Он явился организатором борьбы чешского народа против крестоносцев, обрушившихся на его родину в 1419-1434 годах.
Свою первую победу войско таборитов под командованием Яна Жижки одержало в бою у Судомержа в 1420 году, где их отряд из 400 человек, отступавший от города Пльзеня, успешно отбился от 2-тысячного отряда королевской рыцарской конницы. Этот бой примечателен тем, что табориты впервые применили здесь полевое укрепление из повозок, которое стало для конных рыцарей неодолимым препятствием. Этот тактический приём Жижка и другие предводители таборитов успешно применяли в ходе всех Гуситских войн.
После образования в 1420 году военного лагеря гуситов — Табора (ныне город в Чехии в 75 километрах от Праги) Ян Жижка стал одним из четырех гетманов гуситов, а фактически их главным полководцем. Другие три гетмана не оспаривали его фактическую власть в армии и добровольно подчинялись ему.
В том же году войско гуситов одержало свою первую значительную победу при обороне Витковой Горы (ныне Жижковой Горы), когда решался исход битвы за чешскую столицу, город Прагу. Её восставшие жители осадили в Пражской крепости королевский гарнизон. Узнав об этом, табориты поспешили им на помощь. К Праге спешил и император Священной Римской империи Сигизмунд I, возглавивший Первый крестовый поход на гуситскую Чехию, против противников власти католической церкви. Этот поход, как и все последующие (а их было всего пять) осуществлялся с благословения римского папы.
В армию императора вошли со своими отрядами бранденбургский, пфальцский, трирский, кёльнский и майнский курфюрсты, итальянские наёмники, а также австрийский и баварский герцоги. Крестоносцы наносили удар по Чехии с двух сторон — с северо-востока и с юга.
Ян Жижка во главе армии таборитов подошёл к Праге намного раньше своих противников, но не стал располагать свои войска в самом городе.
Для походного лагеря Ян Жижка выбрал Виткову гору близ города, к которому она была обращена своим восточным склоном. Протяжённость горы составляла 4 километра. Табориты укрепились на вершине Витковой горы, построив со стороны Праги два деревянных сруба, которые укрепили ещё стенами из камня и глины, и выкопав глубокие рвы. Получилась небольшая полевая крепость. После этого чешские воины стали ждать нападения рыцарей-крестоносцев.
Первую неприятельскую атаку отбил отряд таборитов, вооружённый тяжёлыми крестьянскими цепами для молотьбы зерна. Когда последовала вторая атака рыцарей на вершину горы, то на помощь войску Яна Жижки пришли жители Праги, среди которых оказалось большое число лучников. Пражане до этого наблюдали за ходом боя с крепостных стен и башен. В итоге сражение на Витковой горе закончилось полной победой таборитов и горожан.
После этой неудачи немало германских феодалов со своими отрядами покинуло императорское войско, и Сигизмунд I счёл за лучшее оставить Прагу и уйти в свои владения.
Победа чешских воинов у Витковой Горы над превосходящими силами крестоносцев прославила военного вождя гуситов и продемонстрировала его полководческие способности.
Своё гетманство Ян Жижка начал с реорганизации войска таборитов. Под его руководством гуситы создали постоянную армию, набиравшуюся из добровольцев. Командиры отрядов (гетманы) были выборными.
В 1423 году Ян Жижка разработал первый в Западной Европе воинский устав, который чётко определял правила поведения воинов в бою, в походе и на отдыхе.
Гуситская армия существенно отличалась от войск крестоносцев. Главной её силой являлась не тяжеловооружённая рыцарская конница, а хорошо организованная пехота. Первичной тактической единицей его армии стала повозка с «экипажем» в 18-20 человек: командир, два стрелка из аркебуз или пищалей, 4-8 лучников, 2-4 цепника, сражавшихся в бою тяжёлыми крестьянскими цепами, 4 копейщика, 2 щитника, прикрывавших в бою большими деревянными щитами лошадей и людей, 2 ездовых, управлявших лошадьми и сцеплявших повозки на стоянке. Повозки организационно объединялись в десятки с общим командиром, а десятки — в ряды, более крупные воинские отряды, способные решать уже самостоятельно боевые задачи.
Вся пехота делилась на тактические единицы — полусотни. Гуситской пехотой командовал гетман. Конница у гуситов была лёгкая и немногочисленная в отличие от вражеской, рыцарской. Она обычно составляла в сражении резерв главнокомандующего и использовалась для ведения контратаки и преследования разбитого противника.
Гордостью армии Яна Жижки была артиллерия, состоявшая из полевых и осадных орудий. К первым относились короткоствольная гауфница (гаубица), стрелявшая каменными ядрами, и длинноствольная «тарасница» на деревянном лафете, стрелявшая каменными и железными ядрами. Одно такое полевое орудие приходилось на пять повозок. Главным осадным орудием являлись бомбарды калибром до 850 миллиметров (по одной на ряд) с дальностью стрельбы 200-500 метров. Гуситы с успехом применяли свою многочисленную артиллерию в столкновениях с тяжёлой конницей неприятеля, которая на поле брани не отличалась хорошей манёвренностью и являлась хорошей мишенью.
Обычно армия гуситов состояла из 4-8 тысяч человек — хорошо обученных, дисциплинированных и организованных. Однако в случае необходимости Ян Жижка мог призвать под свои знамёна значительно больше гуситских воинов, прежде всего ополченцев из близлежащих городов и селений.
Необычным для того времени было боевое построение армии гуситов. В зависимости от условий местности, они создавали различные укрепления из сцепленных между собой цепями и ремнями тяжёлых повозок. Такое укрепление впоследствии получило название вагенбург. Артиллерийские орудия ставились между повозками, за которыми надёжно укрывалась пехота и конница. Рыцарям в таком случае приходилось спешиваться и атаковывать гуситов в заведомо невыгодных условиях.
Армия гуситов была приучена вести боевые действия днём и ночью, в любую погоду. Согласно воинскому уставу, полевые укрепления из сцепленных между собой повозок должны были упираться в естественные препятствия и по возможности устанавливаться на высоких местах.
Гуситы в сражении обычно выжидали атаки рыцарской конницы и встречали её огнём своей многочисленной артиллерии, пулями аркебуз и пищалей, стрелами с тупыми бронебойными наконечниками. Когда дело доходило до рукопашной схватки, то тут в бой вступали цепники и копейщики. Разбитого неприятеля гуситы преследовали и уничтожали, в то время как рыцари после выигранного сражения не преследовали бежавших врагов, а грабили убитых, раненых и пленных противников.
Гуситы успешно осаждали рыцарские замки и храбро шли на их штурм. Летом 1421 года при осаде замка Раби Ян Жижка был ранен и потерял зрение, но остался во главе гуситской армии. Он видел поле битвы глазами своих ближайших помощников и отдавал верные приказы.
В январе 1422 года гуситские войска разгромили в решающем сражении у Габра (преследование разбитых крестоносцев велось до Немецкого Брода) главные силы европейского католического рыцарства, участвовавшего во Втором крестовом походе. В том же году Ян Жижка снял внезапным ударом блокаду с чешского города-крепости Жатец (Заац), осаждённого крестоносцами императора Сигизмунда I, и затем удачно избежал неприятельского окружения у города Колин.
Затем крестоносцев постигла ещё одна неудача, когда они окружили походный лагерь таборитов на горе Владарь недалеко от города Жлутиц. В этом бою табориты неожиданно для врага начали атаку с вершины вместе со своими повозками. Крестоносцы в страхе обратились в бегство, опасаясь бесславной гибели под колёсами несущихся на них тяжёлых повозок. Тех, кто избежал столкновения с повозками и не искал спасения в отступлении, разили пешие и конные табориты.
В 1422 году из Великого княжества Литовского на помощь таборитам пришла дружина, состоявшая из русских, украинских и белорусских воинов. Около восьми лет они сражались бок о бок с чехами против крестоносцев.
Разгром войска крестоносцев, которым командовал Рино Спана ди Озора, у Немецкого Брода и взятие гуситами укреплённого города Немецкий Брод были настолько впечатляющи, что Третий крестовый поход в Чехию состоялся только в 1426 году. В Священной Римской империи долго не могли забыть полного поражения Второго крестового похода на Чехию.
