Карл Мария Фридрих Эрнст фон Вебер родился 18 ноября 1786 года в Эутине — «Северном Веймаре» и был девятым из десяти детей от двух браков отца. Дата рождения точно не установлена, так как его отец Франц Антон утверждал, что сын родился 18 декабря, а крестили его 20 декабря. Если в книге записей при крещении в сельской церкви день крещения записан 20 ноября, что по существующим обычаям предполагает день рождения — 18 ноября, и это число назвал сам Карл Мария, то ученые сошлись на том, что 18 ноября принято считать днем рождения Вебера. Это должно соответствовать действительности.

Долгое время существовала еще одна неясность, — откуда взялась дворянская приставка к фамилии Вебер. Сын Вебера, Макс Мария, который написал объемную биографию своего отца, всю жизнь жил в уверенности, что семья происходит от Иоганна Баптиста Вебера, родившегося около середины XVI века, которому король Фердинанд II в 1622 году присвоил звание барона. Хотя эти сомнительные документы никогда не могли быть найдены, приставка «фон» вошла даже в генеалогический словарь Готы — словарь дворянских фамилий, поэтому семья Вебер и по сей день с верой носит этот дворянский титул. Между тем, благодаря новым генеалогическим изысканиям, доказано, что предки Вебера произошли из более скромного сословия. Прадеды все без исключения являлись выходцами из мещан, но были одержимы желанием вырваться из тесных уз мещанства, гонимы внутренним беспокойным стремлением к высшему: даже если обычный столяр станет придворным столяром или младший лейтенант — майором. Даже в сыне Вебера Максе Марии было это беспокойное стремление; начав работать машинистом, он изучил железнодорожное дело и стал, наконец, управляющим Рудногорской железной дороги и «тайным советником правительства».

Дед Вебера Фридолин, который родился в 1691 году, получил степень бакалавра философии, и благодаря женитьбе на дочери цирюльника Марии Эве Шлар из Фрейбурга, внес в семью немного французской крови, чему, между прочим, приписывают блеск в композициях Вебера. Дед Фридолин, который играл на скрипке и органе и якобы имел неплохой голос, передал по наследству эту предрасположенность к музыке своим сыновьям. Фридолин II, который также хорошо пел и превосходно играл на скрипке, поменял ради музыки карьеру чиновника на место цимбалиста и концертмейстера в Мангейме. Его дочь Алозия была примадонной в Венской придворной опере, большой любовью Моцарта, а Констанция стала впоследствии его женой; третья дочь, Жозефа, первая пела «Королеву ночи» в премьере «Волшебной флейты» в Вене, и Софи, четвертая дочь, была самоотверженной сиделкой у постели умирающего Моцарта.

Также и Франц Антон фон Вебер, брат Фридолина II и отец Карла Марии, имел музыкальные способности, хотя у него очень рано проявились некоторое непостоянство и характерная неустойчивость. Он начал свою карьеру лейтенантом и, по слухам, во время семилетней войны таскал с собой скрипку даже во время боя. После бракосочетания с Марией Анной Фуметти, дочерью придворного финансового советника, в Гильдесхейме, курфюрст Клеменс Август из Кельна предложил ему место амтмана, которое он занимал в течение 10 лет. Из-за различных неполадок и непостоянства в служебных делах он был уволен, чтобы после кочевой жизни в течение шести смутных лет, когда он, судя по всему, принял фальшивый дворянский титул, в 1788 году в качестве музыкального директора осесть в Любеке, а через год в качестве капельмейстера при княжеском дворе окончательно переехать в Эутин. Во время путешествия в Вену, где он хотел пристроить двух сыновей в ученики к Йозефу Гайдну, Вебер познакомился с Женевьевой Бреннер, «красивой голубоглазой блондинкой», на которой он вскоре женился, так как жена его Анна умерла в 1783 году. Она была искусной певицей, и Вебер использовал ее дарование себе на пользу. Когда должность городского музыканта Эутина ему надоела, он, не долго думая, организовал актерское общество, стержнем которого стала его собственная семья; с этим обществом он ездил по всем немецким государствам. Вскоре после того как Женевьева 18 ноября 1786 года родила первого ребенка, которого окрестили именем Карл Мария, семья уже весной следующего года переселилась в Гамбург, чтобы там, наконец, создать собственную актерскую труппу. Насладиться первыми представлениями приходили, между прочим, представители Гамбургской масонской ложи, в которую затем был принят Франц Антон. Наряду с унаследованной музыкальностью и творческим беспокойством, которое прослеживается через всю историю семьи Вебер, Карл Мария с раннего детства привык к почти кочевой жизни, к постоянным переездам отца, который работал директором бродячей труппы. От актера этого театра Карла Людвига Костенобле мы узнаем, что маленького болезненного ребенка Карла Марию брали с собой повсюду, во все поездки, и его детские игры проходили среди кулис и театральных реквизитов. В этом сообщении говорится буквально следующее: «Карл Мария фон Вебер, единственный плод второго брака, был тогда слабым, хромым мальчонкой восьми-девяти лет». И в самом деле, физически он развился поздно; вследствие заболевания тазобедренного сустава, от которого страдал всю жизнь, он начал самостоятельно ходить только в четырехлетнем возрасте. К тому же у него развилась сильная близорукость, из-за которой он вынужден был рано начать носить очки, а постоянные переезды в любую погоду и частое пребывание в неподобающих условиях были, по-видимому, причиной его частых болезней. Поэтому не удивительно, что Карл Мария еще мальчиком был более задумчивым и замкнутым, чем его сверстники; из-за больного бедра он хромал, поэтому его родители опасались общения сына с буйными и необузданными ровесниками. В своих автобиографических записках он писал: «…Уединенная жизнь, которую вела моя семья, постоянное общение со взрослыми, образованными людьми, боязливая осторожность, с которой родители старались не допустить моего общения с невоспитанными мальчишками, рано научили меня жить в своем собственном мире, в мире фантазий, и находить в нем для себя занятие и счастье». Может быть потому, что он вырос в театре, который глубоко запечатлелся в его сознании вместе с помещениями для кукловодов, реквизитом, и благодаря постоянному общению с художниками и артистами, он приобрел неповторимое чутье драматического действа на сцене. Его дар всегда находить в общении с людьми правильный тон, будучи директором оперного театра, основывается, по-видимому, также на его мальчишеском опыте.

Его отец давно лелеял мечту сделать хотя бы из одного ребенка вундеркинда, возможно следуя примеру Моцарта. Таким образом, Карл Мария уже в трехлетнем возрасте начал заниматься музыкой с отцом и со своим сводным братом Фридолином, правда, сначала безуспешно. «Карл, ты можешь стать кем угодно, но музыкантом не станешь никогда», — однажды в отчаянии воскликнул Фридолин. Однако отец настоял на том, чтобы занятия музыкой продолжались, хотя в то же время Карл Мария обучался живописи, рисованию, чеканке на меди, как он сам рассказывал позже: «Живопись и музыка занимали все мое время. В первой я, к счастью, имел успехи, я писал миниатюры маслом, пастелью, работал также гравировальной иглой. Но неожиданно эти занятия прекратились, и музыка вытеснила наконец все полностью. Все произошло неосознанно». Вскоре это понял и отец, который делал все возможное, чтобы из хрупкого и болезненного мальчика, который был скорее в тягость кочующей семье, сделать музыкального вундеркинда.

Осуществлению этого намерения способствовало одно обстоятельство: его мать Женевьева по прибытии труппы в Гильдбургхаузен на Верре — шел 1796 год — серьезно заболела, и следовательно, семья должна была долгое время жить вдали от труппы. Карла Марию отдали в ученики тогда еще молодому капельмейстеру и композитору Иоганну Петеру Гейшкелю, который вовремя сумел привести в порядок сумбурные и дилетантские знания своего ученика. В его автобиографическом романе говорится: «По настоящему лучшими навыками сильной, выразительной игры на фортепьяно и такой же тренировкой рук я обязан доброму, строгому и прилежному Гейшкелю из Гильдбургхаузена (1796–97)». С этих пор обучение быстро продвигалось, а его отец, все еще обуреваемый мыслью о вундеркинде, теперь больше, чем раньше стремился отдать своего сына в хорошие руки. Когда в 1797 году, после улучшения здоровья матери, семья отправилась в Зальцбург, Франц Антон использовал возможность и послал Карла Марию учеником к Михаэлю Гайдну, который даже бесплатно давал уроки фортепьянной игры, контрапункта и пения. Хотя Вебер позже и писал, что они остались чужими, что учился он недолго и с большими трудностями, в это время появилось его первое произведение 6 фугетт op. 1, которое опубликовал его отец и которое в «Allgemeine Musikalische Zeitung» получило положительный отзыв.