Руководство внешней разведки приняло решение вновь направить Исхака Абдуловича на нелегальную работу в Соединенные Штаты Америки. Ему поставили задачу организовать работу по добыванию сведений, касающихся Германии и ее союзников, вскрытию истинных целей политических и военных союзников СССР, и прежде всего США и Англии. Разведчику предлагалось осесть в одном из городов недалеко от Вашингтона, чтобы можно было регулярно встречаться с наиболее важными источниками, большинство из которых работало в столице.
На этот раз Исхак Абдулович отправлялся в США вместе с женой Еленой, американкой по происхождению, которая приняла в 1939 году советское гражданство и стала сотрудницей внешней разведки.
Елена приехала в Нью-Йорк в 1935 году из другого американского города и работала секретарем в одной из промышленных фирм. Придерживалась левых взглядов, принимала участие в деятельности прогрессивных организаций. В 1936 году ее привлекли к работе резидентуры в качестве связника, в дальнейшем она выполняла и другие разведывательные обязанности и показала себя смелой и дисциплинированной работницей. В 1939 году, по предложению резидента, ее зачислили техническим секретарем резидентуры. Она стала активной помощницей Исхака Абдуловича. В дальнейшем они стали мужем и женой. Вместе с мужем она прибыла в 1939 году в Союз.
Теперь им предстояло возвратиться в Соединенные Штаты для продолжения работы. В сентябре 1941 года их перебросили в Китай, а затем в Гонконг. Отсюда на пароходе прибыли в США. Для осуществления этой поездки им подготовили соответствующие документы. В Соединенных Штатах Америки они перешли на свои надежные старые паспорта.
Имея опыт нелегальной работы в Соединенных Штатах Америки и хорошо зная оперативную обстановку в стране, Ахмеров сразу же по прибытии к месту назначения приступил к выполнению задания.
В качестве прикрытия разведчик-нелегал с согласия Центра использовал небольшую коммерческую фирму, владелец которой еще в первой командировке оказывал ему помощь. Человек он был надежный, и поэтому решили провести некоторую реорганизацию этого предприятия, расширить и поставить его деятельность на более солидную основу.
Ахмеров стал компаньоном фирмы и на первом этапе много времени уделял организации ее работы. Это позволило вывести фирму в число благополучных и серьезно закрепить положение разведчика, поскольку в окружении он выглядел вполне преуспевающим бизнесменом.
Каждый день к 10 часам он приходил в контору и садился за финансовые и различные хозяйственные дела. После 14 часов, а иногда и позже, возвращался домой, внимательно читал прессу и литературу по международным вопросам, готовился к предстоящим встречам с источниками. Два-три раза в месяц из Нью-Йорка он выезжал в Вашингтон, где приходилось задерживаться большей частью на субботу и воскресенье. Несколько раз в месяц ездила в Вашингтон Елена, она выполняла в основном задания по связи. Через некоторое время она поступила в университет, где начала изучать педагогику.
Условия для работы в США в этот период серьезно осложнились. Шла война. Контрразведывательные органы и полиция усилили наблюдение за носителями секретов и людьми, которые вызывали хотя бы малейшее подозрение.
Центр писал Ахмерову: «Мы прекрасно понимаем, что условия для работы в стране стали более сложными, чем они были в мирное время, особенно для нелегалов. Совершенно естественно, что спецслужбами принимаются меры предосторожности. Поэтому надо перестроить работу применительно к новым, более сложным условиям в стране».
Дело осложнялось еще и тем, что появилась опасность призыва Исхака Абдуловича в армию, так как по возрасту и как гражданин США он подпадал под мобилизацию.
В начале 1942 года разведчик прошел военную регистрацию. Ему пришлось заполнить анкеты на 13 листах с детальным описанием своего прошлого и настоящего. После того как члены комиссии подробно опросили Ахмерова, его привели к присяге. Затем председатель комиссии заявил, что, как человеку женатому, ему, возможно, предоставят некоторую отсрочку от призыва, но при необходимости он будет вызван в призывную комиссию.
С учетом такой перспективы разведчик по указанию Центра начал готовить источников для передачи на связь Елене, одновременно изыскивая возможности для освобождения от призыва.
К середине июля 1942 года Ахмерову по документам значилось около 40 лет, он был женат, имел небольшую коммерческую фирму. Поэтому его зачислили в категорию З-a. Лица этой категории тогда в массовом порядке в армию не призывались. В то же время он стал искать пути для получения справок от знакомых врачей, чтобы освободиться от военной службы по состоянию здоровья. Такие справки ему удалось добыть, и позднее они пригодились.
Поддерживая связь с наиболее надежными источниками, Ахмеров стал получать от них материалы о внешней и внутренней политике США, сведения о международных контактах представителей американского правительства, данные о военных и военно-политических планах и другие ценные материалы.
Источники резидентуры находились во многих объектах правительства США, и особо охраняемые американцами секреты регулярно стали поступать к Ахмерову, а затем направлялись в Москву.
Например, во время Тегеранской конференции великих держав советская делегация своевременно получала информацию о планах и намерениях американцев, намечаемых ими шагах, и в этом немалая заслуга Исхака Абдуловича, который получал сведения по этим вопросам от своих агентов.
Ахмеров располагал источниками в государственном департаменте, администрации зарубежной экономики, управлении департамента военной промышленности, ФБР, департаменте юстиции и других учреждениях. Один из источников добывал информацию по атомной проблематике (проект «Манхэттен»). Другой, работавший в управлении стратегических служб (внешняя разведка), передавал документальные материалы о военной инфраструктуре США, мероприятиях по подготовке военных операций. Большой объем секретных материалов поступал от других источников.
Только за 1943–1945 годы от Ахмерова было получено 2500 пленок с информационными материалами (это более 75 тысяч машинописных листов).
Учитывая ценность добытых материалов и исключительно добросовестную и высококвалифицированную работу сотрудников нелегальной резидентуры, Центр отметил нелегала и его жену правительственными наградами. Ахмеров был награжден орденом Красного Знамени (первую награду — орден «Знак Почета» — он получил в сентябре 1943 года), а Елена — орденом Красной Звезды. Награды получили и другие сотрудники резидентуры. За успешное выполнение разведывательных заданий в послевоенный период Ахмеров был награжден вторым орденом Красного Знамени.
После разгрома гитлеровской Германии и Японии перед разведкой встали новые задачи. Американская контрразведка, освободившись от необходимости разрабатывать фашистскую агентуру, переключилась на работу против советских представительств и возможной деятельности нашей разведки с нелегальных позиций.
Несмотря на это, поток информации, направляемой в Центр, не уменьшался. Однако в начале декабря 1945 года деятельность резидентуры пришлось прервать в связи с угрозой провала в результате предательства источника «легальной» резидентуры Мирны, имевшей некоторое касательство к одному из звеньев резидентуры Ахмерова. Работа резидентуры была законсервирована, а резидент и его жена переправлены в СССР. Наиболее ценных источников удалось обезопасить, и они стали действовать в составе других нелегальных звеньев.
Исхак Абдулович и его жена Елена вернулись в СССР в начале 1946 года. Теперь они прибыли в Москву насовсем. Закончился второй этап работы резидента Ахмерова в Соединенных Штатах Америки, продолжавшийся четыре с половиной года.
В одном из своих выступлений Исхак Абдулович отмечал, что более девяти лет он был американцем и вместе с женой вел разведывательную работу, свободно разъезжая по стране, имел торговое предприятие, квартиру в Нью-Йорке, руководил солидными источниками в Вашингтоне, которые давали важную политическую информацию в условиях войны, освещали политику не только США, но и наших противников — Германии и Японии, и когда из Центра получил сообщение, что их информация имеет большое государственное значение, то понял, что приносил большую пользу Родине и чувствовал глубокую удовлетворенность.