С именем Ф.Ф. Ушакова связаны победы русского Черноморского флота над превосходящими силами турецкого флота во время войны 1787-1791 годов. В морском сражении у острова Фидониси (ныне Змеиный) 3 июля 1788 года Ушаков начальствовал над авангардом, состоявшим из 4 фрегатов, в эскадре вице-адмирала графа Марко Войновича.

Турецким флотом — 17 линейных кораблей, 8 фрегатов, 3 бомбардирских корабля и 21 шебека — командовал капудан-паша Эски-Гассан. Русская эскадра состояла всего из 2 линейных кораблей, 10 фрегатов и 24 более малых судов. Когда противники стали сходиться для морского сражения, Ушаков неожиданными манёврами своего авангарда отрезал от вражеского строя два передовых линейных корабля и обратил их в бегство. Сражение у острова Фидониси продолжалось с 2 до 5 часов вечера, после чего турецкий флот, корабли которого получили большие разрушения от артиллерийского огня русской эскадры, вышел из боя и поспешил к своим берегам. Командир авангарда капитан бригадирского ранга Федор Ушаков стал главным героем первой морской баталии в начавшейся русско-турецкой войне и был пожалован в георгиевские кавалеры.

Фидонисийское морское сражение примечательно тем, что Ушаков первым на Российском флоте пренебрёг канонами господствовавшей тогда линейной тактики в войнах на море. Именно во многом благодаря новаторскому манёвру русского авангарда начался разгром турецкого флота.

В последующие два года войны больших боевых столкновений на море не было. В 1790 году светлейший князь Г.А. Потёмкин-Таврический вверил Ушакову весь Черноморский флот. Федор Фёдорович начал с обучения корабельных экипажей. Вскоре он совершил рейд к берегам Анатолии, бомбардировал Синоп и истребил почти три десятка неприятельских судов.

Действия русской эскадры у анатолийских берегов заставили турецкий флот выйти в море. Контр-адмирал Ушаков, предвидя это, заблаговременно вывел эскадру из Севастополя (10 линейных кораблей, 6 фрегатов, 17 вспомогательных судов, 860 орудий) в море и стал на якорь у мыса Такиль близ Керченского пролива, чтобы не допустить прорыва турецкого флота в Азовское море и высадки неприятельского десанта на крымском побережье.

Обнаружив турецкий флот в составе 10 линейных кораблей, 8 фрегатов, 36 вспомогательных судов, имевших на борту 1100 орудий и десантные войска, русская эскадра снялась с якоря и направилась навстречу противнику. Тот следовал от турецкой крепости Анапы к южному берегу Крыма. Султанский флотоводец — капудан-паша Хуссейн (Гуссейн) решил, воспользовавшись выгодным наветренным положением, обойти корабли русского авангарда и уничтожить их.

Ушаков разгадал замысел турецкого адмирала и, выделив из общего линейного строя эскадры в резерв 6 фрегатов, направил их на поддержку авангарда. Одновременно русские корабли сократили интервалы между собой и своевременно пришли на помощь атакованному турками авангарду. В 3 часа дня ветер изменился, и русская эскадра получила возможность сблизиться с неприятельскими кораблями на дальность картечного выстрела. Русские пушкари оказались на голову выше орудийных расчётов османов. Турецкие корабли один за другим выходили из боя с большими разрушениями в корпусе и парусной оснастке.

Керченское морское сражение 8 июля 1790 года закончилось полной победой русской эскадры. Только благодаря наступившей темноте и большей скорости турецким кораблям (их корпуса были обшиты медными листами) удалось уйти от преследования. В морском сражении у Керченского пролива Ушаков вновь применил новый тактический приём, создав из 6 фрегатов самостоятельную резервную группу. Преследование противника велось без соблюдения установленных мест в строю эскадры и с выходом флагманского корабля «Рождество Христово» в её голову.

Хотя турецкий флот и не потерял ни одного корабля, но он получил большие разрушения от артиллерийского огня русских. Значительными оказались потери среди турецких экипажей и десантников, которые так и не высадились на берега Крымского полуострова. На русских кораблях убито и ранено было всего 29 человек. В ознаменование этой победы одному из эсминцев Черноморского флота в 1915 году было присвоено имя «Керчь».

28 августа 1790 года произошло морское сражение у острова Тендра, где русская эскадра, вышедшая из Севастополя, обнаружила турецкий флот, стоявший на якоре. Русские корабли двигались в походном порядке в три колонны. Контр-адмирал Ушаков приказал начать атаку противника без промедления, выстраиваясь в линию баталии на полном ходу. Он вновь создал резерв из фрегатов. Сражение русские начали с дистанции картечного выстрела.

Через несколько часов морского сражения турецкая эскадра капудан-паши Хуссейна под мощным огнём русской артиллерии начала уклоняться под ветер и приходить в расстройство. Флагманский корабль Ушакова «Рождество Христово» вёл бой одновременно с тремя линейными турецкими кораблями. Когда вражеский флот обратился в бегство, русские преследовали его до наступления темноты и после этого встали на якорь.

Утром 29 августа выяснилось, что турецкая эскадра стоит на якорях поблизости. Морское сражение возобновилось. В итоге турецкие корабли вновь обратились в спасительное бегство, используя своё преимущество в скорости. 66-пушечный линейный корабль «Мелеки Бахри» спустил свой флаг и сдался, а 74-пушечный «Капудание» — флагманский корабль Сеид-бея загорелся и взорвался. За победу при Тендре императрица Екатерина II пожаловала Ушакову орден Святого Георгия сразу 2-й степени и 500 душ крепостных крестьян в Могилевской губернии.

После сражения у Тендры севастопольская эскадра прикрывала устье Дуная от возможных действий турецкого флота — русские войска под командованием генерал-аншефа А.В. Суворова готовились к штурму Измаила. В эти дни пришло известие, что по повелению султана был казнён бывший капудан-паша Эски-Гассан, который проиграл Ушак-паше (так турки окрестили Ушакова) морское сражение у Керченского пролива.

Проигрывая России войну на суше, Турция решила взять реванш на море. Со всех концов Оттоманской империи к Стамбулу были стянуты военные корабли. Для командования флотом был приглашён алжирский паша Саид-Али. Вскоре мощный турецкий флот — 18 линейных кораблей, 17 фрегатов и 43 более малых судов — появился у Румелийских (болгарских) берегов и бросил якорь у мыса Калиакрия. В связи с празднованием мусульманского праздника рамазан-байран часть турецких экипажей была отпущена на берег.

31 июля 1791 года (в это время между воюющими сторонами начались переговоры о перемирии, но Ушаков об этом не знал) русская эскадра в составе 16 линейных кораблей, 2 фрегатов, 2 бомбардирских кораблей и 19 вспомогательных судов обнаружила неприятельский флот у мыса Калиакрия. Стремясь выиграть время, занять выгодное наветренное положение и захватить турок врасплох, Ушаков не стал перестраивать эскадру в принятый тогда боевой порядок — кильватерную колонну. Русские корабли под огнём неприятельских береговых батарей в походном строю из трех колонн прошли между берегом и стоявшим на якоре турецким флотом.

Турецкие корабли, обрубая якоря, стали в беспорядке выстраиваться под огнём русской эскадры в боевую линию. Так началось морское сражение у мыса Калиакрия. Русский флагманский корабль «Рождество Христово» атаковал флагманский корабль паши Саид-Али и заставил его выйти из боя. Вскоре после этого турецкий флот обратился в бегство. Победа у Румелийских берегов ускорила заключение Ясского мирного договора 1791 года.

После победного завершения русско-турецкой войны Ушаков продолжает командовать Черноморским флотом, много времени и сил отдавая его боевой подготовке. В 1793 году ему присвоили звание вице-адмирала.

Когда Россия вступила в антифранцузскую коалицию совместно с Оттоманской Портой, которая теперь стала её союзницей, вице-адмиралу Ушакову было поручено возглавить Средиземноморскую экспедицию 1798-1800 годов. В середине августа Ушаков, имея под своим флагом 6 линейных кораблей, 7 фрегатов и 3 авизо — судов для разведки и посылок, взял курс из Севастополя в Стамбул. На кораблях в качестве морского десанта находилось 1700 солдат черноморских гарнизонов и 35 гардемарин Николаевского флотского училища.