Летом 1955 года он побывал в Южном Казахстане, детально ознакомился с месторождениями меди, ванадия, фосфоритов на Каратау и Киргизском хребте. В последующие годы целью таких поездок были районы Алатау, Караганды, Алайгыра, Саяка, Акбастау-Мейзека, Караганды, Рудного Алтая, Джезказгана-Улутау, Чингиса, Экибастуза. Президент посетил и почти все прииртышские месторождения полезных ископаемых. Случалось, что на одном руднике он проводил по нескольку дней подряд, детально интересуясь всеми вопросами, а другие осматривал мельком. В иных случаях академик приезжал с целой свитой специалистов для того, чтобы на месте по косточкам разобрать накопившиеся за годы нерешенные проблемы месторождения; потом, как правило, они вносились в повестку дня выездной сессии Академии наук.

Институт геологических наук после первого большого успеха продолжал разработку металлогенических проблем и на материале других районов республики. В 1958 году начались исследования по теме «Геология и металлогения Успенской тектонической зоны», а еще раньше работы по составлению металлогенических прогнозных карт Восточного Казахстана. Руководителем исследований по обеим темам был утвержден академик Сатпаев.

В феврале 1956 года состоялся XX съезд КПСС. Он стал знаменательным событием в жизни Каныша Имантаевича: академик представлял на партийном форуме многотысячный отряд казахстанской науки.

Впечатления от съезда, выводы на будущее четко отразились в докладе президента, зачитанном на собрании работников научно-исследовательских учреждений и вузов Алма-Аты. Страна приступала к осуществлению шестого пятилетнего плана, и Казахстану, этой богатейшей кладовой подземных богатств, предстояло играть в будущем всевозрастающую роль. К тому же на целинных землях республики уже третий год шла великая преобразовательная работа: к этому времени было освоено 18 миллионов гектаров новых земель, а валовой сбор зерна намечено было увеличить ни много ни мало в пять раз. Съезд поставил задачу преимущественного развития тяжелой промышленности в Казахстане, особенно горнодобывающих производств и металлургии.

«Осуществление громадных задач, поставленных перед Казахской республикой в шестом пятилетии, требует интенсивного развития науки... Учеными республики в творческом содружестве с работниками производства должен быть выполнен обширный объем научных исследований по изучению природных ресурсов республики и разработке эффективных методов их использования», — говорил академик Сатпаев в своем докладе. Далее он конкретизировал планы работ по наиболее важным отраслям науки. Ученый разделил территорию республики на одиннадцать региональных комплексов, выделив их по признаку технико-экономических направлений. Соответственно предложенному делению перед отраслевыми институтами ставились задачи комплексного исследования регионов. Для координации и контроля выполнения этих крупных научных задач был создан единый научно-организационный центр — Совет по изучению производительных сил (СОПС) при Академии наук Казахской ССР.

И на этот раз глава казахстанской науки остался верен себе: он не увлекался отдаленными туманными перспективами, предпочитая заботу о реальных нуждах. Из общих задач и планов он выделяет самые главные, самые существенные. В энергетике это освоение ресурсов Иртыша (строительство Бухтарминской и Шульбинской ГЭС), нефтяных залежей Урало-Эмбинского района, дальнейшее развитие добычи угля в Карагандинском бассейне, Экибастузе и Тургайской впадине. В промышленности — строительство Соколово-Сарбайского горно-обогатительного комбината и металлургического завода в Темиртау, производство местных удобрений на основе громадных залежей каратауских фосфоритов... Сегодня эти задачи решены практически. Значение новых производств для народного хозяйства республики бесспорно. А ведь было время, когда за каждое из них пришлось затевать дискуссию, проводить научные сессии, по многу раз доказывать целесообразность своих предложений.

В те дни у президента Казахстанской академии и его коллег была еще одна забота... «Плодородные земли не лежат сплошняком. Их нужно было найти, определить, какие из них пригодны под зерновые хлеба, какие под луга, пастбища... — вспоминает Л.И.Брежнев в книге «Целина». — Только Академия наук Казахской ССР создала и отправила в степи 69 комплексных экспедиций и отрядов. В изучении и оценке земель принимали участие специалисты академий, институтов и опытных станций всей страны. Тысячи почвоведов, ботаников, гидротехников, землеустроителей, агрономов России, Казахстана, Украины, Белоруссии обследовали 178 районов республики, выявили первоначально 22,6 миллиона гектаров пахотно пригодных земель».

Почвоведы академии в сравнительно короткий срок составили почвенные карты территории всех областей Казахстана. Это способствовало правильному размещению вновь организуемых целинных совхозов. Микробиологи проводили исследования по распространению азотобактера в почвах северных и центральных областей. Более ста новых сортов высокоурожайных сельскохозяйственных культур выведено за эти годы селекционерами Казахстана. Вопросы районирования и правильного территориального размещения их стали основным направлением исследований сельскохозяйственных научных институтов. Один за другим в бескрайние степи отправлялись отряды поисковиков — гидротехники, биологи, ботаники, зоологи...

В 1957 году Сатпаев был награжден третьим орденом Ленина за мобилизацию Академии наук Казахстана на освоение целинных и залежных земель.

На следующем, XXI съезде КПСС глава казахстанских ученых принял участие в прениях по Отчетному докладу. Текст его речи опубликован в «Правде».

Сегодня мы видим: некоторые из этих предложений воплощены в жизнь, а другие уже ставятся в ряд неотложных задач дня...

XXI съезд КПСС принял развернутые планы по дальнейшему развитию народного хозяйства. В связи с этим перед геологами ставилась задача в ближайшем времени отыскать и разведать новые сырьевые ресурсы для возрастающих мощностей химической и металлургической промышленности. А это, в свою очередь, повысило значение и роль прогнозных карт. Именно в эти годы почти все геологические коллективы страны занялись прогнозными исследованиями. Теперь проблему предсказаний пытались решить не только ученые, но и сами геологи-разведчики. Естественно, что подобные увлечения внесли в проблему много путаницы, противоречий. Многим начинало казаться, что за сравнительно короткий срок можно, подобно казахстанским геологам, добиться замечательных успехов. В спешке забывалось, что тем трем годам, за которые сатпаевская группа сделала первую карту, предшествовали многие годы систематической работы. В центральной научной печати стали появляться переводы научных трудов немецкого ученого Г.Шнейдерхена, когда-то объявленного отцом европейских металлогенистов.

Одним из первых против ошибочного направления в металлогении, уводившего науку в дебри бесполезных дискуссий, выступил Сатпаев.

«Известно, что модные теории появляются и исчезают, большей частью не оставляя каких-либо заметных положительных следов, а реальные факты продолжают существовать, — писал он в журнале «Советская геология». — Достаточно напомнить недавнюю историю с концепцией осадочного происхождения некоторых рудных месторождений, чтобы понять ошибочность самого принципа абстрактного теоретизирования в таких конкретных делах, какими являются металлогенические исследования и прогнозы месторождений полезных ископаемых. Поэтому не пора ли вообще перестать склонять достойное имя Ю.А.Билибина в связи с данной дискуссией».