Родиной холеры является Передняя Индия, там эпидемии, по-видимому, продолжались в течение веков. Точные записи об эпидемиях холеры появились только в XVI веке. Лишь в 1817 году холера пересекла границы своей родины и распространилась почти по всей населенной части земного шара. В Европу она пришла только во время второй эпидемии, с 1826 до 1837 гг. С тех пор известно, что яд холерного возбудителя приводит к значительной потере жидкости и минеральных солей из клеток эпителия и слизистой оболочки тонкого кишечника, проявляются опасные для жизни симптомы потери жидкости и электролитов. Результат — отказ почек. Сегодня холеру можно преодолеть путем быстрого восполнения этих потерь. Поэтому она перестала быть такой опасной. А в то время холеру лечили, по незнанию всех этих обстоятельств, как раз наоборот, а именно жаждой, полагая, что этим можно остановить поносы. В действительности, ускорялось истощение организма, и в то время каждый второй больной холерой умирал, так как нарушался процесс кровообращения и прекращалась деятельность почек.

У Мендельсона была, по-видимому, легкая форма холеры. Из его писем мы ничего не узнаем о сильных поносах или судорогах икр, и он относительно быстро выздоровел. Таким образом, запланированное путешествие в Англию было отложено на несколько недель. Уже 23 апреля 1832 года он благополучно прибыл в Лондон, где его сердечно встречали Мошелес, Клингенман и другие друзья. Итогом пребывания в Париже, которое было «в буквальном смысле отравлено холерой», стало ясное понимание того, что он только немецкий художник, и продолжать успешно свой путь может только в Германии. Еще два года назад он писал своему отцу: «С тех пор, как я снова в Италии… я никогда так ясно не чувствовал, что я, собственно, немец и должен им остаться». Подобное патриотическое признание он высказал Девриенту: «Страна художников Германия, и пусть она живет». В Лондоне быстро зажили раны, от которых он страдал в Париже. В те недели «был заложен фундамент того культа Мендельсона викторианской эпохи», как его позже называли вагнерианцы. Но и в беззаботное, счастливое время его лондонского пребывания упала капля горечи: он получил известие о смерти своего учителя и друга Цельтера, который пережил своего друга Гете только на несколько недель. Таким образом, Феликс за короткое время потерял двух покровителей, и поэтому понятно, что в своем желании на кого-то опереться, он сбежал к Томасу Этвуду, который уже в его первый приезд в Англию стал ему кем-то вроде попечителя.

После смерти Цельтера освободилось место руководителя Певческой академии. Для отца Авраама было ясно, что его сын Феликс, как бывший ученик Цельтера, должен стать его преемником. Авраам и сестра Фанни настаивали в письмах, чтобы Феликс постарался получить это место, и, хотя он очень не хотел этого, наконец прервал свое пребывание в Лондоне и 25 июня 1832 года приехал к своим в Берлин. Невольно он был втянут в ссору по поводу преемника Цельтера. После длительных дискуссий 22 января 1833 года директором академии абсолютным большинством голосов был избран Карл Фридрих Рунгенхаген, 54-летний друг и заместитель Цельтера. Важной причиной этого решения было, по-видимому, отклонение кандидатуры «молодого еврейского музыканта» в качестве главы такого христианского института как Певческая академия, будь он хоть трижды знаменит и гениален. Для Феликса, который в своей жизни ни разу не сталкивался с серьезными препятствиями, этот вотум недоверия был горьким разочарованием, и Девриент почувствовал тогда, что он никогда этого не забудет. Семья Мендельсона порвала свои отношения с Певческой академией, а Берлин из-за этого потерял шанс стать музыкальным центром благодаря талантливейшему музыканту.

Мендельсон после возвращения из длительного путешествия по Европе с трудом привыкал к мелкобуржуазной атмосфере прусской столицы. Он не мог понять, почему Берлин в политическом, общественном и культурном плане находился ниже других европейских столиц. В одном письме он писал: «Город стоит на том месте, на котором я его оставил три года назад. Прошел 1830 год, невероятное время, плачевные преобразования, как говорят земские чины, до сих пор ничего не произошло. Мы не засыпали и не проснулись — такое впечатление, как будто времени нет». Это неприятное чувство отразилось и на его здоровье, он жаловался на боли в ушах и головные боли. Тем не менее, в марте 1833 года он закончил самое популярное произведение — симфонию в A-Dur op. 90, «Итальянскую», в ликующем начале которой чувствуется восхищение красотами этой страны. Впервые она была исполнена 13 мая 1833 года в Лондоне; дирижировал он сам, и это увеличило его международное признание. Приглашением в Лондон Мендельсон был доволен, к тому же пришло еще одно приглашение в Дюссельдорф на музыкальный Нижнерейнский фестиваль в качестве дирижера. Из всех немецких музыкальных фестивалей, основанных в 1817 году, Нижнерейнский был бесспорно самым значительным, как видно из громких имен приглашенных дирижеров, например, таких как Лист, Шуман и Брамс. Еще до начала фестиваля с Мендельсоном был заключен договор, согласно которому он становился музыкальным руководителем Дюссельдорфа. Кроме руководства музыкальным обществом ему надлежало также руководить церковной музыкой.

В октябре 1833 года он с лучшими намерениями начал работать в Дюссельдорфе, но вскоре узнал, что едва ли может реализовать свои высокие планы из-за очень плохого оркестра. Случалось так, что на некоторых репетициях он показывал свой темперамент, как свидетельствует один случай: «К тому же они охотно дерутся в оркестре, у меня этого не будет. Однажды произошла дикая сцена. Тогда я в первый раз ударил по партитуре и разорвал ее на две части, после этого они стали играть более выразительно». Но и театральное дело в целом, со всеми сопровождающими неприятными моментами, вскоре начало его раздражать. Из-за необдуманного поведения Мендельсона во втором Дюссельдорфском сезоне произошла неприятная размолвка с директором Карлом Иммерманом. Он сложил с себя обязанности директора оперы уже через три недели, после того как Иммерман предложил ему эту должность, так как не желал возиться с администрацией оперы. Этот шаг стоил ему серьезной взбучки отца, который упрекнул его в неблагонадежности и в плохом исполнении своего долга, но Феликс принял решение никогда больше не занимать должность руководителя.

В остальном же в Дюссельдорфе он твердо встал на ноги. Он брал уроки у Иоганна Вильгельма Ширмера, будущего учителя Арнольда Беклина, чтобы совершенствоваться в акварели, и принимал участие во многих общественных мероприятиях. Физически он также усердно упражнялся; много занимался гимнастикой, плавал и держал скаковую лошадь, на которой, в отличие от Моцарта или Бетховена, охотно ездил верхом. После того как он освободился от директорской нагрузки, снова мог больше времени уделять композиторской деятельности. В это время появились части его оратории «Павел», новые клавирштюки и хоры, а также несколько «Песен без слов». Клавирштюки такой формы существовали еще задолго до Мендельсона. Ведь еще Бетховен в «Bagatellen» или Шуберт в «Moments musicaux» придерживались той же художественной идеи формально маленькой, интимной «кабинетной пьесы». Роберт Шуман очень метко охарактеризовал этот вид искусства следующими словами: «Кто в вечерние часы не сидел за фортепьяно и, фантазируя, бессознательно не напевал тихую мелодию? Если можно связать сопровождение с мелодией, и если это Мендельсон, то возникают красивые песни без слов». Название «Песня без слов» придумал сам Мендельсон. Это мы узнаем из письма сестры Фанни к Клингеману. То, что он эти «песни» сначала, как казалось, не очень высоко ценил, а позже стал воспринимать серьезно, следует из посвящения одного тома «песен» ор. 62 Кларе Шуман. «Весенняя песня» из этого сборника стала вскоре известной и любимой во всем мире.

Весной 1835 года Мендельсон решил расторгнуть договор с Дюссельдорфом. В обстановке размолвки с Иммерманом не могло быть и речи о дальнейшем пребывании в этом городе. К тому же выставляемое напоказ ханжество обывателей этого маленького городишки, похожего на деревню, раздражало его все больше. «Здесь ты окружен неприятными типами, моралистами, которые омрачают себе и другим радость; сухими прозаическими гофмейстерами, которые считают любой концерт грехом, любую прогулку — развращающей и пагубной, театр — серной лужей, а весну с цветущими деревьями и прекрасной погодой — гнилым болотом» — ситуация подобная той, с которой столкнулся Антон Брукнер в Линце, а позже в Вене.