В ночь перемирия Супермарина перевела свою штаб-квартиру из Сайта Розы назад в Рим. (В феврале, когда Рим был объявлен открытым городом, Супермарина перевела свои учреждения из министерства ВМФ в большой радиоцентр флота в деревне Сайта Роза на Виз Кассиа, в 18 километрах от Рима.) Немцы, растерянные и перепуганные, бежали на север. Личный состав штаба германского флота на Средиземном море, который располагался в нескольких казармах вблизи Сайта Розы, сжег все помещения, документы, уничтожил радиостанцию и тоже бежал. Положение стало совершенно запутанным. Утром 9 сентября вся нация была растеряна, почти раздавлена. Практически все гражданские и военные учреждения закрылись.

Несмотря на внезапное перемещение штаба и всю тяжесть положения, Супермарина продолжала работать без малейшей задержки. Через 3 часа после оглашения перемирия Супермарина отдала циркулярные приказы, так же как огромное количество специальных приказов отдельным военным кораблям и торговым судам, выполняющим различные задачи в Средиземном море и мировом океане. Кроме всего прочего, требовалось добиться от союзников изменения технически абсурдных условий перемирия, касающихся флота. Статьи договора требовали перевести на Мальту все корабли ВМФ, включая даже те, которые не могли передвигаться самостоятельно. Удалось получить разрешение перевести малые корабли в Палермо. Приказ Супермарины предписывал всем кораблям следовать в указанные порты, и он специально подчеркивал: «Запрещается передача кораблей или спуск флага». Ни один корабль не выходил из-под контроля Италии. В случае, если корабль не мог успешно отразить попытку захвата, его следовало затопить. Корабли, проходящие ремонт, поврежденные, не способные выйти с места стоянки, должны были действовать аналогично, если возникнет угроза их захвата.

Выход флота на Мальту не был лишен известного драматизма. Адмирал Бергамини, как уже писалось, за несколько часов до выхода был убежден, что поведет флот в последний бой. Когда адмирал Сансонетти сообщил по телефону условия перемирия, Бергамини сначала отказался поверить. Он согласился с абсолютной необходимостью выполнить их лишь после того, как адмирал Сансонетти разъяснил ему жизненную важность перехода на Мальту для интересов нации. Затем Бергамини позвонил адмирал Де Куртен и сказал, чтобы он добивался от англичан разрешения флоту следовать в Маддалену, куда он предложил также перевезти короля и правительство. В действительности эсминцы «Вивальди» и «Да Ноли» уже получили приказ следовать из Специи в Чивиттавеккию, чтобы забрать их. Поэтому Бергамини было приказано следовать в Маддалену и там ожидать новых приказов.

Адмирал Бергамини созвал совещание всех адмиралов и командиров эскадр на борту «Ромы». Там он передал им полученные приказы. Он произнес полную достоинства воодушевляющую речь, в которой предсказал, что флот станет основой для возрождения Италии.

В 3.00 9 сентября флот покинул Специю. После того как к нему присоединились 3 крейсера из Генуи, флот состоял из линкоров «Рома», «Витторио Венето», «Италия» (бывший «Литторио», переименован 25 июля); легких крейсеров «Эугенио ди Савойя», «Дука д'Аоста», «Дука дельи Абруцци», «Гарибальди», «Монтекукколи», «Реголо» и всего лишь 8 эсминцев, из которых 3 были небоеспособны. Для «Ромы» и адмирала Бергамини этот поход стал последним.

Тем временем итальянское правительство предпочло перебраться в Бриндизи, а не в Специю, и ночью правительство и король покинули Пескару. Супермарина приказала корвету «Байонетта» выйти из Полы в Пескару,' принять их на борт и доставить в Бриндизи. Из Таранто был послан крейсер «Сципионе», чтобы сопровождать корвет. Адмиралу Де Куртену, против его желания, было приказано сопровождать правительство. Адмирал Сансонетти и весь состав Супермарины оставались в Риме, чтобы руководить передвижениями кораблей. В течение ночи передача множества специальных приказов кораблям и штабам по всему Средиземному морю и за его пределами была завершена, хотя не все приказы достигли адресатов из-за неизбежной перегрузки систем связи.

День 9 сентября был полон драматических событий и трагических новостей. На рассвете союзники высадились южнее Салерно. (Итальянские торпедные катера, которые не были извещены о перемирии, атаковали крейсер союзников в этом районе. Это был последний бой итальянского флота с флотом союзников.) После полудня британская эскадра, состоящая из линкора «Хоу», 5 крейсеров и множества судов с десантом, вошла в Таранто. Немцы, после неизбежной первоначальной сумятицы, начали оккупацию итальянских городов и портов согласно своим, заранее составленным планам. Они использовали многочисленные дивизии, посланные в Италию после 25 июля без уведомления итальянского правительства.

Флот почти ничем не мог помешать оккупации портов, так как их сухопутная оборона находилась в ведении армии. Тем не менее, немцам не раз оказывали сопротивление, даже на кораблях, не способных выйти в море. Однако такое сопротивление, конечно, не могло остановить врага. Поэтому к вечеру 9 сентября немцы контролировали почти все порты Тирренского моря, за исключением находящихся на Корсике и Сардинии. Те корабли, которые не могли двигаться, были затоплены или подорваны, но множество мелких кораблей и вспомогательных судов не смогли избежать захвата. Среди них оказались крейсера «Гориция» и «Больцано», стоящие в ремонте, 8 эсминцев, 22 миноносца, 10 подводных лодок, 9 корветов и по крайней мере 250 мелких кораблей. Большинство этих кораблей были затоплены собственными экипажами.

Но самым трагическим событием дня стала гибель линкора «Рома». В 15.50 флот шел к западу от Корсики. Уже показалась Маддалена, когда возле острова Асинара он подвергся воздушной атаке. Флот медленно отреагировал на угрозу, так как все думали, что это самолеты союзников. На самом деле против итальянского флота были брошены все силы Люфтваффе из Прованса. Немцы в первый раз использовали в бою новые реактивные бомбы. Линкор «Рома» получил попадание такой бомбой вблизи носовых погребов. Начался очень опасный пожар. После того как в течение 20 минут экипаж напрасно пытался погасить пламя, прогремел ужасный взрыв. Линкор быстро затонул. Линкор «Италия» тоже получил попадание, но не такое опасное, и уцелел.

После первого сообщения об атаке «Ромы» Супермарина потребовала выслать самолеты с Мальты для прикрытия флота, но организовать вовремя воздушный патруль было просто невозможно. Учитывая изменившуюся ситуацию, Супермарина приказала флоту двигаться на Мальту. «Вивальди» и «Да Ноли» после отмены захода в Чивиттавеккию получили приказ присоединиться к флоту. Однако в проливе Бонифаччо они попали под сильный огонь германских береговых батарей. После короткого боя «Да Ноли» был потоплен. Вскоре после этого «Вивальди» подорвался на мине, получив роковые повреждения. Командир эсминца перевел весь экипаж на спасательные плотики. Он покинул корабль последним, но вернулся на борт вместе со старшим механиком и поднялся на мостик. В последний раз их видели салютующими флагу, когда корабль уже тонул.

Крейсер «Реголо», 3 эсминца и эскортный корабль спасли уцелевших моряков «Ромы», а также остатки экипажей «Вивальди» и «Да Ноли». Перегруженные спасенными, многие из которых были ранены, эти корабли, к которым присоединились еще 2 эсминца и 3 десантных корабля, пошли в Порт Маон на Балеарских островах, так как все порты Корсики и Сардинии теперь были в руках немцев. Однако, прежде чем они пришли туда, миноносцы «Пегасо» и «Импетуозо», уже поврежденные во время воздушных атак, столкнулись и их пришлось затопить.

Из Таранто вышли линкоры «Дориа» и «Дуилио». Они 10 сентября пришли на Мальту вместе с крейсерами «Кадорна» и «Помпео» и 1 эсминцем без всяких происшествий. Там они соединились с основными силами флота, пришедшими из Специи. Все корабли входили на рейд в четком строю, совершенно исправные, с выстроенными на палубе экипажами. Они получили все ответные почести, предписанные морскими традициями. Точно такое же уважение с самого начала встретили их адмиралы и офицеры. Новый командующий итальянским флотом адмирал Да Зара был встречен в доках Ла Валетты начальником штаба адмирала Каннингхэма в сопровождении почетного караула. Сам Каннингхэм встретил Да Зару теплым рукопожатием и говорил с ним неожиданно сердечно.