В Чечне началось новое вооружённое выступление против власти России. Подвижные войска Шамиля после совершения нападений на русские крепости, отряды и селения легко выходили из боя и скрывались в горах и лесах от преследования. В эти годы многие действия русских войск в горах заканчивались неудачей: их экспедиции на территорию имамата не достигали поставленных целей, а в частых боевых столкновениях стороны несли большие потери в людях.
С 1840 по 1846 год войска имама вели активные военные действия на территории Чечни и большей части Дагестана, угрожая перенести войну с гор в предгорья Кавказа. В нападениях на позиции русских войск зачастую участвовали отряды по нескольку тысяч человек. Однако когда Шамиль во главе 15-тысячного отряда вторгся в Казикумых в 1842 году, то был разбит в бою при Кюлюли и отступил. В августе 1843 года имам собрал по окончании жатвы войско почти в 10 тысяч человек и разорил в горах Дагестана шесть русских укреплений.
Однако начиная с 1846 года, когда новым царским наместником и главнокомандующим русскими войсками на Кавказе (с 1844 года) стал генерал граф М.С. Воронцов, ситуация стала меняться не в пользу Шамиля. В 1845 году император Николай I приказал Воронцову взять резиденцию имама аул Дарго, хотя против этого высказались все авторитетные кавказские боевые генералы. Даргинская экспедиция для русских войск закончилась самыми крупными потерями в Кавказской войне — на пути к Дарго напрасно погибли 3 тысячи 631 человек и был взят брошенный жителями и сожжённый мюридами аул. В ходе этой военной экспедиции русскому отряду приходилось постоянно вступать в схватки с горцами, отбивать нападения из засад, преодолевать десятки лесных завалов и пробиваться вверх в горы по испорченным, перекопанным горцами дорогам.
Неудачная Даргинская экспедиция убедила царского наместника в том, что путь к победе над имаматом Шамиля лежит не через горный Дагестан, а через Чечню. Теперь генерал Воронцов действовал иначе Он не посылал военные экспедиции в горы, а занимался прокладыванием в лесах дорог, строительством крепостей и укреплённых линий, защитой мирных горских селений. Такая тактика стала уже в скором времени давать желаемые плоды.
В 1846 году русские войска успешно ликвидировали прорыв войск Шамиля (они пробивались на запад двумя колоннами) в Кабарду, население которой мусульманского правителя не поддержало. Попытка воинственного имама расширить театр военных действий на Северном Кавказе закончилась полной неудачей. В 1848 году русские войска заняли важный для войны в горах аул Гергебиль, стоящий на правом берегу реки Аварское Койсу при слиянии её с Кара-Койсу. Укрепление русских войск Гергебиль в 1843 году было взято войском мюридов.
В январе 1848 года Шамиль собрал в ауле Ведено наибов, горских старшин и наиболее авторитетных духовных лиц Чечни и горного Дагестана. Он объявил им, что не видит помощи от кавказского народа созданному им имамату и усердия в войне против России и поэтому решил сложить с себя звание имама. Однако собрание близких к нему людей заверило его в своей преданности и обязалось в случае смерти Шамиля признать имамом его сына.
В 1849 году войско Шамиля потерпело два крупных поражения: при попытке штурмом взять город Темир-Хан-Шурой (ныне Буйнакск в Северном Дагестане) и при попытке прорваться в грузинскую область Кахетию. Постоянные поражения на западной окраине Северного Кавказа — в Черкесии терпел и его наместник наиб Мухаммед-Эмин, получавший морем помощь из Турции. Здесь «немирным» черкесским племенам противостояли казаки.
С каждым годом территория имамата в Чечне и горном Дагестане неумолимо сужалась. Все больше горных обществ признавали власть России, обретая мирную жизнь и экономическое благополучие. Длительная война разрушила уклад жизни горцев и потребовала слишком много жертв.
К тому времени наибы имама превратились в крупных горских феодалов, жестоко эксплуатировавших своих подданных. Порой их самоуправство не знало границ. Это вызывало не только возмущение наибской властью, но и убийства наместников Шамиля. Тот в подобных случаях, подавлял недовольство в имамате силой оружия, разоряя горские аулы за непокорность. В итоге наибское правление не столько укрепило власть имама на местах, сколько способствовало её ослаблению.
С началом Крымской войны 1853-1856 годов у имама Шамиля появились большие надежды на помощь Турции, но он жестоко обманулся. Хотя османский правитель и удостоил его звания генералиссимуса султана Оттоманской империи, но реальной обещанной военной помощи от англо-франко-турецких союзников горцы имамата не получили. Более того, русская Кавказская армия, образованная из Отдельного Кавказского корпуса, под командованием генерала Н.Н. Муравьёва-Карского в сражении при Башкадыкларе наголову разбила турецкую армию, а многочисленные попытки черкесов захватить Черноморскую и Лабинскую укреплённые линии успеха не имели.
Противники России в Крымской войне так и не дождались удара армии Шамиля из-за Кавказских гор в тыл русской Кавказской армии. В Стамбуле, Париже и Лондоне явно переоценили реальные военные силы имамата.
Политика царской России на Северном Кавказе, большие людские потери горцев в длительной и неравной войне, отказ от участия в ней многих горских областей и отдельных аулов, истощение материальных ресурсов резко сократили возможности Шамиля. Численность его войск постоянно сокращалась, а пополнений не было. Шамиль ещё пытался совершать набеги на укрепления и гарнизоны противника, но русские войска проникали во владения имамата все дальше и дальше, доходя до самых труднодоступных ущелий. Кавказская война близилась к логическому завершению.
Развязка наступила в 1859 году. В апреле отряд генерала Евдокимова штурмом взял и разрушил резиденцию Шамиля — аул Ведено. На сторону царских властей стали переходить многие его наибы, среди которых были и известные Кибит-Магома и Даниель-бек. В горах Дагестана больше не стреляли по проходившим русским воинским отрядам, и дороги стали безопасны для путников и торговцев.
Шамиль, ограбленный в пути, с последними своими 400 мюридами укрылся на вершине считавшейся неприступной горы Гуниб, в одноимённом ауле. Генерал Врангель предложил имаму покориться российскому государю и передал ему разрешение на свободный выезд вместе с семьёй в священный для мусульман город Мекку на постоянное жительство. Шамиль отклонил такое предложение, хотя прекрасно понимал, что у него нет другого выхода. Но он опасался кровной мести дагестанских феодалов, воевавших против него в составе русских войск.
25 августа солдаты Апшеронского полка поднялись по отвесным скалам на гору Гуниб и в рукопашной схватке перебили мюридов, защищавших завал на единственной узкой тропе, ведущей вверх в гору. После этого имам Шамиль сдался в плен и был препровождён к русскому главнокомандующему генералу А.И. Барятинскому. Тот встретил побеждённого горского правителя ласково и под конвоем вместе с многочисленной семьёй отправил с Кавказа в Россию.
Пленённый Шамиль посетил российскую столицу Санкт-Петербург и имел аудиенцию у императора Александра II. Под городом Чугуевым он присутствовал на манёврах русской армии После этого бывший имам на девять лет поселился в губернском городе Калуге, где для его семьи, охраны и слуг (всего 21 человек) был выделен трехэтажный особняк. Недавнему противнику России императорское правительство выделило немалую пенсию. Такие известия в горах Северного Кавказа были встречены с большим недоверием. Затем Шамиль, к тому времени признавший себя подданным Российского государства, был отпущен императором Александром II под честное слово на поклонение мусульманским святыням в Мекку.
В 1870 году Шамиль, бывший уже в преклонном возрасте, выехал с семьёй из России в Аравию. По дороге в священную Мекку он умер в городе Медине от свирепствовавшей там эпидемии. Бывший кавказский имам был там похоронен недалеко от гробницы особо почитаемого мусульманами пророка Магомеда. Один из сыновей имама Шамиля стал генералом русской армии, другой — турецкой.
