Можно было бы подивиться духовной силе Никона, сумевшего среди этой взбаламученной разносторонними веяниями церковной мути выработать и донести до патриаршего престола ясную мысль о церкви вселенской и об отношении к ней поместной церкви русской, если бы он внес в эту мысль более серьезного содержания. Он вступил в управление русской церковью с твердой решимостью восстановить полное согласие ее с церковью греческой, уничтожив все обрядовые особенности, которыми первая отличалась от последней. Не было недостатка во внушениях, поддерживавших в нем сознание необходимости этого единения. Восточные иерархи, все чаще наезжавшие в Москву в XVII в., укоризненно указывали русским церковным пастырям на эти особенности, как на местные новизны, могущие расстроить согласие между поместными православными церквами. Незадолго до вступления Никона на патриаршую кафедру случилось событие, указывавшее на такую опасность. На Афоне монахи всех греческих монастырей, составив собор, признали двуперстие ерестью, сожгли московские богослужебные книги, в которых оно было положено, и хотели сжечь самого старца, у которого нашли эти книги. Можно угадывать личное побуждение, заставлявшее Никона больше всего заботиться об упрочении тесного общения русской церкви с восточными, русского патриарха со вселенскими. Он понимал, что вялые преобразовательные поползновения патриарха Иосифа и его единомышленников не выведут русской церкви из ее безотрадного положения. Он воочию видел, каким жалким статистом служил на придворной сцене всероссийский патриарх, по собственному опыту знал, как легко настойчивый человек может повернуть молодого царя в любую сторону, и его взрывчатое самолюбие возмущалось при мысли, что и он, патриарх Никон, может стать игрушкой в руках какого-нибудь зазнавшегося царского духовника подобно своему предшественнику, к концу патриаршества ждавшего со дня на день отставки. На высоте апостольского престола в Москве Никон должен был чувствовать себя одиноким и искал опоры на стороне, на вселенском Востоке, в тесном единении с восточными сопрестольниками, ибо авторитет вселенской церкви при всей трудности этого представления для московского церковного разумения все же был некоторым пугалом для набожно-трусливой, хотя и всевластной московской совести. По своей привычке всякую идею, всякое чувство, его захватывавшее, разрабатывать при содействии воображения, он забывал свою нижегородскую мордовскую родину и хотел заставить себя стать греком. На церковном соборе 1655 г. он объявил, что хотя он русский и сын русского, но его вера и убеждения — греческие. В том же году после торжественной службы в Успенском соборе он на глазах всего молившегося народа снял с себя русский клобук и надел греческий, что, впрочем, вызвало не улыбку, а сильный ропот, как вызов всем веровавшим, что в русской церкви все предано апостолами по внушению святого духа. Никон хотел даже стол иметь греческий. В 1658 г. сам архимандрит греческого монастыря на Никольской улице с келарем «строили кушанье государю патриарху по-гречески» и за то получили по полтине, рублей по 7 на наши деньги. Укрепившись опорой вне сферы московской власти, Никон хотел быть не просто московским и всероссийским патриархом, а еще одним из вселенских и действовать самостоятельно. Он хотел дать действительную силу титулу «великого государя», какой он носил наравне с царем, все равно, была ли это снисходительно допущенная узурпация или неосторожно пожалованная «собинному другу» царская милость. Он ставил священство не только вровень с царством, но и выше его. Когда его упрекали в папизме, он без смущения отвечал: «За доброе отчего и папу не почитать? Там верховные апостолы Петр и Павел, а он у них служит». Никон бросил вызов всему прошлому русской церкви, как и окружающей русской действительности. Но он не хотел считаться со всем этим: перед носителем вечной и вселенской идеи должно исчезать все временное и местное. Вся задача в том, чтобы установить полное согласие и единение церкви русской с другими поместными православными церквами, а там уж он, патриарх всея Руси, сумеет занять подобающее место среди высшей иерархии вселенской церкви.

Никон приступил к делу восстановления этого согласия со своей обычной ревностью и увлечением. Вступая на патриарший престол, он связал боярское правительство и народ торжественною клятвой дать ему волю устроить церковные дела, получил своего рода церковную диктатуру. Став патриархом, он на много дней затворился в книгохранилище, чтобы рассмотреть и изучить старые книги и спорные тексты. Здесь, между прочим, он нашел грамоту об учреждении патриаршества в России, подписанную в 1593 г. восточными патриархами, в которой он прочитал, что московский патриарх, как брат всех прочих православных патриархов, во всем должен быть с ними согласен и истреблять всякую новизну в ограде своей церкви, так как новизны всегда бывают причиной церковного раздора. Тогда Никоном овладел великий страх при мысли, не попустила ли русская церковь какого-нибудь отступления от православного греческого закона. Он начал рассматривать и сличать с греческим славянский текст символа веры и богослужебных книг и везде нашел перемены и несходства с греческим текстом. В сознании своего долга поддерживать согласие с церковью греческой он решил приступить к исправлению русских богослужебных книг и церковных обрядов. Он начал с того, что своею властью без собора в 1653 г. перед великим постом разослал по церквам указ, сколько следует класть земных поклонов при чтении известной молитвы св. Ефрема Сирина, причем предписывал также креститься тремя перстами. Потом он ополчился против русских иконописцев своего времени, которые отступали от греческих образцов в писании икон и усвояли приемы католических живописцев. Далее, при содействии юго-западных монахов он ввел на место древнего московского унисонного пения новое киевское партесное, а также завел небывалый обычай произносить в церкви проповеди собственного сочинения. В древней Руси подозрительно смотрели на такие проповеди, видели в них признак самомнения проповедника; пристойным считали читать поучения святых отцов, хотя обыкновенно и их не читали, чтобы не замедлять церковной службы. Никон сам любил и был мастер произносить поучения собственного сочинения. По его внушению и примеру и приезжие киевляне начали говорить в московских церквах свои проповеди, иногда даже на современные темы. Легко понять смущение, в какое должны были впасть от этих новизн православные русские умы, и без того тревожно настроенные. Распоряжения Никона показывали русскому православному обществу, что оно доселе не умело ни молиться, ни писать икон и что духовенство не умело совершать богослужение как следует. Это смущение живо выразил один из первых вождей раскола, протопоп Аввакум. Когда вышло распоряжение о великопостных поклонах, «мы, — пишет он, — собрались и задумались: видим, зима наступает, сердце озябло и ноги задрожали». Смущение должно было усилиться, когда Никон приступил к исправлению богослужебных книг, хотя это дело он провел через церковный собор 1654 г. под председательством самого царя и в присутствии Боярской думы: собор постановил при печатании церковных книг исправлять их по древним славянским и по греческим книгам. Богослужебные книги в древней Руси плохо отличали от священного писания. Потоку предприятие Никона возбуждало вопрос: неужели и божественное писание неправо? что же после этого есть правого в русской церкви? Тревога усиливалась еще тем, что все свои распоряжения патриарх вводил порывисто и с необычайным шумом, не подготовляя к ним общества и сопровождая их жестокими мерами против ослушников. Оборвать, обругать, проклясть, избить неугодного человека — таковы были обычные приемы его властного пастырства. Так он поступил даже с епископом коломенским Павлом, возражавшим ему на соборе 1654 г.: без соборного суда Павел был лишен кафедры, предан «лютому биению» и сослан, сошел с ума и погиб безвестной смертью. Один современник рассказывает, как Никон действовал против нового иконописания. В 1654 г., когда царь был в походе, патриарх приказал произвести в Москве обыск по домам и забрать иконы нового письма везде, где они окажутся, даже в домах знатных людей. У отобранных икон выкалывали глаза и в таком виде носили их по городу, объявляя указ, который грозил строгим наказанием всем, кто будет писать такие иконы. Вскоре после того в Москве настала моровая язва и случилось солнечное затмение. Москвичи пришли в сильное волнение, собирали сходки и бранили патриарха, говоря, что мор и затмение — кара божия за нечестие Никона, ругающегося над иконами, собирались даже убить иконоборца. В 1655 г. в неделю православия патриарх совершал в Успенском соборе торжественное богослужение в присутствии двух восточных патриархов, антиохийского и сербского, случившихся тогда в Москве. После литургии Никон, прочитав беседу о поклонении иконам, произнес сильную речь против новой русской иконописи и предал церковному отлучению всех, кто впредь будет писать или держать у себя новые иконы. При этом ему подносили отобранные иконы и он, показывая каждую народу, бросал ее на железный пол с такою силою, что икона разбивалась. Наконец, он приказал сжечь неисправные иконы. Царь Алексей, все время смиренно слушавший патриарха, подошел к нему и тихо сказал: «Нет, батюшка, не вели их жечь, а прикажи лучше зарыть в землю».