После переезда в Алма-Ату Канышем Имантаевичем были созданы десятки научных работ. В основном это статьи, написанные для признания того или иного месторождения или результатов исследовательских работ. Сатпаев всегда считал своей главной задачей обратить внимание производственников на какой-то вопрос. Он не учился в аспирантуре и докторантуре, зато ему довелось пройти практическую «аспирантуру» трудовой жизни. И вот он руководитель крупного научно-исследовательского института. Мало того: глава казахского филиала Академии наук СССР. Под его руководством работают десятки ученых, среди них несколько докторов наук. И Канышу Имантаевичу по долгу службы приходилось не только советоваться с ними, а иной раз и указывать им, направлять их деятельность. Поневоле пришлось задуматься о научной степени...

В 1942 году Сатпаев публикует две монографии. Первая из них — «Медистые песчаники Казахстана и Советского Союза». Материалы для этого труда он собрал еще в годы работы в Джезказгане. Работа написана как итоговое обобщение многолетних наблюдений бывалого разведчика недр. Практическая ценность ее заключалась в обобщающих выводах и рекомендациях геологам-поисковикам по скорейшей разведке и распознаванию меднорудных месторождений, что было особенно важно в годы острого дефицита на медь.

Вторая монография называлась «О возможностях развития в Казахстане черной металлургии». В ней автор давал геологическое описание всех железорудных месторождений республики, указывал наиболее перспективные из них, которые могли стать сырьевой базой металлургической промышленности.

Накануне войны был завершен большой труд Сатпаева «Рудные месторождения Джезказганского района», начало которого еще в 1927 — 1928 годах было опубликовано в журналах «Жана мектеп», «Народное хозяйство Казахстана» и в других изданиях. За пятнадцать лет это исследование выросло в крупную монографию.

В 1942 году Канышу Имантаевичу присудили за нее Сталинскую премию второй степени. В сущности, то была награда за Большой Джезказган, который в самые трудные дни войны давал стране колоссальное количество дешевой меди.

«...Много лет своей жизни К.Сатпаев посвятил Джезказганскому месторождению меди, в Центральном Казахстане, — писала «Правда» в номере от 17 июля того же года в статье «Оружие науки». — Медь в Джезказгане была найдена давно, но существовало убеждение, что ее там совсем немного. Сатпаеву стоило большого труда заново открыть то, что было плохо открыто, — доказать, что Джезказган — крупнейшее месторождение меди. Если бы Сатпаев был только геологом, его бы это удовлетворило. Месторождение очерчено, запасы подсчитаны, происхождение руд выявлено. Чего же еще? Но Сатпаев не только геолог. Сатпаев — государственный деятель. Разыскивая медную руду, он уже видит в степи корпуса заводов, которые будут эту руду превращать в металл. Но, чтобы возник завод, мало одной руды. Для постройки печей необходима огнеупорная глина. Для зданий нужны строительные материалы, выплавка металла не может идти без угля, без флюсов. И вот, ведя поиски руд, Сатпаев одновременно ищет в недрах земли и будущий завод, все, что нужно для его создания... Стране нужна сталь — Сатпаев ищет и находит в Казахстане богатейшие железные месторождения. Он ищет не только железо, но и марганец, который необходим для черной металлургии. Он исследует гидрогеологию района: ведь заводам потребуется вода. Он ищет все, что необходимо для создания в Казахстане мощного металлургического комбината. Медь и железо — две огромные задачи, решенные Сатпаевым. Но он не оставляет без внимания и то, что может оказаться мелочью... Эта черта его как ученого и государственного деятеля во всем блеске проявилась в дни войны».

Нового лауреата поздравили Совет Народных Комиссаров республики и ЦК КП(б) Казахстана.

В ответном письме Каныш Имантаевич заявил:

«Для исследователя нет ничего дороже, как видеть плоды своего творческого труда. Грандиозный размах индустриализации Джезказганского района, проведение к нему железной дороги, превращение этого в недавнем прошлом наиболее глухого района в один из мощных и цветущих индустриальных узлов республики окрыляли меня и помогали мне расти как исследователю и инженеру. ...Всем тем, чего я достиг сейчас... я исключительно обязан Советской власти, так как, не будь ее, я бы, несомненно, остался на всю жизнь незаметным аульным учителем. Нужно ли доказывать, что я чувствую себя в неоплатном долгу перед партией и Советским правительством, что я направлю все свои силы и знания на дело дальнейшего процветания любимой Родины».

Половину полученной премии он направляет в фонд обороны, на оставшуюся часть приобретает облигации государственного займа.

«Берите пример с лауреата Сталинской премии товарища Сатпаева, много сделавшего для развития цветной металлургии Казахстана!» — сказано в первомайском Обращении 1942 года к трудящимся республики ЦК КП (б) Казахстана, СНК и Президиума Верховного Совета Казахской ССР. Имя Каныша Имантаевича в этом документе называлось рядом с именами 28 героев-панфиловцев.

К этому времени Сатпаев был автором более сорока опубликованных научных трудов. Некоторые из них под стать солидным диссертациям. Поэтому 17 августа 1942 года Высшая аттестационная комиссия по совокупности работ присваивает Канышу Имантаевичу ученую степень доктора геолого-минералогических наук.

«История развития науки свидетельствует о том, что самые животрепещущие идеи зарождались только там, где наука базировалась на конкретных фактах; на глубоком их изучении и анализе, на их обобщении, — напишет Сатпаев в статье, опубликованной в 1946 году газетой «Казахстанская правда», — известно, например, что крупнейшие ученые-геологи, разработавшие новые теории в учении о рудных месторождениях, по 15 — 20 лет работали на рудниках... Вместе с тем мы должны всячески развивать так называемую большую теоретическую науку. Мы не можем и не будем от каждой отрасли требовать только такой работы, которая привела бы к сегодняшним и завтрашним результатам. Мы должны развить в системе любого научного учреждения также и теоретическое направление науки. В будущем это даст основные определяющие элементы и для техники, и для производства».

Решение ВАК было лишь первым шагом на пути широкого признания заслуг Сатпаева как ученого.

Летом 1943 года прошли очередные выборы в Академию наук СССР. Каныш Имантаевич был избран членом-корреспондентом по геолого-географическому отделению. Он был самым первым ученым — представителем народов Советского Востока, ставшим членом сообщества светил современной науки.

Перед этим его ввели в комиссию академии по мобилизации ресурсов Урала, Западной Сибири и Казахстана на нужды обороны страны. В 1942 году он становится членом Всесоюзной комиссии по запасам полезных ископаемых Комитета по делам геологии при СНК СССР; он оставался им до конца жизни.

В том же 1943 году Каныш Имантаевич был утвержден председателем Президиума казахского филиала АН СССР, обязанности которого он выполнял со дня приезда в Алма-Ату. В этой должности он пребывал до самой организации республиканской Академии наук.

Итак, в сравнительно короткое время на него свалилась масса ответственных поручений. И чем выше становилась занимаемая им должность, тем длиннее делался перечень его обязанностей. Но все — и малые и большие — дела он должен выполнять в соответствии с высокими требованиями тяжелого военного времени. Ответственность связана с постоянной активностью, вечным беспокойством... Не просто руководить, советовать — вмешиваться в решение всех малых и больших дел...

Теперь он полномочен распоряжаться крупными средствами, определять судьбу целой отрасли промышленности или науки. Все это дела государственной важности. Он член многих комитетов, комиссий, советов. Одно его слово может повернуть в желаемое русло любую важную инициативу.

Однажды его пригласил к себе первый секретарь Фрунзенского райкома партии. Они были достаточно хорошо знакомы по работе. Канышу Имантаевичу по долгу службы и раньше приходилось иметь дело с этим рассудительным человеком. Ему нравились его требовательность, подчеркнуто деловая строгость в работе, импонировала его манера обстоятельно, солидно обсуждать любой вопрос.