Во время швейцарского похода в сражении на горном перевале Сен-Готард русский авангард под командованием Багратиона блестяще выполнил свою задачу, и во многом благодаря ему французам пришлось очистить путь суворовским войскам, понеся при этом большие потери. Багратиону выпала честь последней победой русского оружия завершить славный суворовский Швейцарский поход. 1 октября 1799 года авангард под его командованием численностью в 6 тысяч человек нанёс поражение противостоящему 5-тысячному отряду французов под командованием генерала Молитора. Эта победа в швейцарских горах при Нефельсе обеспечила беспрепятственный отход русских войск в долину Верхнего Рейна.
В своих приказах и донесениях императору Павлу I в далёкий от Швейцарии и Италии Санкт-Петербург А.В. Суворов постоянно отмечал заслуги командира своего авангарда, успешно справлявшегося с самыми ответственными боевыми задачами. Из заграничного похода генерал Багратион вернулся уже прославленным военачальником.
В военной кампании 1805 года, когда армия под командованием М.И. Голенищева-Кутузова совершала свой знаменитый Ульмско-Ольмуцкий марш-манёвр, генерал Багратион возглавлял её арьергард, на долю которого выпало большего всего испытаний.
Из них наиболее серьёзным оказался бой 16 ноября 1805 года при Холлабрунне. Русскому 7-тысячному арьергарду противостоял передовой 40-тысячный корпус наполеоновской армии под командованием маршала Мюрата, опытного и смелого кавалерийского военачальника. Закрепившись на позиции у Холлабрунна, князь Багратион держался до тех пор, пока отходившие главные силы русской армии не оказались на недосягаемом для французской армии удалении.
Хотя багратионовский арьергард понёс в бою наравне с французами большие потери, особенно в артиллерии, свою задачу он выполнил. Только после этого арьергард оставил свои позиции. Маршал Мюрат оказался бессильным в бою против русского пехотного генерала. Наполеон Бонапарт выразил тогда большое неудовольствие действиями своего прославленного маршала Франции.
Багратион сумел отбить все попытки французских войск, которыми командовали лучшие наполеоновские военачальники, преследовать русскую армию, когда та, хотя и с большими потерями, смогла добиться успехов в нескольких упорных боях. Кутузовский арьергард стал для неприятеля неодолимым препятствием, и императору французов пришлось это признать. Затем генерал Багратион отличился в битве при Шенграбене, проявив здесь завидную стойкость и решительность при отражении натиска французских войск.
Подлинное полководческое признание пришло к Петру Ивановичу Багратиону после битвы при Аустерлице 2 декабря 1805 года, которую Наполеон считал «солнцем» в своей военной биографии. Армия французского императора насчитывала 75 тысяч человек. Его противники — 85 тысяч человек (60 тысяч — русских и 25 тысяч — австрийцев) и 278 орудий. Союзной армией формально командовал генерал Кутузов, но в ходе сражения в его решения постоянно вмешивались российский император Александр I и австрийский император Священной Римской империи Франц II.
Багратион командовал войсками правого крыла союзной армии, которые длительное время стойко отражали все атаки французов. Когда победная чаша весов стала склоняться в сторону наполеоновской армии, почти окружённые войска Багратиона составили арьергард союзной русско-австрийской армии, прикрыв собой отход главных сил и понеся при этом большие потери.
Сражение при Аустерлице — «битва трех императоров» — стало для генерала П.И. Багратиона строгим экзаменом на полководческую зрелость, который он с честью выдержал. Последствием этой битвы стал распад Священной Римской империи и образование на её месте Австрийского государства, которое перестало быть союзником России.
В ходе Русско-прусско-французской войны 1806-1807 годов генерал П.И. Багратион вновь командовал арьергардом союзной армии, который отличился в крупных сражениях на территории Восточной Пруссии — у Прейсиш-Эйлау и при Фридланде. В первом из них, состоявшемся 7-8 февраля 1807 года, генерал Багратион командовал арьергардом русской армии, прикрывая её отход к Прейсиш-Эйлау. Затем багратионовские полки успешно отражали атаки французских войск и не позволили неприятелю обойти себя с фланга. После кровопролитного сражения, продолжавшегося до десяти часов вечера, армии противников остались на исходных позициях. На следующий день русские беспрепятственно отступили.
В награду за успешное выполнение поставленной задачи генерал-лейтенант Багратион получил почётное золотое Георгиевское оружие — шпагу, украшенную алмазами, с надписью «За сражение при Прейсиш-Эйлау». К тому времени он уже имел за Шенграбен полководческую награду — орден Святого Георгия 2-й степени.
В ходе Русско-шведской войны 1808-1809 годов генерал Багратион сперва командовал пехотной дивизией, а затем армейским корпусом. Суворовский любимец руководил Аландской экспедицией 1809 года, когда русские войска, совершив переход по льду Ботнического залива, заняли Аландские острова и вышли к берегам Швеции. Это обстоятельство незамедлительно вынудило Стокгольм заключить с Россией выгодный для последней мирный договор.
Во время Русско-турецкой войны 1806-1812 годов генерал Багратион с августа 1808 года по март 1810-го был главнокомандующим русской Молдавской (Дунайской) армией. Он успешно руководил боевыми действиями на правом и левом берегах Дуная, в Северной Болгарии. Его войска овладели турецкими крепостями Мачин, Кюстенджи, Гирсово, разгромили у Рассевата отборный 12-тысячный корпус султанских войск и нанесли турецкой армии крупное поражение под Татарицей. Одержанные победы позволяли рассчитывать на успешное проведение новой военной кампании.
Однако перенести боевые действия дальше на болгарскую территорию главнокомандующему не довелось. В Санкт-Петербурге были недовольны подготовкой его войск (и прежде всего кавалерии, потерявшей много коней по причине недостатка фуража) к зимовке. Из-за вспыльчивого характера Багратиону пришлось расстаться с Молдавской армией и вернуться в Россию.
Ко времени вторжения Великой армии Наполеона Бонапарта генерал от инфантерии Пётр Иванович Багратион был уже вполне сложившимся полководцем. Один из героев Отечественной войны 1812 года генерал А.П. Ермолов в своих «Записках» дал ему следующую характеристику:
«Одарённый от природы счастливыми способностями, остался он без образования и определился в военную службу. Все понятия о военном ремесле извлекал он из опытов, все суждения о нём — из происшествий, по мере сходства их между собою, не будучи руководим правилами и наукою и впадая в погрешности; нередко однако же мнение его было основательным. Неустрашим в сражении, равнодушен к опасности. Не всегда предприимчив, приступая к делу; решителен в продолжении его. Неутомим в трудах. Блюдёт спокойствие подчинённых».
В августе 1811 года Багратиона назначили командующим Подольской армией, которая в марте следующего года была переименована во 2-ю Западную армию Вместе с 1-й Западной армией М.Б. Барклая-де-Толли она прикрывала государственную границу. Багратионовская армия состояла из двух пехотных и одного кавалерийского корпусов и девяти казачьих полков общей численностью 40 тысяч человек при 180 орудиях. Располагалась она в районе городов Волковыска и Белостока. Казачьи полки были развёрнуты вдоль государственной границы. Для усиления армии из Москвы двигалась пехотная дивизия генерала Неверовского.
К тому времени и людям военным, и дипломатам было совершенно ясно, что новый конфликт между наполеоновской Францией, завоевавшей пол-Европы, и Россией, оставшейся без союзников, неизбежен. Австрия и Пруссия теперь выступали на стороне Франции.
Пётр Иванович Багратион, предвидя неизбежность вторжения Наполеона Бонапарта в пределы Отечества, разработал собственный план заблаговременной подготовки страны и её вооружённых сил к отражению агрессии. Однако этот план не встретил понимания у императора Александра I и его ближайшего окружения, которые предпочли план немецкого генерала Фуля. Уже первые дни войны показали его бездарность и пагубность для русской армии.
