Ко времени появления во владениях инков испанцев во главе с Франсиско Писарро, там только-только закончилась кровопролитная междоусобная война, которая сильно ослабила страну. В начале столетия верховный вождь Уайна Капак разделил империю инков на две части между двумя своими сыновьями — Атауальпой и Уаскаром. Последний получил большую территорию и потому имел больше воинов. Но его родной брат Атауальпа решил захватить столицу Куско и стать верховным Инкой.
Ему удалось перехитрить Уаскара и стянуть к Куско воинские отряды верных ему вождей. Сам Атауальпа прибыл к столице под предлогом изъявления покорности в сопровождении сильной охраны. Обман был раскрыт слишком поздно, и правитель Куско просто не мог собрать своё войско. Под стенами столицы произошло большое и кровопролитное сражение, которое длилось весь день. Войско Уаскара было разбито, а сам он со своими вождями попал в плен и был убит. Новый верховный Инка истребил весь его род и стал преследовать его сторонников. В этот момент и появился на сцене конкистадор Франсиско Писарро.
Когда до Атауальпы дошло известие о появлении в его владениях испанцев, творивших зло и сеявших смерть в индейских селениях, он стал собирать многотысячное войско для похода против них. Писарро, узнав о военных приготовлениях верховного Инки, не испугался и сам двинулся в труднодоступные Анды по горной тропе. Испанцев вели проводники-индейцы, и они уверенно продвигались среди горных теснин к Куско. Отряд, который вёл за собой конкистадор, насчитывал всего 110 прекрасно вооружённых пехотинцев и 67 кавалеристов и имел лёгкие пушки.
На удивление Писарро, индейцы не защищали против него горные тропы и перевалы. 15 ноября 1532 года испанцы, преодолев вершины Анд, беспрепятственно вступили в оставленный местными жителями город Каксамарка и укрепились в нём. Перед городом уже стояло в походном лагере огромное войско Атауальпы. Верховный вождь Инка был совершенно уверен в своём превосходстве над немногочисленными пришельцами. Под стать своему правителю в это верили и его воины, ещё не видевшие и не слышавшие аркебуз и пушек.
Франсиско Писарро по примеру Кортеса и многих других испанских завоевателей действовал на редкость коварно и решительно. Он пригласил к себе на переговоры Атауальпу, прекрасно зная о том, что инки считали своего верховного вождя полубогом, до которого нельзя было дотронуться даже пальцем. 16 ноября Атауальпа в сопровождении нескольких тысяч легковооружённых воинов, лишённых защитных доспехов, торжественно прибыл в лагерь конкистадора. В тот день они действительно не боялись испанцев.
Писарро до мелочей рассчитал свои действия. Он вовсе не собирался вести какие-либо переговоры с индейским императором. Конкистадор приказал испанцам неожиданно напасть на телохранителей верховного Инки. Кавалерийская атака и стрельба из аркебуз привели к тому, что испанцы быстро перебили охрану Атауальпы, а его самого взяли в плен. Единственным раненым среди испанцев в том бою оказался сам Франсиско Писарро. Весть о захвате в плен полубога — верховного Инки привела индейское войско, стоявшее под Каксамаркой, в такой ужас, что оно разбежалось и больше уже никогда не собиралось в таком множестве.
Пленение верховного Инки самым пагубным образом отразилось на судьбе его империи. Недовольные властью инков индейские племена восстали, вновь заявили о себе приверженцы казнённого Уаскара. Огромная страна оказалась в объятиях безвластия и анархии. Испанцам это было только на руку.
Франсиско Писарро потребовал от верховного Инки выкуп за своё освобождение из плена. Тот пообещал конкистадору и его солдатам наполнить золотом комнату площадью в 35 квадратных метров на высоту поднятой руки, а несколько меньшую комнату дважды наполнить серебром. Инки полностью внесли выкуп за своего вождя. Однако Писарро, получив баснословные сокровища, не сдержал данного слова и приказал казнить Атауальпу.
Затем испанцы беспрепятственно вступили в столицу Инкской империи город Куско. Генерал-капитан испанского короля действовал как опытный завоеватель. Он сразу же поставил во главе покорённого индейского государства марионеточного правителя Манко — брата Уаскара. Так междоусобная война между сыновьями верховного инкского вождя Уайны Капака привела к развалу великого государства. Пройдёт немного времени, и Манко, бежав в 1535 году в горы, начнёт поднимать инков на вооружённую войну против испанцев.
Небольшое по численности войско испанских завоевателей всего за несколько лет покорило огромную территорию, населённую инками и подвластными им индейскими племенами. Франсиско Писарро стал королевским губернатором огромных владений в Южной Америке — большей части современных Перу и Эквадора, северной части Чили и части Боливии.
Историк Прескотт писал: «Писарро выдал покорённые народы своей разнузданной солдатне, которая в священных монастырях удовлетворяла свою похоть; города и села отдавались ей на разграбление; завоеватели делили между собой несчастных туземцев как рабов и заставляли их работать в рудниках, разгоняли и бессмысленно уничтожали стада, опустошали житницы, разрушали прекрасные сооружения, повышавшие плодородие почвы; рай был превращён в пустыню».
Огромная империя инков пришла до поры до времени в полное повиновение генерал-капитану короля Испании. В 1535 году Франсиско Писарро, оставив в инкской столице Куско управляющим своего брата Хуана, выступил с частью своего войска к берегу Тихого океана. Там он решил основать город Лиму — «город королей». Одновременно он вознамерился на правах губернатора ограничить кипучую деятельность своего давнего соратника Диего де Альмагро, который все больше и больше выходил из подчинения Писарро. А это грозило мятежом в войске завоевателя, и без того малочисленного.
Основание портового города Лимы стало своеобразным триумфом великого испанского завоевателя. Теперь у губернатора бывшей империи инков имелась собственная столица. Десятки тысяч индейцев с рабской покорностью возводили по европейским чертежам дворцы и католические храмы, портовые сооружения и крепостные укрепления. Город был построен на пустынном океанском берегу в самые короткие сроки и стал опорным пунктом Испанского королевства на Тихоокеанском побережье Южной Америки на несколько столетий.
Однако завоевателей ожидало далеко не безоблачное правление в покорённой индейской державе. Бежавший из Куско марионеточный верховный Инка действовал успешно. Уже в течение нескольких месяцев он сумел собрать многотысячное войско и в феврале 1536 года осадил столицу. Осада Куско продолжалась шесть месяцев. Немногочисленный испанский гарнизон был изнурён борьбой с пожарами, который инкские воины производили метанием раскалённых добела камней, обёрнутых просмолённой ватой.
Манко ездил на испанской лошади, в стальных рыцарских доспехах, а его воины имели несколько мушкетов. Возможно, что всё это было приобретено у жадных на драгоценности испанских солдат за золото. Войско индейцев, не привыкшее вести длительные осады, стало постепенно расходиться по домам. Манко, так и не сумевший взять приступом или долгой осадой Куско, был вынужден с остатками своих воинов отойти в горы. Он продолжал совершать оттуда набеги на завоевателей, но Франсиско Писарро с помощью индейцев — врагов инков сумел убить Манко. Лишившись своего последнего вождя-полубога, инки прекратили организованное сопротивление испанцам.
Вскоре открытое вооружённое противоборство началось в самом лагере испанских завоевателей. Диего де Альмагро открыто обвинил Франсиско Писарро в том, что он обделил своих солдат при разделе огромных сокровищ инков. Скорее всего, так и было. Сторонники Альмагро подняли мятеж.
В 1537 году Писарро, получив подкрепления из Испании, в бою у Лас-Салинаса разбил отряд Альмагро, а его самого взял в плен. Победа была одержана во многом благодаря тому, что королевские солдаты получили на вооружение новые мушкеты, которые стреляли несколькими сцепленными одна к одной пулями. Диего де Альмагро был казнён именем короля Испании.
