Однако довольно скоро Джон Мальборо, откровенный приверженец протестантства (ставшего господствующей религией в Англии), попадает в опалу короля-католика Якова II. Лорд Сэнндридж превращается из его приверженца в непримиримого противника по религиозным мотивам.
Во время государственного переворота 1688 года генерал-майор лорд Джон Мальборо переходит на сторону герцога Вильгельма Оранского, который становится английским королём Вильгельмом III. Новый монарх в знак благодарности делает Мальборо членом Тайного совета государства. Теперь ему поручается главное командование сухопутной армией Английского королевства.
В 1690 году генерал Джон Мальборо успешно руководит борьбой с антианглийским движением в Ирландии. Там английские войска под его командованием в нескольких боях разбили ирландских католиков — сторонников короля Якова II. Затем принуждаются к сдаче сильные гарнизоны укреплённых городов Корка и Кинселя. После этого восставшая против английского владычества Ирландия была приведена в полное повиновение Лондону.
По возвращении из Ирландии лорд Джон Мальборо оказался замешанным в заговоре против королевской власти. Он вместе с лордом Годольфином начал вести переговоры с низвергнутым с английского престола Яковом II о восстановлении его на престоле. Попытка государственного переворота окончилась полной неудачей, и генерал Мальборо был арестован, обвинён в государственной измене и заточен в Тауэр. Однако в ходе судебного разбирательства лорды не нашли достаточных оснований для полного обвинения пэра Мальборо в измене Английскому королевству.
Мальборо с великими трудами удалось вернуть своё прежнее положение при дворе. Этому во многом способствовала начавшаяся европейская война за Испанское наследство 1701-1714 годов, в которой он за свои прежние боевые заслуги получил должность главнокомандующего английскими войсками на континенте, где успешно действовал с союзниками в лице Австрии и Голландии.
Испания, кроме своих огромных колониальных владений за пределами Европы — в Южной, Центральной и Северной Америке, в Африке, на Канарских, Антильских, Филиппинских и других островах, владела на континенте большей частью Италии и Испанскими Нидерландами. Поэтому обладание Испанским наследством в немалой степени означало господство в Европе. Война эта началась после смерти короля Карла II, последнего Габсбурга на испанском престоле, не оставившего после себя прямого наследника. В родстве с умершим монархом находились французский король Людовик XIV и император Священной Римской империи Леопольд I Габсбург.
В ноябре 1700 года после смерти испанского короля Карла II французский монарх провозгласил своего внука Филиппа Анжуйского (Филипп V) королём Испании. Такой альянс Парижа и Мадрида означал одно — возвышение Франции в Европе. Против этого сразу выступили Англия, Голландия и Священная Римская империя. В ходе войны к ним присоединились Дания, Португалия, Пруссия и ряд небольших германских государств. На стороне Франции воевали Испания, Бавария, Кёльнское курфюрство, Савойя (которая вскоре перешла на сторону противников), итальянские города-государства Парма и Мантуя.
Англия превратилась в главного врага Франции. Король Вильгельм III призывает к себе лорда Джона Мальборо (спустя два года после попытки государственного переворота), производит его в полные генералы и назначает главнокомандующим английскими войсками в союзной Голландии. На него же возлагаются обязанности ведения переговоров по созданию военной коалиции против французского короля Людовика XIV.
Лорд Джон Мальборо справляется с королевским поручением блестяще. За этот несомненный успех в самом начале войны за Испанское наследство генерал Мальборо получает титул герцога и производится в генерал-фельдцейхмейстеры. Воцарившаяся на английском престоле королева Анна награждает своего полководца орденом Подвязки. После этого герцог со своей супругой герцогиней Сарой Дженнингс, пользуясь полным доверием королевы Анны, становятся одними из наиболее влиятельных людей в Англии.
В самом начале войны главнокомандующий английскими войсками в Голландии столкнулся с проблемой согласованности своих действий с союзниками. По этой причине ему не удалось после взятия города Бонна отрезать французские войска от Антверпена. В августе 1703 года он вынудил к капитуляции 6-тысячный гарнизон крепости Гюи. За эти победы голландское правительство пожаловало ему герцогский титул и большое денежное вознаграждение.
После этого генерал-фельдцейхмейстер герцог Мальборо, оставив часть войск для защиты Нидерландов, двинулся по левому берегу Рейна на соединение с имперской армией австрийцев. Командующий французской армией во Фландрии маршал Виллеруа разгадал этот манёвр неприятеля и преградил ему путь на юг. Но Джон Мальборо все же сумел соединиться с 16-тысячной армией Евгения Савойского.
13 августа 1704 года состоялось сражение при Гохштедте, в котором французско-баварские войска потерпели тяжёлое поражение, а правитель Баварии Макс-Эммануил к тому же потерял собственные владения. От английской королевы Анны герцог Джон получил в дар за победу большое поместье, а австрийский император пожаловал ему титул владетельного принца Миндельсгеймского. После этого полководца отозвали обратно в Нидерланды.
Активные военные действия возобновились только весной следующего года. Преимущественно на германской территории началось сложное маневрирование неприятельских армий, но в 1705 году стороны все никак не могли решиться на большое сражение.
Звёздный час для полководца Джона Мальборо наступил в 1706 году. Главные события кампании этого года развернулись во Фландрии. Французская армия первой начала наступление, перейдя в мае реку Диль. Это заставило англичан и голландцев сняться с зимних квартир и соединиться в Лао. 23 мая у Рамийи произошло сражение войск герцога Мальборо и принца Евгения Савойского, с одной стороны, и французами, которыми командовал маршал Виллеруа — с другой.
Стороны имели примерно по 60 тысяч человек, но союзники превосходили французов по численности артиллерии почти вдвое. Это обстоятельство в итоге и решило исход сражения при Рамийи. Французская армия поспешно отступила сперва к Лувену, а потом к Брюсселю, потеряв 15 тысяч человек убитыми и ранеными, 6 тысяч пленными и 50 из 70 орудий. Потери победителей составили меньше 3 тысяч человек.
После одержанной победы английский полководец проявил большую настойчивость в преследовании разгромленной неприятельской армии. Французам пришлось оставить Брюссель и отступить до города Куртре. В ходе преследования союзники заняли все наиболее значительные города и крепости Брабанта и Фландрии — Испанских Нидерландов. Герцогу Мальборо сдались такие большие города, как Уденард, Брюгге, Антверпен, Остенде, Менин. Новый французский главнокомандующий маршал Вандом ничего не мог противопоставить союзной армии генерал-фельдцейхмейстера Джона Мальборо. В конце 1706 года тот взял сильные крепости противника Дендермонд и Ат.
Победы полководца герцога Мальбора вызвали в Англии большой восторг. Ему предложили звание штатгальтера (правителя) Бельгии. Он сперва принял его, но потом благоразумно отказался, чтобы не конфликтовать с союзниками-голландцами.
Весной 1707 года под командованием герцога Джона Мальборо находилась 76-тысячная союзная армия, сосредоточенная в окрестностях Брюсселя. Ему противостояла 80-тысячная французская армия под командованием маршала Вандома. На протяжении всей летней кампании противники много маневрировали, стараясь занять по отношению друг к другу более выгодное положение. После этого они разошлись по зимним квартирам. Мальборо несколько раз пытался атаковать главные силы французов, но безуспешно.
В 1708 году герцог Мальборо вновь объединился с имперской армией принца Евгения Савойского. 11 мая произошло большое сражение у стен города Ауденарде, который осадила французская армия под командованием герцога Бургундского и маршала Вандома. Союзники своим подходом сняли осаду с города. Французы, вышедшие им навстречу, были наголову разгромлены и потеряли 10 тысяч человек, в том числе 7 тысяч пленными. Победителям в качестве трофеев Ауденардской битвы досталось десять орудий.
