В конце лета 1946 г. Абакумов заменил Меркулова на посту министра госбезопасности, т.е. руководителя МГБ. За несколько месяцев до этого Смерш был ликвидирован и включен в состав МГБ. Хотя бы отчасти это решение можно было рассматривать в свете стремления Сталина несколько ограничить влияние Берии в органах разведки. Нам известно, что перед Абакумовым затем была поставлена почти постоянная задача по сбору компрометирующих материалов на Берию. Отношения между Берией и Абакумовым не были однозначными; преобладает мнение, что они были наполнены конфликтами и окрашены конкуренцией. Хрущев, однако, утверждал, что Абакумов вряд ли предпринимал что-либо важное, не заручившись поддержкой Берии, но это вряд ли было характерно для всего периода 1945— 1951 гг.

Осенью 1947 г. Сталин для создания мощного противовеса недавно созданному ЦРУ решил объединить заграничную разведку МГБ и военную разведку (ГРУ) в так называемый Комитет информации (КИ), в который частично вошло и Министерство иностранных дел. Первым руководителем этой организации был Молотов, после него — Вышинский (очень недолго); заместителем председателя был Федотов. Однако уже на следующий год весь персонал ГРУ был выведен из КИ, и Абакумов начал кампанию с целью установления контроля над оставшейся частью КИ, что ему не удалось. Через несколько лет эта организация была ликвидирована.

Позиции Молотова стали слабее с 1948 г., когда Сталин дал согласие на арест его жены-еврейки. Несомненно, Молотов продолжал формально занимать второе место в иерархии и в 1949 г., когда он был вынужден уйти с поста министра иностранных дел, — этот пост занял Вышинский, бывший до этого одним из его заместителей.

В начале 50-х годов Берия продолжал сохранять определенный контроль над органами госбезопасности, но зачастую Абакумов работал непосредственно на Сталина, в обход Берии. Однако в июне 1951 г. пришел черед Абакумова. Он был арестован, обвинен в том, что он знал, но не доложил о еврейском буржуазном заговоре, связанном с американской шпионской организацией. Вероятно, о подлинных причинах ареста Абакумова знал только сам Сталин. Во всяком случае, это событие дало толчок крупным показательным процессам в Восточной Европе и так называемому «делу врачей» зимой 1952-1953 гг. Показательные процессы имели сильно выраженные черты антисионизма и антисемитизма.

Берия проигнорировал мольбы Абакумова о помощи из тюрьмы, но сам потерпел неудачу, когда Сталин назначил Игнатьева преемником Абакумова. В 1952 г. Сталин с его обострившейся паранойей стал подозревать всех, в том числе и Берию, и в интригах против Берии его поощрял Хрущев, который к тому же начал вводить в органы госбезопасности своих ставленников, в числе которых был новый руководитель МГБ Игнатьев.

После смерти Сталина в 1953 г. МВД и МГБ были объединены под руководством Берии, при этом Игнатьева, в частности, сняли с должности. Круглое, Серов и Кобулов стали первыми заместителями министра внутренних дел. Через год после того, как Хрущев приказал арестовать и казнить Берию (летом 1953 г.), Круглое возглавил новое МВД, но вскоре в связи с созданием КГБ его заменил ставленник Хрущева Серов. С этого времени органы госбезопасности были поставлены под более жесткий, чем прежде, контроль партии. В декабре того же года Абакумов был казнен после процесса, на котором основным обвинением против него стало то, что он сфабриковал «Ленинградское дело» (когда были устранены Жданов и его фракция). Это обвинение на самом деле было направлено и против Маленкова, которого Хрущев пытался выжить с помощью Булганина и КГБ, возглавляемого Серовым.

XX съезд партии в феврале 1956 г. стал генеральным наступлением Хрущева на сталинские репрессии, а также на так называемую антипартийную группу, т.е. Молотова, Кагановича, Маленкова и Шепилова, которые противостояли кардинальному пересмотру политики Сталина. Однако Молотов, который вновь стал министром иностранных дел в 1953 г., оставался на этом посту до июня 1956 г., а это означало, что он совместно с председателем КГБ Серовым контролировал первый этап выработки новой советской позиции по делу Валленберга после того, как Эрландер и Хэдлунд во время своего визита на рубеже марта и апреля представили весьма убедительные свидетельские показания немецких и других бывших военнопленных. Молотов оставался членом Президиума (т.е. Политбюро) ЦК КПСС и заместителем председателя Совета министров даже после того, как он оставил пост министра иностранных дел, который занял Шепилов. Однако в июне 1957 г. Хрущев добился решающего успеха. Хотя Молотов и его группа имели большинство в президиуме, они не имели поддержки в Центральном Комитете. Этим обстоятельством воспользовался Хрущев, быстро созвав с помощью военных и КГБ пленум Центрального Комитета, на котором группа Молотова была вынуждена уйти в отставку.

Ведущую роль в связи с арестом Рауля Валленберга и в течение первой части его тюремного заключения в Москве играла военная контрразведка Смерш («Смерть шпионам»). Смерш был создан прежде всего с целью сбора информации о моральном состоянии в вооруженных силах и на предприятиях военной промышленности, а также о положении на оккупированной территории. Части Смерша следовали за продвигавшимися вперед советскими войсками и прочесывали оккупированные области в поисках представителей политической и военной элиты, военных преступников, шпионов или просто всех тех, кто, как считалось, мог дать интересную информацию. Можно с уверенностью сказать, что только в Венгрии не менее 100 000 человек прошли через аппарат Смерша.

Ответственным за дело Рауля Валленберга в Смерше был второй отдел 3-го Главного управления под руководством Карташова. Вероятно, он был тем офицером госбезопасности, который под руководством возглавлявшего Смерш Абакумова больше других был в курсе всего дела Рауля Валленберга и, во всяком случае, нес главную ответственность за него. Карташов умер в 1979 г. Тот, кто занимал эту должность после него, несколько лет назад был жив, и его удалось опросить. Один из заместителей руководителя также был жив, когда началось расследование, его опросили в 1991 г. Сам Абакумов и многие его ближайшие сотрудники были расстреляны в 1954 г. Однако еще в 1992 г. жив был, например, начальник охраны Абакумова, который смог предоставить некоторую интересную информацию.

Под руководством Карташова работали несколько начальников групп и так называемые оперативные уполномоченные (низкое звание в службе госбезопасности), занимавшиеся текущим допросом военнопленных. Большинство оперативных уполномоченных были одновременно переводчиками. Они имели задание ставить определенные вопросы и могли также выполнять отдельные поручения, но ответственность за расследование лежала на более высоких должностных лицах или на следственном отделе по особо важным делам. Этот отдел, в частности, нес особую ответственность за пленных из абвера и гестапо, а также участвовал в подготовке советской стороны на Нюрнбергском процессе. Вызовы на допросы регистрировались в специальном журнале допросов с указанием фамилии ведущего допрос и расписки о доставке. Однако представляется, что иногда высокопоставленные руководители указывались в журнале под фамилиями подчиненного или переводчика. Видимо, это прежде всего относится к случаям, когда сам министр госбезопасности вел допрос. Как правило, составлялся протокол допроса, но нередко давался приказ этого не делать.

Рабочая группа смогла опросить многих младших должностных лиц отдела Карташова, в том числе двух лучших переводчиков с немецкого языка, которым обычно давали ответственные задания, например переводить самому министру госбезопасности Абакумову, когда тот вел допрос заключенного. Удалось получить некоторые сведения в связи с Раулем Валленбергом, но ничего такого, что могло бы иметь решающее значение для раскрытия тайны. Тот переводчик/оперативный уполномоченный, который, согласно записям журналов допросов, должен был дважды допрашивать Рауля Валленберга, сказал, что не помнит этого допроса. Многие из опрошенных рабочей группой имели отличную память на многие обстоятельства, но их воспоминания по мере приближения к основному вопросу становились гораздо менее четкими. Однако группа заслушала переводчика, который был вызван из другого отдела и, по его словам, участвовал в допросе Рауля Валленберга весной 1947 г.