, что немцы не только санкционируют содержание проповедей, но и цензурируют их текст.

В специальном обращении к священникам на оккупированных землях патриарший местоблюститель Сергий предостерегал их от сотрудничества с врагом, назвав его «изменой церкви и родине». Московская патриархия осудила киевского епископа Поликарпа за сотрудничество с немцами.

4 сентября 1943 года Сталин принял митрополита Сергия и двух других высших сановников церкви. Он высказал одобрение патриотической деятельности духовенства и верующих православной церкви, разрешил избрать Патриарха Московского и всея Руси и образовать Священный Синод. Таким образом состоялось не только официальное примирение государства с православной церковью, но и признание ее де-факто (и по мере надобности) интегральной частью режима. 8 сентября Сергий был избран патриархом, а собор архиереев, избравший его, принял важный документ под названием «Осуждение изменников вере и отечеству». В нем говорилось: «всякий виновный в измене общецерковному делу и перешедший на сторону фашизма как противник Креста Господня, да числится отлученным, а епископ или клирик — лишенным сана». Таким образом, война против гитлеровской Германии была объявлена целью православной церкви.

Вскоре было разрешено открыть в Москве двухгодичный Богословский институт, а в епархиях одногодичные богословско-пастырские курсы.

Во всех церквах возносились молитвы за здоровье Сталина. Митрополит Киевский и Галицкий писал с восторгом в церковном журнале: «В нашем вожде верующие... видят воплощение всего лучшего и светлого, что составляет священное духовное наследие русского народа, завещанное предками...»

Официальное примирение Сталина с церковью означало также, что отныне советский режим будет оказывать патриарху и руководству церкви поддержку в борьбе с отклонениями от ортодоксальной линии, своеобразной «генеральной линии» церкви. Вскоре многие деятели так называемой обновленческой церкви покаялись и были приняты обратно в лоно православной церкви. Государство усилило борьбу с сектантами по всей стране, но повсеместно поддерживало официальную церковь — в Армении, в Грузии и так далее.