Испания проиграла войну Французской республике и в 1796 году заключила с ней мир. После этого Мадрид начал новую войну, на сей раз против владычицы морей Англии, которая не раз пыталась завоевать часть испанских колоний, прежде всего на американском континенте. 17-летний армейский лейтенант стал флотским офицером. Он вновь отличается в боях теперь уже с новым противником и не на суше, а на море — сперва в сражении при Сан-Висенте в 1797 году, затем в августе 1798 года в ожесточённой схватке на борту испанского фрегата «Святая Доротея», который англичане брали на абордаж.
В юности Сан-Мартин познакомился с французскими республиканцами, которые смело бросили вызов всей монархической Европе. Революционные идеи увлекли молодого офицера испанской королевской армии и в скором времени стали смыслом всей его жизни.
В 1800 году 22-летний Хосе де Сан-Мартин принимал участие в своей четвёртой войне, на сей раз против Португалии, и отличился в бою под Оливенсой. Через два года он воевал у Гибралтара и на севере современного Марокко, в городе Сеуте, который и в следующем веке остался испанской колонией. После этого Сан-Мартин служил в гарнизоне приморского города Кадиса в пехотном полку волонтёров.
В 26 лет Хосе де Сан-Мартин выглядел закалённым на войне офицером, познавшим её тяготы и радость побед. Он не раз проявлял личное мужество и научился водить за собой в атаку солдат. Военное искусство он познавал не в теории, а на практике. Увлечение французскими революционными идеями сделало своё дело.
Когда на Пиренейский полуостров вторглась армия Наполеона, испанская знать вместе с королём Карлом IV бросили страну на произвол судьбы. Королевская чета покинула Мадрид, а Совет Кастилии склонил голову перед завоевателями. Однако именно в Испании наполеоновская армия впервые столкнулась с восставшим народом (второй раз — в 1812 году, когда Великая армия Наполеона вторглась в Россию).
Народное восстание охватило большую часть Испании. Хосе де Сан-Мартин стал командиром одного из партизанских отрядов на юге страны. В 1808 году он участвовал в ожесточённых боях против французских войск. За взятие вражеской позиции на высотах под Архонильей был произведён в капитаны Бурбонского полка. Затем его отряд выиграл бой под Альбуэрой и участвовал в сражении при Байлене.
За отвагу, проявленную в Байленском сражении 19 июля 1808 года, Сан-Мартин был произведён в подполковники. В той битве наполеоновский генерал Дюпон потерпел полное поражение от своего противника генерала Кастаньоса, который имел под своим началом 15 тысяч человек. Французские потери составили свыше 2 тысяч человек. Оставшиеся в живых из 20-тысячного корпуса вместе со своим командиром генералом Дюпоном сдались в плен.
В 1811 году Хосе де Сан-Мартин узнал о Майской революции в Аргентине, на своей родине, которую он помнил смутно. В Испанию стали приходить известия о революционных событиях в Ла-Плате. Освободительное движение охватило все испанские колонии в Латинской Америке.
Сан-Мартин выехал из Испании в Англию, чтобы оттуда отправиться на родину. К тому времени он был уже знаком с членами тайной патриотической организации «Общество Лаутаро» (названо так по имени одного из вождей индейцев-аракуанов, возглавившего в середине XVI века восстание против испанского господства), основанной в Лондоне венесуэльцем Франсиско де Мирандо. Теперь бывший подполковник испанской королевской армии Хосе де Сан-Мартин решил «обнажать свою шпагу только против врагов свободной Южной Америки».
В Аргентине его встретили с распростёртыми объятиями. Через неделю он получил чин полковника и стал формировать эскадрон конной гвардии. В скором времени эскадрон вырос в полк конных гренадеров республиканской армии, которая только начинала создаваться.
Сан-Мартин лично обучал его бойцов и офицеров военному мастерству и воспитывал их в духе свободолюбия и патриотизма, разжигая ненависть к врагам-испанцам. В полку по его инициативе был создан так называемый трибунал надзора. Он состоял из полковых офицеров и вершил суд, руководствуясь кодексом мужества и чести.
3 февраля 1813 года полковник Сан-Мартин одержал свою первую победу на земле Ла-Платы. Во главе эскадрона численностью в 125 человек он разбил при монастыре Сан-Лоренсо моряков испанской военной флотилии, действовавшей на реках Парана и Уругвай. Эта победа укрепила веру местных жителей в республиканскую армию, облегчила связи Ла-Платы с провинцией Парагвай и снабжение патриотических войск Хосе Ронде, осаждавших город Монтевидео.
Сан-Мартин, узнавший, что испанцы готовятся высадиться в окрестностях монастыря Сан-Лоренсо с целью ограбить обитель, решил устроить им засаду. Конные гренадеры всего за три часа доскакали из Буэнос-Айреса до монастыря и укрылись за его стенами. С подошедших семи речных кораблей испанской флотилии высадились 320 человек и двинулись к Сан-Лоренсо. Когда испанцы приблизились почти вплотную к монастырским воротам, аргентинцы внезапно атаковали их. Испанцы успели дать только один залп, после чего началась рукопашная схватка. Победители потеряли всего 8 человек, а из вражеского десантного отряда успели добежать до своих кораблей всего 50 человек.
В Буэнос-Айресе полковник Сан-Мартин создал отделение «Общества Лаутаро», в которое вошли патриотически настроенные государственные деятели и военачальники. Хосе де Сан-Мартин и его сторонники оказали поддержку «Патриотическому обществу» в свержении Первого триумвирата, превратившегося в орган реакционной власти.
Новый триумвират в составе Николаса Родригеса Пеньи, Антонио Альвареса Хонте и Хуано Пасо созвал 31 января 1813 года в Буэнос-Айресе Генеральную конституционную ассамблею, которая провозгласила независимость провинций Ла-Платы и утвердила закон о новом гражданстве. Страна получила название — Объединённые провинции Ла-Платы, национальный герб (ныне герб Республики Аргентина), государственный гимн и флаг — бело-голубой. Было ликвидировано рабство (первоначально был запрещён ввоз в страну новых рабов-негров) и Трибунал инквизиции, а орудия пыток предписывалось публично сжечь.
Тем временем на севере Объединённых провинций Ла-Платы патриотические войска генерала Бельграно вели тяжёлые бои против испанцев. После побед при Тукумане и под Сальтой они потерпели в конце 1813 года два поражения в битвах при Вилькапухио и при Айоуме. Буэнос-айресское правительство приказало Хосе де Сан-Мартину, произведённому в генералы, выступить на север с экспедиционным корпусом на помощь Северной армии. Несколько позже он стал её командующим.
Установив самые дружеские отношения с генералом Бельграно, Сан-Мартин провёл реорганизацию и наладил обучение Северной армии, сосредоточив её в провинции Тукуман. Под её одноимённой столицей был создан укреплённый лагерь республиканских войск «Сьюдадел» («Крепость»). В войсках устанавливалась строгая дисциплина и субординация. Армейские офицеры изучали арифметику и геометрию. Тем временем в соседней провинции Сальте накапливались военные силы испанцев.
Пока республиканская армия проходила обучение, её командующий воевал против испанцев на севере страны в партизанских отрядах под общим командованием героя Ла-Платы Мартина Мигеля Гуэмеса. Сам генерал Сан-Мартин задумал совершить поход через Анды, чтобы перенести боевые действия в Верхнее Перу, под стены города Лимы и на побережье Тихого океана. В конце концов Хосе де Сан-Мартин решил идти на Лиму через территорию Чили, которая тоже находилась под властью испанцев.
Он отказался от командования Северной армией, приняв предложение стать интендант-губернатором Куйо и в августе 1814 года переехал в город Мендосу, в котором решил сформировать освободительную армию. В начале 1815 года верховным правителем Объединённых провинций Ла-Платы был назначен Карлос Альвеара, который недоброжелательно относился к Сан-Мартину.
После крушения наполеоновской Франции Испания начала деятельно решать накопившиеся проблемы в своих американских колониях. Войска патриотов потерпели несколько военных поражений. В Кито, Каракасе и Мехико господствовали роялисты — сторонники короля Фердинанда VII. Испанцы полностью восстановили свою власть в Чили и стали готовить военную экспедицию против Объединённых провинций Ла-Платы. В ней же произошёл раскол: пять провинций — Восточный берег, Энтре-Риос, Корриентес, Санта-Фе и Кордова отказались подчиняться Карлосу Альвеару и образовали так называемый Протекторат Артигаса.
