В ходе смоленского сражения кавалерия Мюрата так и не смогла нанести фланговые удары по оборонявшейся 27-й русской пехотной дивизии, которой командовал генерал Д.П. Неверовский, хотя французы имели трехкратное численное превосходство. Корпус Мюрата принял участие в битве и за сам город Смоленск.
После этого французская кавалерия участвовала в преследовании русской армии по Московской дороге. Однако до самого Царёва-Займища Мюрату, королю Неаполитанскому (это королевство ему подарил как близкому родственнику Наполеон) так и не удалось отсечь русский арьергард от главных сил и нанести ему поражение.
На Бородинском поле маршал Мюрат вместе со своей кавалерией оказался в самом пекле сражения. Его полки участвовали почти во всех атаках на центр русской позиции — Багратионовы флеши. Укрепления переходили из рук в руки. Хотя атаковали французы, русская пехота и кавалерия многократно контратаковывала противника. В одной из таких контратак маршалу Мюрату пришлось дважды спасать свою жизнь, укрываясь от русских конников в каре 33-го лёгкого (пехотного) полка.
Кавалерия Мюрата приняла участие и в штурме Курганной высоты, в ходе которого большие потери понесла тяжёлая кавалерия — кирасиры. В бою за Большой редут или батарею Раевского погиб командующий одного из кавалерийских корпусов французской армии генерал Коленкур, которого Мюрат в своём рапорте императору о Бородинской битве назвал одним из героев дня.
Во Франции Бородинское сражение назвали битвой при Москве-реке. День Бородина, столь славный для русского оружия, обернулся настоящей трагедией для мюратовской кавалерии, которая оставила половину своего состава на этом поле. Думается, что и Наполеон Бонапарт, и Мюрат так и не осознали того, что время кавалерийских атак на полевые земляные укрепления, защищённые орудийными батареями, уже прошло. В противном случае Мюрат не бросал бы раз за разом на штурм Багратионовых флешей и батареи Раевского свои конные дивизии и полки, пытаясь в полном смысле этого слова задавить русских массой тяжёлой кавалерии.
Почти опустевшая Москва стала настоящей западнёй для французов. Наполеон стал искать пути выхода из России, сохраняя ещё полностью боеспособной свою Великую армию. Однако перед этим он потерпел поражение на реке Чернишня, которое вошло в военную историю как Тарутинское сражение. Здесь, на берегах реки, располагался походный лагерь авангарда французской армии, корпус маршала Мюрата. А всего в 8 километрах от него находился русский Тарутинский лагерь.
Воспользовавшись тем, что неприятельский корпус расположился далеко от главных сил французской армии, русский главнокомандующий М.И. Голенищев-Кутузов решил атаковать его и разбить. Тарутинское сражение состоялось 6 декабря. Русские войска атаковали неприятеля тремя колоннами. Атака началась на рассвете, и вскоре колонна под командованием генерала В.В. Денисова-Орлова (10 казачьих и 4 кавалерийских полка с конной артиллерией) разгромила противостоявших ей французов и вышла в тыл корпусу Мюрата. Тому пришлось из-за реальной угрозы попасть в окружение бежать к Москве.
Тарутинское сражение в истории Отечественной войны 1812 года примечательно ещё и тем, что на берегах реки Чернишни маршал Франции Мюрат так и не сумел проложить путь для готовой к отступлению наполеоновской армии по Новой Смоленской дороге. Великой армии пришлось уходить из России по Старой Смоленской дороге, окрестности которой были разорены ещё в начале французского нашествия.
Вскоре началось контрнаступление русской армии, вылившееся в преследование главных сил французской армии, которая в условиях зимы таяла с каждым днём. Кавалерийский корпус неаполитанского короля, или вернее то, что от него осталось, превратился в пеший. Коней набиралось только для императорской свиты и личного конвоя.
23 ноября Наполеон тайно покинул остатки Великой армии и уехал в Париж, чтобы там собрать новую армию для продолжения войны. Вместо себя он оставил маршала Мюрата, дав ему все права главнокомандующего. Единственное, что тот мог сделать, так это попытаться организовать оборону города Вильно. Но наступавшие русские войска стали его обходить, и французы вновь в большом беспорядке устремились к Ковно, стоявшему на государственной границе.
Почти полное уничтожение Великой армии на полях и в лесах России надломило веру Иоахима Мюрата в счастливую судьбу Наполеона. В январе 1813 года он передал командование над остатками французских войск Евгению Богарне и, не испросив на то разрешения у императора, уехал в Неаполь, столицу своего королевства. Там он попытался было вести секретные сепаратистские переговоры с Австрией, но неудачно: европейские монархи не желали признавать таких королей, как он.
В военной кампании 1813 года маршал Мюрат сражался на стороне Наполеона Бонапарта, вновь командуя французской кавалерией, которая после Бородина и численно, и по выучке была уже не та. Он участвовал в сражениях под Лейпцигом и Дрезденом. В последнем Мюрат немало способствовал успеху наполеоновской армии, которую союзные — прусская, австрийская и русская — превосходили почти вдвое.
Под Дрезденом Наполеон направил главный удар по левому флангу союзников, где стояли австрийские войска под командованием императорского полководца Шварценберга, бывшего ещё совсем недавно командиром корпуса в наполеоновской армии. Позиция австрийцев была неудобна тем, что от центра расположения союзных армий их отделял глубокий Планенский овраг.
Атаковать левый фланг противника было поручено Мюрату. Это мероприятие увенчалось полным успехом — австрийцы под натиском французов, прежде всего их кавалерии, были сброшены в овраг, где все полки и батальоны перемешались, неся к тому же большие потери от неприятельского ружейного и пушечного огня. Хотя русские и пруссаки устояли под натиском французов, полный разгром австрийских войск заставил их в конечном итоге отступить.
Дрезденское сражение 26-27 августа 1813 года стало последней победной строкой в полководческой биографии маршала Франции Иоахима Мюрата. Итоги битвы были впечатляющи — неприятель потерял 16 тысяч убитыми и ранеными, 15 тысяч — пленными и 40 орудий (главные потери оказались австрийскими). Победители потеряли около 10 тысяч человек. Мюрата чествовали как главного героя сражения, но он уже понимал, что в недалёком будущем наполеоновской империи придёт конец.
В 1814 году союзные армии вошли в поверженный Париж. Наполеон под давлением своих маршалов отрёкся от власти и по милости победителей стал главой небольшого государства на острове Эльба. Мюрат возвратился в Неаполь. Он был готов на все, чтобы сохранить за основанной им королевской династией престол на юге Италии. Одной из таких попыток стало заключение в январе 1814 года договора с Австрией и Великобританией. По нему Мюрат обязывался выставить против Наполеона 30-тысячную армию.
Однако удержать королевскую корону ему не удалось. На Венском конгрессе 1814-1815 годов притязания наполеоновского маршала на Неаполь не получили поддержки у монархов Европы. Они просто не желали видеть в своём кругу выскочку из простонародья.
Решения Венского конгресса предопределили дальнейшую судьбу короля Неаполитанского — он понял, что сохранить корону и престол может только с оружием в руках. Во время «Ста дней» он вновь сражался на стороне Наполеона.
Будучи разбит австрийцами в Италии и не получив там ожидаемой военной поддержки, Мюрат бежал сперва во Францию, а затем на остров Корсику. Однако желание вернуть себе подаренное ему Наполеоном королевство не покидало его. И он решил действовать.
В сентябре 1815 года Иоахим Мюрат во главе небольшого отряда своих приверженцев высадился на юге Италии, в области Калабрия. Однако задуманного победного военного похода на Неаполь не получилось. Бывший наполеоновский маршал был арестован и судим австрийским военным судом. Тот приговорил Мюрата к расстрелу, и через 15 минут после вынесения приговора он был казнён.