Разрыв между этими двумя видами апологетики как раз и стал импульсом для окончательного изложения христианских доводов против классической мысли в сочинении Августина «О Граде Божием». Это произведение было «попыткой ответить тем, кто приписывает опустошающие мир войны, особенно недавнее разграбление Рима варварами, религии Христа». Августин повторяет многие из аргументов против язычества и в защиту христианства, ставших общими местами в апологетической литературе, но упорядочивает их в соответствии с задачей истолкования мировой истории, в которой вечный замысел Бога воплощается в Граде Божием. По мысли некоторых из более ранних апологетов, христианство совсем не является угрозой Риму, как считали их оппоненты, но на самом деле представляет собой опору праведной власти. Августин подхватил этот аргумент и предложил свою схему мировой истории как конфликта между духовными потомками Авеля и духовными потомками Каина, утверждая, что крушение римского идеала было результатом неспособности империи увидеть истинный источник ее силы. И в истории Своего избранного народа, и в жизни «святых язычников» Бог поведал людям о Своем Граде. Его предельным выражением является небесный Иерусалим, который, как пишет Августин в конце своего сочинения, объединяет и преображает многие темы раннехристианской апокалиптики. Подобно Евсевию, Августин перевел апологетику на язык истории; но у него история — это не просто рассказ о преемстве Церкви от апостолов, а путь божественного промысла в целом.

Впоследствии влияние «Церковной истории» и «Града Божия» способствовало тому, что аргументация апологетов заняла прочное место в христианском вероучении помимо той роли, которую творения апологетов сыграли в других областях христианской мысли и практики. По крайней мере до эпохи Возрождения христианские богословы воспринимали классическую мысль именно так, как их научили апологеты ранней Церкви.

Закрытие императором Юстинианом философской школы в Афинах в 529 году обычно трактуется как победа христианского богословия над классической мыслью. Согласно Гиббону, это было время, когда христианские богословы «подавляли проявления разума, давали ответы на все вопросы в пунктах веры и обрекали неверующих или скептиков на вечный огонь. Во множестве тяжеловесных полемических сочинений они разоблачали слабость ума и развращение сердца, оскорбляли человеческую природу в лице мудрецов древности и клеймили дух философского исследования, столь противный представлениям или, по крайней мере, нравам смиренного верующего».

Закрытие Афинской академии было больше удостоверением факта смерти, нежели приведением в исполнение приговора. Учреждение императорского университета в Константинополе Феодосием II, а может быть, и самим Константином, само по себе означало перенесение центра греческой учености из Афин в новую столицу эллинского мира; таким образом, языческая школа в Афинах «уже отслужила свое» и «больше не имела существенного значения в христианской империи». Языческие профессоры эмигрировали из Афин в Персию, но в конце концов вернулись в империю, получив от Юстиниана гарантии безопасности. Учителей философии тогда воспринимали как людей нежелательных и вредных. Отсюда один шаг до вывода, хотя и неверного, будто богословие исключило философию из сферы внимания мыслящих людей: «Философия отделилась от богословия. Она стала ее служанкой и ее соперницей. Она постулировала доктрины вместо того, чтобы их исследовать. Она должна была показать их разумность или найти для них обоснования. И после этого философия умерла на века».

Действительно, с утверждением авторитета ортодоксального христианского богословия систематическое изучение греческой философии пришло в упадок. К концу рассматриваемого периода из сочинений Аристотеля на латынь были переведены только «Категории» и «Об истолковании»; даже другие трактаты из «Органона», не говоря об этических и метафизических произведениях, не обрели форму, делающую их доступными для западных богословов. Переводчик этих текстов Боэций намеревался представить на латинском языке всего Аристотеля и всего Платона, таким образом «привести их в гармонию и показать, что они не расходятся во всем, как утверждают многие, но пребывают в максимально возможном согласии по многим вопросам, относящимся к философии». Но два трактата по логике — это все, что он перевел, или, во всяком случае, все, что сохранилось; только по этим текстам, как известно, Аристотеля и знали на христианском Западе вплоть до начала XII века. Лишь тогда западные мыслители снова стали совместными усилиями изучать классические философские системы — прежде всего в ответ на внешние вызовы, но также и в силу внутренней потребности богословия. Они изучали Аристотеля именно как богословы. Философия и философские проблемы как будто исчезли из поля зрения христианских мыслителей на полтысячелетия или даже больше.

Однако тот же Боэций, чьи переводы Аристотеля знаменуют собой конец классической мысли, как и близкое по времени закрытие Афинской школы, был также и автором книги, которая никак не позволяет подобным образом интерпретировать торжество богословия. Его «Утешение философией» — «благороднейшая литературная работа заключительного периода античности» — сыграла уникальную роль в истории средневековой литературы и благочестия. Списки этого сочинения имеются во многих библиотеках Европы; его переводили король Альфред, Чосер и, возможно, королева Елизавета I; им утешался Данте Алигьери после смерти Беатриче. Томясь в тюрьме за измену и, как считается, за верность тринитарной ортодоксии вопреки арианскому императору, Боэций прибегнул к старому жанру классической литературы — утешительной беседе, который Цицерон перенял у греков. Судя по всему, Боэций был первым христианским богословом, обратившимся к этому жанру, но в результате это утешение приобрело форму описания божественного соучастия в делах человеческих без каких-либо явных ссылок на христианское учение о Боге, арианское или никейское. Основная тема книги — защита свободной воли и благости божественного промысла, под верховной властью которого позволено действовать судьбе. В диалоге с персонифицированной философией Боэций излагал свое учение о Боге, Который есть «наблюдающий все свыше и все предзнающий: Он охватывает взором, всегда и извечно, как настоящие наши будущие деяния, определяя добрым награды, а дурным — наказания».

Является ли такое учение о Боге доказательством того, что Боэций, хотя и был, без сомнения, человеком, «исповедующим христианскую веру», разделял настроения, «свойственные языческой философии»? Или точнее было бы сказать, что «начертанный [им] образ Бога является настолько теплым и подлинным в христианском смысле, что, даже если бы не было надежных внешних свидетельств о христианском исповедании этого последнего из римлян, вполне оправданно рассматривать Боэция в качестве христианского мыслителя»? Если исходить из одного лишь содержания «Утешения», то есть основания сомневаться в традиционной точке зрения, согласно которой оно написано христианским богословом. Не лишенным убедительности является вывод, что автором «Утешения» не мог быть тот Боэций, которому приписывают пять трактатов, посвященных христианскому вероучению, в том числе полемику с Несторием и Евтихием и авторитетное изложение учения о Троице. Однако более внимательное изучение мысли и языка корпуса произведений, надписанных именем Боэция, показывает, что «Утешение» и по меньшей мере четыре богословских трактата принадлежат одному автору. Это заставляет предположить, что в «Утешении» Боэций приближает разум к самым границам веры и что именно эта апологетическая цель «объясняет, почему во всей работе нет ни следа чего-либо специфически христианского или библейского». Но это не объясняет, почему хотя бы и только один православный богослов в момент крайней нужды больше утешения находил в философском умозрении, опирающемся на естественный разум, нежели в христианском откровении, на которое указывали его богословские труды.