За победу над Сераскир-пашой Иван Гудович получил от императрицы Екатерины II чин генерал-майора.
В 1771 году он участвовал в штурме крепости Журжа. Затем отличился в сражении при Подалунах.
После победного окончания войны десять лет командовал дивизией, расквартированной в Малороссии, и был произведён в генерал-поручики. В 1784 году высочайшим указом был назначен рязанским и тамбовским генерал-губернатором. (Назначение одного лица на две должности позволяло государственной казне экономить немалые деньги.) Пребывание в генерал-губернаторской должности не мешало Гудовичу заниматься и делами сугубо военными.
Полководческий талант Ивана Васильевича Гудовича раскрылся во время Русско-турецкой войны 1787-1791 годов. В армии светлейшего князя генерал-фельдмаршала Г.А. Потёмкина-Таврического он командовал отдельным армейским корпусом, который успешно действовал в Северном Причерноморье, двигаясь на запад к устью Дуная вдоль берега Чёрного моря.
В 1790 году войска Гудовича овладели турецкими крепостями Хаджибеем (ставшей в 1795 году городом Одессой) и Килией, которая находилась на дунайском берегу на подступах к Измаилу, главной турецкой твердыне на севере владений Оттоманской Порты. За победу над султанскими войсками Екатерина II произвела георгиевского кавалера и корпусного командира в генерал-аншефы.
Вторая Русско-турецкая война охватила не только Северное Причерноморье и берега Дуная, но и Северный Кавказ — Черкесию и кавказское черноморское побережье. Оттоманская империя возлагала большие надежды на участие в войне против «неверных» горских народов Северо-Западного Кавказа. В Стамбуле особенно рассчитывали на черкесские племена, жившие в горах по левую сторону Кубани.
Для того чтобы утвердиться в Черкесии, турки возвели на черноморском побережье Кавказа несколько крепостей. Среди них особенно выделялась Анапа, построенная с помощью европейских фортификаторов на берегу удобной бухты. В крепости находился сильный османский гарнизон, к которому всегда с моря могла прийти помощь. Сидевший в Анапе султанский паша всячески поддерживал военную напряжённость на Кавказской укреплённой линии, которая являлась южной государственной границей Российской империи и проходила по правому берегу реки Кубань.
Гудович сперва командовал русскими войсками, осадившими турецкую крепость Измаил, но вскоре по решению светлейшего князя Г.А. Потёмкина сдал командование А.В. Суворову. Генерал-аншеф получил назначение на должность начальника Кавказской пограничной укреплённой линии и командира отдельного Кубанского корпуса. Теперь ему подчинялись все русские войска на Северном Кавказе.
Прибыв на Северный Кавказ в свою штаб-квартиру в город Георгиевск и ознакомившись с обстановкой, Гудович решил прежде всего овладеть Анапой. Русские войска уже дважды под командованием генералов Тикелли и Бибикова подступали к этой крепости, но каждый раз по различным причинам военные экспедиции заканчивались неудачей. На сей раз новый командующий тщательно подготовился к походу: были вызваны новые полки, составлен большой войсковой обоз, из Крыма через Тамань тоже должны были подойти войска, имевшие при себе штурмовые лестницы. На переправе через Кубань было устроено земляное укрепление, из которого можно было успешно отразить любое нападение «немирных» закубанских черкесов.
Русские войска успешно переправились через реку по наведённому мосту. Черкесы попытались было уничтожить его, спуская по течению стволы больших деревьев, но это им не удалось. Дальше русские полки, в авангарде которых двигался отряд драгун и казаков под командованием бригадира Поликарпова, пошла по лесной горной дороге. Недалеко от Анапы, на противоположном берегу горной речушки русских поджидало многотысячное войско турок и черкесов. В ходе жаркого и быстротечного боя противник рассеялся в окрестных горах, частью бежав в Анапу.
К моменту подхода русского корпуса к Анапской крепости, которой командовал опытный Мустафа-паша, турецкий гарнизон насчитывал 10 тысяч турок и до 15 тысяч их союзников-горцев из числа крымских татар и закубанских народов. На вооружении крепости находилось 83 орудия и 12 мортир, большей частью крупного калибра.
Русский корпус с суши осадил Анапу. Генерал-аншеф Гудович лично провёл рекогносцировку крепостных укреплений и решил начать штурм. Установив за ночь осадные батареи (турки не смогли помешать их строительству), русские артиллеристы начали бомбардировку крепости, заставив замолчать турецкие орудия.
Бомбардировка крепости вызвала многочисленные пожары в осаждённом городе. Поскольку турецкие батареи молчали весь день, Гудович решил, что анапский гарнизон пал духом, и послал паше письмо с предложением сдать крепость, обещая гарнизону и жителям свободный выход. Турецкий военачальник согласился было на почётную капитуляцию, но шейх Мансур настоял на упорном сопротивлении «неверным».
Генеральный штурм Анапской крепости начался ночью. Однако на приступ могло пойти немногим более половины осадного корпуса. Генерал-аншефу Гудовичу пришлось оставить в походном лагере треть своих войск (на штурм отряжалось только 6400 штыков и сабель из 12170 человек боевой силы корпуса) на случай нападения нескольких тысяч черкесов, собравшихся в окрестных горах и грозивших нападением.
На приступ крепости одновременно пошли несколько штурмовых колонн, но не всем из них под покровом темноты удалось незамеченными приблизиться к крепости. Штурмующие на правом фланге с лодок рано открыли ружейную стрельбу и были обнаружены. Преодолев глубокий ров, русские все же взошли на вал и вступили в рукопашную схватку.
Атакующие захватили неприятельские батареи на валу и открыли центральные городские ворота, через которые в крепость ворвались эскадроны драгун, которые загнали сопротивлявшихся турок и черкесов в штормившее море. Большинство из них утонуло.
Потери турок составили 8 тысяч убитыми, не считая нескольких тысяч, утонувших в море. В плен попали 13 с половиной тысяч османов. Победители потеряли более трех тысяч человек убитыми и ранеными. При штурме Анапы, равно как и при штурме Измаила, большие потери оказались среди офицеров, которые вели за собой солдат.
22 июня 1791 года Анапа была взята. Победителям досталась вся крепостная артиллерия — почти сотня разнокалиберных орудий и немалые запасы провианта. Среди пленных оказался анапский паша и шейх Мансур, несколько лет пытавшийся (первоначально не без успеха) поднять горцев Северного Кавказа на священную войну — «газават» — против России в поддержку Турции. Шейх Мансур, отстреливавшийся в своей землянке, был взят в плен, отправлен в Санкт-Петербург и затем заточен в Шлиссельбургскую крепость, где он и кончил свою жизнь.
После взятия крепости к ней подошёл огромный турецкий флот, но приближаться к Анапе на дальность пушечного выстрела капудан-паша ‹Высший чин на флоте в султанской Турции, соответствовал генерал-адмиралу. Капудан-паша являлся главнокомандующим флота› не решился. Через несколько дней русский отряд захватил соседнюю вражескую крепость Суджук-кале (на месте современного портового города Новороссийска), турецкий гарнизон которой заблаговременно бежал на судах в море, в спешке бросив все свои пушки.
За взятие Анапы генерал-аншеф И.В. Гудович был удостоен ордена Святого Георгия 2-й степени и шпаги, украшенной алмазами.
После одержанной победы и изгнания турецких войск из пределов Черкесии Гудович занялся укреплением Кавказской пограничной линии. На ней на берегах Кубани (правом) и Терека (левом) были возведены новые крепости — Усть-Лабинская, Кавказская, Шелководская и другие. По предложению командующего отдельным Кубанским корпусом на Северном Кавказе были созданы новые казачьи станицы и с Дона сюда переселены сотни семей донских казаков. При этом Гудовичу и властям пришлось столкнуться с нежеланием казаков переселяться с обжитых мест на юг. Среди прочих наказов императрицы Екатерины II ему было и привлечение горских правителей в российское подданство. Труды генерал-аншефа по укреплению границ были оценены очень высоко — он удостоился ордена Андрея Первозванного.
