Впрочем, политический кругозор Нащокина не ограничивался вопросами внешней политики. Нащокин по-своему смотрел и на порядок внутреннего управления в Московском государстве: он был недоволен как устройством, так и ходом этого управления. Он восставал против излишней регламентации, господствовавшей в московском управлении. Здесь все держалось на самой стеснительной опеке высших центральных учреждений над подчиненными исполнителями: исполнительные органы были слепыми орудиями данных им сверху наказов. Нащокин требовал известного простора для исполнителей: «не во всем дожидаться государева указа, — писал он, — везде надобно воеводское рассмотрение», т.е. действие по собственному соображению уполномоченного. Он указывал на пример Запада, где во главе войска ставится знающий полководец, сам рассылающий указы подчиненным начальникам, а не требующий на всякую мелочь указа из столицы. «Где глаз видит и ухо слышит, тут и надо промысл держать неотложно», — писал он. Но, требуя самостоятельности для исполнителей, он возлагает на них и большую ответственность. Не по указу, не по обычаю и рутине, а по соображению обстоятельств минуты должна действовать администрация. Такую деятельность, основанную на личной сообразительности дельца, Нащокин называет «промыслом». Грубая сила мало значит. «Лучше всякой силы промысл; дело в промысле, а не в том, что людей много; и много людей, да промышленника нет, так ничего не выйдет; вот швед всех соседних государей безлюднее, а промыслом над всеми верх берет; у него никто не смеет отнять воли у промышленника; половину рати продать да промышленника купить — и то будет выгоднее». Наконец, в административной деятельности Нащокина замечаем черту, которая всего более подкупает нас в его пользу: это — при взыскательности и исполнительности беспримерная в московском управлении внимательность к подчиненным, участие сердца, чувства человечности в отношении к управляемым, стремление щадить их силы, ставить их в такое положение, в котором они с наименьшей затратой усилий могли бы принести наиболее пользы государству. Во время шведской войны в покоренном краю по Западной Двине русские рейтары и донские казаки принялись грабить и мучить обывателей, хотя те уже присягнули московскому царю. Нащокин, сидя тогда воеводой в Кукейносе, возмущался до глубины души таким разбойничьим способом ведения войны; у него сердце обливалось кровью от жалоб разоряемого населения. Он писал царю, что ему приходится посылать помощь и против неприятелей, и против своих грабителей. «Лучше бы я на себе раны видел, только бы невинные люди такой крови не терпели; лучше бы согласился я быть в заточении необратном, только бы не жить здесь и не видать над людьми таких злых бед». Царь Алексей всего более способен был оценить это качество в своем сотруднике. В грамоте 1658 г., возводя Нащокина в думные дворяне, царь хвалит его за то, «что он алчных кормит, жаждущих поит, нагих одевает, до ратных людей ласков, а ворам не спускает».
Таковы административные взгляды и приемы Нащокина. Он делал несколько попыток практического применения своих идей. Наблюдения над жизнью Западной Европы привели его к сознанию главного недостатка московского государственного управления, который заключался в том, что это управление направлено было единственно на эксплуатацию народного труда, а не на развитие производительных сил страны. Народнохозяйственные интересы приносились в жертву фискальным целям и ценились правительством лишь как вспомогательные средства казны. Из этого сознания вытекали вечные толки Нащокина о развитии промышленности и торговли в Московском государстве. Он едва ли не раньше других усвоил мысль, что народное хозяйство само по себе должно составлять один из главнейших предметов государственного управления. Нащокин был одним из первых политико-экономов на Руси. Но чтобы промышленный класс мог действовать производительнее, надо было освободить его от гнета приказной администрации. Управляя Псковом, Нащокин попытался применить здесь свой проект городского самоуправления, взятый «с примеру сторонних чужих земель», т.е. Западной Европы. Это единственный в своем роде случай в истории местного московского управления XVII в., не лишенный даже некоторого драматизма и ярко характеризующий как самого Нащокина, его виновника, так и порядки, среди которых ему приходилось действовать. Приехав в Псков в марте 1665 г., новый воевода застал в родном городе страшную неурядицу. Он увидел великую вражду между посадскими людьми: «лутчие», состоятельнейшие купцы, пользуясь своей силой в городском общественном управлении, обижали «середних и мелких людишек» в разверстке податей и в нарядах на казенные службы, вели городские дела «своим изволом», без ведома остального общества; те и другие разорялись от тяжб и приказной неправды; из-за немецкого рубежа в Псков и из Пскова за рубеж провозили товары беспошлинно; маломочные торговцы, не имея оборотного капитала, тайно брали у немцев деньги на подряд, скупали подешевле русские товары и как свои продавали, точнее, передавали их своим доверителям, довольствуясь ничтожным комиссионным заработком, «из малого прокормления»; этим они донельзя сбивали цены русских товаров, сильно подрывали настоящих капиталистов, должали неоплатно иноземцам, разорялись. Нащокин вскоре по приезде предложил псковскому посадскому обществу ряд мер, которые земские старосты Пскова, собравшись с лучшими людьми в земской избе (городской управе) «для общего всенародного совету», должны были обсудить со всяким усердием. Здесь при участии воеводы выработаны были «статьи о градском устроении», своего рода положение об общественном управлении города Пскова с пригородами в 17 статьях. Положение было одобрено в Москве и заслужило милостивую похвалу царя воеводе за службу и радение, а псковским земским старостам и всем посадским людям «за их добрый совет и за раденье во всяких добрых делех».
Важнейшие статьи положения касаются преобразования посадского общественного управления и суда и упорядочения внешней торговли, одного из самых деятельных нервов экономической жизни Псковского края. Посадское общество города Пскова выбирает из своей среды на три года 15 человек, из коих пятеро по очереди в продолжение года ведут городские дела в земской избе. В ведении этих «земских выборных людей» сосредоточиваются городское хозяйственное управление, надзор за питейной продажей, таможенным сбором и торговыми сношениями псковичей с иноземцами; они же и судят посадских людей в торговых и других делах; только важнейшие уголовные преступления, измена, разбой и душегубство, остаются подсудны воеводам. Так псковский воевода добровольно поступался значительной долей своей власти в пользу городского самоуправления. В особо важных городских делах очередная треть выборных совещается с остальными и даже призывает на совет лучших людей из посадского общества.
Нащокин видел главные недостатки русской торговли в том, что «русские люди в торговле слабы друг перед другом», неустойчивы, не привыкли действовать дружно и легко попадают в зависимость от иностранцев. Главные причины этой неустойчивости — недостаток капиталов, взаимное недоверие и отсутствие удобного кредита. На устранение этих недостатков и были направлены статьи псковского положения о торговле с иноземцами. Маломочные торговцы распределяются «по свойству и знакомству» между крупными капиталистами, которые наблюдают за их промыслами. Земская изба выдает им из городских сумм ссуды для покупки русских вывозных товаров. Для торговли с иноземцами учреждаются под Псковом две двухнедельные ярмарки с беспошлинным торгом, от 6 января и от 9 мая. К этим ярмаркам мелкие торговцы на полученную ссуду при поддержке капиталистов, к которым приписаны, скупают вывозные товары, записывают их в земской избе и передают своим принципалам; те уплачивают им покупную стоимость принятых товаров для новой закупки к следующей ярмарке и делают им «наддачу» к этой покупной цене «для прокормления», а продав иноземцам доверенный товар по установленным большим ценам, выдают своим клиентам причитающуюся им «полную прибыль», компанейский дивиденд. Такое устройство торгового класса должно было сосредоточить обороты внешней торговли в немногих крепких руках, которые были бы в состоянии держать на надлежащей высоте цены туземных товаров.
