Из-за возрастающей раздражительности и усиливающихся головных болей врач, наконец, запретил ему публичные выступления. Как пианист в последний раз он выступал 19 июля 1846 года на благотворительном концерте, где играл вместе с Фердинандом Давидом Крейцерову сонату Бетховена. После премьеры его «Илии» он, кажется, сам понял, что сильно перетрудился, так как откровенно признался Клингеману в декабре 1846 года: «Наконец я сам себя обвиняю в том, что дирижирование и особенно игра мне стали противны». Несмотря на это он не прислушивался к советам врачей, так как дирижировал в последний раз в марте 1847 года концертом в Гевандхаузе. А перед постановкой «Павла» 2 апреля ему с большим трудом удалось выдержать только репетиции. Так же, как и во Франкфурте, когда он был одержим желанием использовать время только для сочинений. Все чаще в его голове кружились мысли о смерти, как свидетельствует одно замечание Клингеману: «…у меня в голове все время вертится одна мысль, как коротка жизнь». В таком настроении за несколько месяцев до этого его застала смерть верного его слуги Иоганна, к которому он был сильно привязан. Когда Иоганн тяжело заболел и врач отказался лечить «слугу» приватным образом в доме Мендельсона, Феликс ему объяснил, что слуга относится к семье, и он не может перевести его в больницу. Он лично беззаветно заботился о больном, ежедневно читал ему и был глубоко потрясен, когда Иоганн, несмотря на все старания и медицинскую помощь, умер. Последнюю услугу он оказал умершему, выполнив его завещание, которое потребовало затрат сил и времени, из-за чего он задержался с ответом на письмо Клингемана, о чем сообщил ему 6 декабря 1846 года: «Надо было многое сделать, привести в порядок, пока завтра не будут отосланы ящики с вещами и т. д. его матери, братьям и сестрам, поэтому я не мог писать тебе в последние недели». Этот эпизод свидетельствует о доброте и заботливости Феликса, а также его социальной ориентации по отношению к людям.

Вопреки советам врачей он хотел еще раз — это был уже десятый раз — поехать в Англию, чтобы дирижировать в Лондоне ораторией «Илия» в переработанной форме в присутствии королевы Виктории и принца Альберта. После трех постановок, «очень уставший», он покинул Англию, чтобы 12 мая прибыть во Франкфурт. Там он 17 мая получил ужасную новость, которая стала для него сильным ударом: в Берлине от инсульта внезапно умерла его самая любимая сестра Фанни, его второе «я». Мендельсон, якобы, от этой вести с криком упал на пол, как сраженный молнией, и долго лежал без движения. Когда он очнулся от обморока, произошли большие изменения. С утратой Фанни, которая после смерти родителей символизировала для него узы, тесно связывавшие семью, он потерял самого себя. Он писал своему зятю Вильгельму Гензелю, что не мог «…думать вообще о работе и музыке, чувствую пустоту в голове и сердце». Без сестры, с которой он всегда советовался по своим композиторским работам и которую всегда посвящал во все свои творческие планы, ему надо было начинать все с начала, для чего едва хватило бы сил. Сестре Ребекке он писал 7 июля 1847 года: «Последняя глава завершена — следующая же до сих пор не имеет ни названия, ни первого слова».

Чтобы понять эту необычную реакцию Мендельсона на смерть сестры, надо знать отношения между ними. Редко встречаются такие тесные и сердечные узы между братом и сестрой, как это было между Феликсом и Фанни; такие отношения могут быть между близнецами, что объясняется биологическими причинами. У Фанни, но крайней мере до замужества, такое сердечное отношение к брату «даже вызывало психические, ненормальные порывы», которые Феликс решительно отвергал. На одно ее письмо, в котором объяснения в любви к брату носили прямо-таки восторженный, экзальтированный характер, он ответил недвусмысленно, будучи 15-летним мальчиком: «Если бы я не принял решения не быть нежным, то после этого письма я бы ни за что не поручился. Между тем я не хочу, а я упрям!» В то время как ее слишком большая сентиментальность и вдохновенные порывы были ему скорее неприятны, ревность ее в большинстве случаев доставляла ему удовольствие, хотя братская привязанность из-за ревности Фанни и робких усилий единолично владеть своим любимым братом иногда подвергалась большому испытанию. Может быть, сама Фанни не сознавала страстной природы своего чувства, когда писала Феликсу 29 июля 1829 года: «Я… стою перед твоим портретом и целую его каждые пять минут, представляю тебя… я люблю тебя, я боготворю тебя…»

Но не только безумной любви его сестры, которая в более поздние годы стала более сестринской, материнской и дружеской, не хватало ему. Даже музыка соединила обоих неразрывными узами. Она была не только доверенной во всех его музыкальных вопросах, но и компетентным и строгим критиком, от нее одной он получал иногда «нахлобучку», и охотно называл ее «мой» кантор. Будучи на четыре года старше брата, она направляла его еще робкие шаги в царство музыки. И если Феликс вскоре обогнал ее, она всегда оставалась его незаменимой помощницей. С определенной гордостью писала она в 1833 году: «Я видела, как шаг за шагом развивается его талант и внесла даже некоторый вклад в его образование. У него не было другого музыкального советчика, кроме меня, он не доверит ни одной мысли бумаге, пока я не проверю ее». Некоторые из его композиций, например, увертюру к комедии «Сон в летнюю ночь» она знала «наизусть, прежде чем была написана хоть одна нота». Это погружение в работу брата привело почти к потере ее художественного «я».

О художественном таланте Фанни узнали только в 1965 году, когда большая часть ее неопубликованных композиций перешла из владения Мендельсонов в фонд прусского культурного имущества. До тех пор ее художественные труды замалчивались, по-видимому, потому, что отец Авраам строго запретил опубликование ее произведений, и потомки долго уважали эту позицию из-за существовавших еврейских традиций. Социальное положение женщины в еврейской семье в то время хотя и допускало возможность получения всестороннего образования и музыкального воспитания, но оно не должно было стать профессией. И хотя музыкальное образование Фанни было лучше, чем обычно у «дочерей хороших семей», у нее никогда не было возможности показать свой талант вне собственного семейного круга. Эту точку зрения отец подчеркивал во всех письмах. Советы, которые он давал Фанни в 1828 году, едва ли лучше мог сформулировать современный реакционный теоретик: «Ты должна серьезнее и кропотливее готовить себя к твоей собственной профессии, к единственной профессии женщины — домашней хозяйки». И когда однажды Фанни намекнула на предпочтение Феликса, он ей недвусмысленно ответил: «Что ты мне написала о своих музыкальных делах по отношению к Феликсу было, по-видимому, как задумано, так и написано. Для него музыка станет, может быть, профессией, в то время как для тебя она может и должна стать украшением и никогда основным базисом твоего существования; поэтому его честолюбие и жажда проявить себя в деле, которое он считает важным, так как чувствует в себе призвание — скорее способ проверить себя, а для тебя не меньшая честь быть всегда в таких случаях доброй и разумной, и своей радостью по поводу заслуженных им аплодисментов ты доказываешь, что на его месте ты так же могла бы их заслужить. Твердо держись этих убеждений и такого поведения, они женственны, а только женственность украшает женщину». Не удивительно, что Фанни должна была страдать от таких слов о своей «несчастной женской доле», данной ей «создателем», в которой ее упрекали почти каждый день. Однако она была слишком привязана к еврейским семейным традициям, чтобы противоречить отцу. Таким образом, ей не оставалось ничего другого, как прилежно сочинять музыку в своей светелке, не говоря об этом ни слова отцу. Это было возможно потому, что отец часто бывал в длительных деловых поездках, а мать Лиа придерживалась более широких взглядов, в отличие от Феликса, который едва ли способствовал композиторской деятельности сестры и еще в 1837 году решительно противился опубликованию песен Фанни. Это представляется особенно странным потому, что, с другой стороны, несколько ее композиций он выпустил под своим именем и, как мы сегодня знаем, некоторые из его «гениальных детских произведений» на самом деле были написаны Фанни. Еще до своего замужества она сочинила десятки песен с и без сопровождения фортепьяно. Благодаря выдающимся способностям пианистки, которые могли бы сравниться со способностями Клары Шуман, она писала также фортепьянную музыку, например, фортепьянный квартет в As-Dur. Все эти работы могли исполняться только тайно, и только после замужества она могла свободно и без помех отдаться своим музыкальным наклонностям. В садовом зале родительского дома она организовала регулярные «Воскресные концерты», на которых собирался весь музыкальный Берлин. Здесь она могла среди других исполнять и собственные композиции с помощью специально ангажированных музыкантов как пианистка или дирижер хора и оркестра.