Его прощание с Дюссельдорфом было не очень тяжелым еще и потому, что уже в январе 1835 года пришло приглашение из Лейпцига занять место музыкального директора в возобновившем свою деятельность в 1781 году Гевандхаузе. Он предпочел это предложение, с годовым летним отпуском, должности директора оперного театра в Мюнхене. Но прежде чем вступить в должность в Лейпциге осенью 1835 года, как было договорено, ему предстояло дирижировать на 17-м Нижнерейнском музыкальном фестивале в Кельне, в котором на этот раз захотела принять участие вся семья, чтобы разделить триумф своего знаменитого сына и брата. Затем Феликс проводил родных в Берлин, чтобы оттуда поехать в Лейпциг. К сожалению, незадолго до отъезда случилось непредвиденное, что повергло его в ужас. Точные обстоятельства трудно узнать из его писем, но все говорят о том, что у его матери случился легкий инсульт. В этих условиях он был очень рад тому, что вместе с больной матерью наконец прибыл в Берлин.

Музыкальная жизнь Лейпцига имела вековые традиции и своей протестантской церковной музыкой задавала тон всей Германии. Мендельсон в 26 лет был самым молодым композитором, который когда-либо занимал столь ответственный пост. Началась новая глава славной истории концертов лейпцигского Гевандхауза. Со свойственным ему «магнетическим красноречием языка жестов» он смог подчинить себе музыкантов, которые даже не заметили этого. Музыкальный обозреватель и первый биограф Роберта Шумана Йозеф Вильгельм фон Вазилевски так охарактеризовал Мендельсона за дирижерским пультом: «Пылающий взгляд Мендельсона видел все и владел всем оркестром. И наоборот, все взгляды были прикованы к кончику его дирижерской палочки. Поэтому он мог своей властью управлять массами по собственному усмотрению. Если он во время исполнения иногда позволял себе делать отклонения в темпе, замедляя его или ускоряя, то это происходило таким образом, что можно было подумать, что так было заучено на репетициях». Много писали о быстром темпе Мендельсона, и это единодушно подтверждали многие музыканты, среди них Рихард Вагнер и Роберт Шуман. Хотел ли он этим скрыть неизбежные технические погрешности или неточности оркестра, как он сам однажды заметил, или это было выражением его постоянного внутреннего беспокойства, остается неясным. Фактом является то, что в действительности чувство постоянного беспокойства воспитывали в нем с детства.

Несмотря на значительные успехи Мендельсон оставался скромным, избегал внешних проявлений оказания почестей, где это было возможно, всю жизнь не дружил с прессой и журналистами. Именно в начале полной надежд деятельности в Лейпциге его постиг удар судьбы, удар, который он едва смог преодолеть, — в ноябре 1835 года умер его отец. Как можно предположить из семейной переписки, внезапная смерть Авраама наступила из-за сильного волнения, которое было вызвано неблагоприятным отзывом о его зяте Гензеле как художнике, на который Авраам дал резкий ответ. Уже на следующее утро он заболел, был бледен и умер от инсульта так же внезапно, как и его отец Моисей. Он, по-видимому, и раньше был болен, так как незадолго до смерти почти ослеп. Еще в марте Фанни писала Феликсу: «Папе, вероятно, в этом году не сделают операцию, хотя болезнь прогрессирует уже несколько месяцев». Но какая болезнь была причиной его слепоты, мы не знаем. Речь могла идти скорее всего о сосудистых изменениях глазного дна, которые часто появляются в связи с высоким давлением крови или нарушениями сахарного обмена, при которых происходит кровоизлияние или отслоение сетчатки. Во всяком случае Авраам до инсульта был как будто здоров.

Для Феликса со смертью Авраама умер «образ великого отца», в котором были еще живы многие черты Моисея Мендельсона. В душевном потрясении он реагировал на смерть отца почти парадоксальным образом; с одной стороны, его потянуло еще сильнее к христианству, с другой — он еще больше идентифицировал себя со своими еврейскими предками. В художественном отношении это выразилось в стремлении как можно скорее завершить работу над ораторией «Павел», так как этот образ апостола очевидно больше всего соответствовал его тогдашнему состоянию, Ведь рожденный евреем Павел, как и его отец Авраам, после обращения в христианство по-прежнему всегда оставался другом еврейского народа. Со смертью отца жизнь Феликса изменилась настолько, что вдруг исчезли все следы, иногда даже скрытые, Эдипова комплекса. Он откровенно, как никогда, жаловался своему другу Клингеману на депрессивное состояние во многих письмах, в которых чувствовалось его внутреннее преобразование: «…ужасные перемены, которые произошли в моей жизни, я только начинаю постепенно ощущать это чувство уверенности в том, что моя юность с того дня (со дня смерти отца) прошла, и все, что с этим было связано, тоже, Это заставляет меня быть серьезным и хочется быть похожим на отца и выполнить то, что он от меня ожидал».

Во время печального Рождества этого года мать взяла с него обещание скорее найти «подходящую женщину», желание, которое надо выполнить как можно скорее. Когда его одинокая, мрачная жизнь в Лейпциге оживилась, благодаря музыкальному фестивалю в Дюссельдорфе, он после этого остановился во Франкфурте, где встретил женщину, которую долго искал — Сесиль Жанрено, происходившую из зажиточной семьи гугенотов. Однако Сесиль сначала не заметила его расположения к ней, как она потом рассказывала Фердинанду Гиллеру, так как думала, что он часто навещает их из-за ее матери, с которой беседовал более заинтересованно, чем с ней.

Когда Феликс после погребения отца в начале января 1836 года снова вернулся в Лейпциг, он пытался найти утешение в интенсивной художественной деятельности. Заметная усталость была, по-видимому, следствием его депрессивного настроения, а не физического состояния. Она ему, вероятно, очень мешала, так как после концерта в Гевандхаузе 30 января, где он играл также концерт для фортепьяно d-Moll KV 466 Моцарта, жаловался на это в письме Фанни. В художественном отношении его карьера продвигалась в Лейпциге так быстро, что уже через полгода ему присвоили степень почетного доктора философии Лейпцигского университета — в 27 лет он был самым молодым почетным доктором века. Его внутренняя удовлетворенность нашла выражение в письме матери от 1 июня 1836 года: «Мне вообще доставляет радость писать тебе, что я сейчас в Германии твердо стою на ногах, и мне надо ездить за границу не ради существования. Это выяснилось, собственно, лишь год назад, а именно после того как я занял пост в Лейпциге». К этому прибавилась, по-видимому, личная радость от того, что он мог назначить своего друга Фердинанда Давида концертмейстером оркестра Гевандхауза.

В мае этого года в Дюссельдорфе состоялся Нижнерейнский музыкальный фестиваль, на котором представилась возможность впервые исполнить с большим успехом свою ораторию «Павел». Собственно говоря, он хотел поехать в длительный отпуск в Швейцарию, но этот план был сорван из-за тяжелой болезни Николая Шейбле, руководителя хорового объединения «Цецилия» во Франкфурте. Заменить этого известного художника, который в свое время так ласково принял его, 13-летнего мальчика, и которому он был обязан инициативой написания «Павла», было для него делом чести. К тому же пребывание во Франкфурте давало ему возможность в это раннее лето чаще посещать 19-летнюю хорошенькую Сесиль и ее высокообразованную мать, вдову Суше. Может быть с намерением оградить себя от необдуманных, поспешных решений и подвергнуться еще раз серьезному испытанию он решил со своим дюссельдорфским другом, художником Вильгельмом фон Шадовым поехать на голландское озеро Шевенинген. Приехав туда, он скоро почувствовал себя несчастным, и тоска по чарам прелестной Сесиль охватила его еще сильнее: «Ни одна умная мысль не приходила мне в голову», — писал он 7 апреля находящемуся во Франкфурте Фердинанду Гиллеру, но железная самодисциплина удержала его от преждевременного отъезда.

В Шевенингене произошло небольшое происшествие, при котором Мендельсон, очевидно, растянул связки голеностопного сустава. В письме от 18 августа он писал об этом Фердинанду Гиллеру: «Странно, что я за восемь-десять дней поранил ногу во время купания правда меньше чем ты, только оступился и с тех пор сильно хромаю». При вывихе нога должна была сильно опухнуть. Из письма Гиллеру от 27 августа мы узнаем об этом несколько подробнее: «Я должен был сегодня поставить par ordre de moufti (хирургия) пиявки к моей дурацкой ноге и поэтому вынужден остаться здесь и вести себя спокойно; было бы слишком обидно приехать во Франкфурт и сидеть в комнате».