Его друг художник Эдуард Бендеман, который поспешил из Дрездена, нарисовал Феликса на смертном одре и рассказал о своем впечатлении при виде Феликса: «Выражение лица было очень добрым и спокойным; когда входишь в комнату, создается впечатление, что видишь спящего человека, а не покойника, если бы не краски смерти». Игнац Мошелес, который присутствовал при смерти Феликса, увидел на его лице таинственную улыбку; с лица исчезли все следы предшествовавших мук: «Врач отвел Сесиль в другую комнату, чтобы помочь ей в ее безмолвном горе. Детей в 9 часов отослали в постель, и они сладко спали, когда Господь призвал к себе их отца. Я преклонил колени у кровати, проводил душу усопшего своими молитвами на небо и поцеловал высокий лоб, на котором еще не высох пот». Следуя старому обычаю, Сесиль отрезала у своего покойного мужа несколько локонов каштановых волос, чтобы отдать на память его ближайшим друзьям.

Его труп оставался в доме до 7 ноября, затем был перевезен в Паулинеркирхе для соборования. Гроб несли его друзья Мошелес, Гаде и Шуман — с правой и фон Гауптман, Давид и Ритц — с левой стороны. На пути в церковь звучал марш в c-Moll из пятого издания его «Песен без слов», а в церкви торжественно исполнялись хоралы из его оратории «Павел». Клара Шуман записала в дневник 8 ноября, что ей рассказал Роберт: «… каким красивым и достойным было отпевание в церкви, как чудесно пел хор, который никогда не собирался в таком количестве». В следующую ночь дорогой гроб, в котором покоился Мендельсон с простым лавровым венком над челом, по железной дороге был перевезен в Берлин. В пути поезд останавливался в Кетене, Дессау и Галле, чтобы дать возможность директорам хоров и друзьям сказать последнее «Прости» любимому мастеру. На следующий день, в сопровождении огромной толпы людей, он был перевезен от берлинского вокзала к старому Троициному кладбищу; здесь он был погребен на вечный покой рядом со своими родителями и сестрой Фанни. Так он сдержал обещание, которое дал в оправдание своего отсутствия на ее дне рождения 8 ноября 1846 года. Он сказал: «Положись на меня, в следующий раз я буду с тобой».

26 мая 1892 года перед Гевандхаузом в Лейпциге был открыт памятник Мендельсону. Во времена третьего рейха произошло постыдное событие культурно-политического значения, когда при выполнении акции «Нахт унд Небель» тайно, в ночь на 10 ноября 1936 года, памятник был полностью разрушен. Дата этого акта вандализма была выбрана очень скверно, так как именно на следующий день представители Лондонского филармонического оркестра под руководством дирижера сэра Томаса Бичема намеревались возложить венок к памятнику, чтобы наглядно подчеркнуть тесную связь между музыкальными городами Лейпцигом и Лондоном, установленную творческой деятельностью Мендельсона.

Для установления медицинского диагноза болезни Феликса Мендельсона наряду с его собственной историей болезни важно знать истории болезни некоторых его родственников. Его знаменитый дед Моисей умер сразу, вдруг, не мучаясь долго, вследствие кровоизлияния в мозг в возрасте 67 лет. Такая же участь ожидала его отца Авраама, которому не было и 59 лет, и который умер в течение нескольких часов от инсульта. Можно предположить, что оба страдали склерозом артерий мозга, и кровоизлияние могло произойти из-за изменений в стенках сосудов мозга. Это может случиться и тогда, когда из-за артерио-склеротических изменений происходит сужение артериального сосуда мозга, и нормальное снабжение кислородом соответствующих участков мозга становится невозможным. В таком случае смерть наступает, как правило, в зависимости от пораженного участка мозга, не сразу, как при обильном кровоизлиянии. В данном случае в первую очередь наступают параличи и появляются другие клинические симптомы. Может быть, прогрессирующая слепота Авраама незадолго до его смерти была следствием артерио-склеротических изменений сосудов, хотя здесь возможны и другие симптомы, как, например, отслоение сетчатки, кровоизлияние в оболочку глаза или глаукома.

Но смерть его сестры Фанни Гензель в 42 года произошла совершенно иначе. Как следует из ее писем, эта невысокая, унаследовавшая от деда Моисея горбатость, ничем не привлекательная женщина с необыкновенными умственными способностями была подвержена заболеваниям дыхательных путей. Но несмотря на упоминаемые часто в письмах «концерты кашля» и хрипоту, как следствие — катар гортани и бронхов, она казалась здоровой. Единственным признаком болезни, приведшим к смерти, который был обнаружен лишь недавно, является «онемение рук». По этому поводу она обратилась к врачу за четыре года до смерти. О последних часах ее жизни Феликс сообщал своему другу Клингеману 3 июня 1847 года: «Фанни не болела и не страдала. Она никогда так хорошо себя не чувствовала, как в последнее время и в последние дни своей жизни. На репетиции своего воскресного концерта, когда хор пел „Смеется май“ под ее аккомпанемент, она почувствовала себя нехорошо, вышла из комнаты, и когда Павел зашел к ней через три четверти часа, он нашел ее без сознания, а через четыре часа она умерла». Примерно то же самое рассказывал Девриент, упомянув «онемение рук» и обращение к врачу еще в 1843 году: «В полном здравии и веселом настроении ранним утром 14 мая в садовом зале она устроила репетицию хора к следующему воскресенью. Вдруг она почувствовала, что ее руки на клавишах онемели, она должна была уступить место за роялем одному из любителей музыки. Репетиция продолжалась, пел хор из „Вальпургиевой ночи“, она слушала из третьей комнаты через открытые двери и парила руки в горячей воде с уксусом. „…Как красиво звучит“ — сказала она очень радостно, хотела вернуться в зал, и тут наступил общий паралич, она потеряла сознание, а ночью в 11 часов вздохнула последний раз». Точное время паралича назвала золовка Вильгельмина Гензель — 18 часов.

Роберт Шуман в своих «Заметках о Мендельсоне» также упоминает смерть Фанни: «Когда Феликс писал своего „Илию“, в Фанни проснулось желание испытать свои силы и написать какое-нибудь большое произведение. Она выбрала подходящие для сочинения партии из второй части „Фауста“ Гете. Со свойственным ей пылом она хотела одолеть этот огромный текст и сюжет. Композиция была закончена, и лучшие певцы Берлина собрались накануне постановки на генеральную репетицию в доме композитора. Это было в мае текущего года. Она дирижировала, как всегда, в окружении своих друзей за фортепьяно. Вдруг аккомпанемент остановился, в ужасе замер хор — аккомпаниатор упала без чувств. В день постановки гости, которые еще не осознали случившееся, пришли в концертный зал дома Мендельсонов. Хористы в траурных одеждах стояли вокруг осиротевшего места и пели реквием».

Все описания сходятся в одном: Фанни умерла от кровоизлияния в мозг. Но так как в ее молодом возрасте прогрессирующий артериосклероз исключается, должны были быть другие изменения сосудов, такие как у Феликса и возможно ее младшей сестры Ребекки. Ребекка умерла в возрасте 47 лет, и у нее, по-видимому, был инсульт, хотя точно установить это из архивного наследия, находящегося в университете им. Гумбольдта в Берлине, не представляется возможным.

На основе анализа чрезвычайно показательной для врача истории болезни Феликса Мендельсона, в связи с клиническими особенностями смерти его обеих сестер и с точки зрения наших сегодняшних знаний, можно установить точный диагноз болезни, приведшее, его к смерти. Речь идет об аневризме — мешкообразном расширении на месте разделения артериального сосуда мозга, которое из-за разрыва и сильного кровоизлияния в так называемый субарахноидальный отдел — щелевидное пространство, расположенное между мягкой мозговой и паутинной оболочкой, окружающей головной и спинной мозг, наполненной жидкостью и связанной с клетками мозга, — приводит к смерти. Этот диагноз был установлен впервые в 1955 году английским врачом Р. С. Беннетом, причем он опирался на письмо Фердинанда Давида к В. С. Беннету и подумал о первом кризисе Мендельсона на Рейне. Независимо от Беннета Франкен в 1959 году пришел к такому же диагностическому выводу, и с современной точки зрения его правильность не вызывает сомнения.