Затем последовало участие в военных действиях в Польше в 1794 году, где приходилось бороться с небольшими разрозненными отрядами польских повстанцев. За заслуги при взятии города Вильно и при разгроме близ Гродно крупного отряда неприятеля под командованием Грабовского Барклай-де-Толли был награждён орденом Святого Георгия 4-й степени. Польскую войну, в которой командир пехотного батальона показал себя мастером манёвров в ходе боевых действий, закончил подполковником.
Пройдя горнило трех войн, Барклай-де-Толли стал опытным военным, имея хороший послужной список. Он был уже Георгиевским кавалером, прекрасные характеристики свидетельствовали о его боевых заслугах. Перспективный офицер быстро продвигался по служебной лестнице. Протекций у него было мало, всего он добивался упорным трудом и добросовестной службой.
В 1798 году Барклай-де-Толли был произведён в полковники и назначен шефом 4-го (он же потом стал 3-м) егерского полка. То было назначение особого рода. Егерские полки в русской армии того времени являлись отборными пехотными частями, и командовали ими самые лучшие офицеры, имевшие боевой опыт. За отличную подготовку полка лёгкой пехоты Барклай-де-Толли уже на будущий год был произведён в генерал-майоры.
За девять лет успешного командования егерским полком он приобрёл большой опыт и проявил незаурядные способности, которые не остались незамеченными. Генерал-фельдмаршал и блестящий дипломат Н.В. Репнин так отзывался о будущем герое Отечественной войны 1812 года: «Меня уже не будет на свете, но пусть вспомнят мои слова: этот генерал много обещает и далеко пойдёт».
В Русско-прусско-французской войне 1806-1807 годов генерал-майор командовал дивизией. За сражение под Пултуском 14 декабря 1806 года он удостоился ордена Святого Георгия 3-й степени. Тогда Барклай-де-Толли командовал передовым отрядом русского корпуса, который не только выдержал яростную атаку прославленного победами наполеоновского маршала Ж. Ланна, но и вместе с подошедшими войсками генерала Сакена перешёл в контратаку и опрокинул дивизию генерала Гюдена. В Пултусском сражении французам так и не удалось выйти в тыл русской армии и отрезать её от переправ через реку Нарев.
Затем последовало генеральное сражение русской и французской армий у города Прейсиш-Эйлау (ныне город Багратионовск Калининградской области) 26-27 января 1807 года. Благодаря искусным действиям генерала Барклая-де-Толли русскому арьергарду удалось сдержать главные силы французов.
В сражении при Прейсиш-Эйлау генерал получил тяжёлое ранение в правую руку. В бессознательном состоянии он был вынесен из боя под огнём противника унтер-офицером Изюмского гусарского полка Сергеем Дудниковым. Лечение длилось пятнадцать месяцев. Врачи извлекли из раны более сорока обломков костей.
В Русско-шведской войне 1808-1809 годов Барклай-де-Толли сперва командовал дивизией, а затем корпусом. Он участвовал в знаменитом переходе русских войск по льду Ботнического залива через пролив Кваркен шириной в 100 километров на шведский берег. Одновременно корпус генерала Багратиона совершил переход по льду на Аландские острова. Эта смелая операция русского командования поставила Швецию в безвыходное положение, и та заключила мир с Россией, отказавшись от всяких претензий на Финляндию.
После окончания Русско-шведской войны её герой Барклай-де-Толли получил чин полного генерала от инфантерии и был назначен главнокомандующим русской армии в Финляндии и губернатором этой части Российской империи. На этом посту Михаил Богданович многое сделал для укрепления здесь государственной границы. Близость к Санкт-Петербургу давала возможность установить связи при императорском дворе и продемонстрировать свои способности и как главнокомандующего, и как губернатора. Это, наравне с боевыми заслугами, и предопределило дальнейшую судьбу Барклая-де-Толли.
В это время над Россией вновь нависла опасность войны. Император Александр I сместил с поста военного министра генерала от артиллерии А.А. Аракчеева и назначил на этот пост в 1810 году Михаила Богдановича Барклая-де-Толли, который он занимал до сентября 1812 года.
В том же 1810 году он становится членом Государственного совета. Как военный министр М.Б. Барклай-де-Толли проделал огромную работу в преддверии вторжения Великой армии Наполеона в Россию. Под его руководством было подготовлено издание «Учреждения для управления большой действующей армией», в котором определялись права и обязанности высших армейских начальников и штат полевого штаба.
Военный министр ввёл в русской армии корпусную организацию, что делало её в тех условиях более мобильной, манёвренной и лучше управляемой в мирное и военное время, утвердил новые воинские уставы. В преддверии войны с Францией численность русской армии была увеличена, заблаговременно были подготовлены резервы. В приграничной полосе строились новые крепости.
Однако Барклай-де-Толли не смог воспрепятствовать тому, что император Александр I на случай войны с Францией принял план действий русской армии, разработанный его ближайшим военным советником Фулем — прусским генералом на русской службе. Первые же дни войны вскрыли всю несостоятельность и бездарность фулевского плана.
Военный министр знал из донесений разведки, что к российским границам стягивается огромная наполеоновская армия, и заблаговременно писал императору Александру I: «Необходимо… начальникам армий и корпусов иметь начертанные планы их операций, которых они по сие время не имеют».
Но царь остался глух к таким письмам. Отличавшийся большим честолюбием, он стремился быть на первых ролях в развернувшейся исторической драме и мечтал о бранной славе, добытой в соперничестве с признанным великим полководцем Наполеоном. В сопровождении огромной свиты монарх прибыл в Вильно. Он осознавал, что не обладает полководческим талантом, поэтому не взял на себя бремя главнокомандующего с неизбежной при этом ответственностью за принимаемые решения. Но он и не внял совету своего военного министра о назначении такого главнокомандующего, предоставив Барклаю-де-Толли отдавать распоряжения от своего имени.
Отечественную войну 1812 года, начавшуюся в ночь на 12 июня, генерал от инфантерии М.Б. Барклай-де-Толли встретил на посту командующего самой крупной русской армией, 1-й Западной. Она состояла из шести пехотных, двух кавалерийских и одного казачьего корпусов общей численностью почти в 130 тысяч человек при 558 орудиях и располагалась в районе Россиены, Вильно, Гродно и прикрывали 220-километровый участок западной границы России. 1-я армия превосходила вместе взятые 2-ю Западную армию и 3-ю Резервную, или Обсервационную, армию генерала А.П. Тормасова.
Барклаю-де-Толли подчинялась и соседняя, багратионовская 2-я Западная армия (вплоть до назначения главнокомандующим русской действующей армией М.И. Голенищева-Кутузова). В условиях значительного превосходства наполеоновской армии Барклай-де-Толли сумел осуществить отход двух русских армий к Смоленску, сорвав тем самым план французского императора разгромить их порознь. Однако большинство современников осудило такие действия российского военного министра.
Отступление русских войск от государственной границы и нежелание Барклая-де-Толли дать неприятельской армии генеральное сражение вызвали недовольство широкой общественности, и прежде всего в рядах самой армии. Авторитет военного министра упал, и он уже не мог претендовать на верховное командование в начавшейся войне. Однако его несомненной заслугой было то, что он сумел сохранить русскую армию для Бородинского сражения.
Первоначально 1-я русская Западная армия отступала к Дриссе, чтобы занять оборону в построенном там по плану Фуля укреплённом лагере. Из-за этого расстояние между 1-й и 2-й армиями значительно увеличивалось. Кроме того, непригодность лагеря для обороны была очевидной. Противник мог обойти его, окружить и принудить русскую армию к капитуляции.
Военный министр приказал своей армии оставить Дриссу и отходить на соединение с армией генерала Багратиона в направлении Полоцк, Витебск, Смоленск. Барклай-де-Толли под Витебском умело ушёл от генерального сражения с Наполеоном. Для защиты петербургского направления из состава армии был выделен корпус генерала Витгенштейна численностью в 23 тысячи человек.
