В 1439 году некий некромант Франческо Прелати, монах-минорит из епархии Ареццо, умевший внушать людям уверенность в своих неограниченных магических возможностях, вошел в доверие к барону и организовал в Тиффоже поразительные сеансы, на которых вызывал демона по имени Барон. Вместе с бароном они проводили алхимические опыты с целью добыть философский камень. Но неудача следовала за неудачей, и Прелати, чтобы умаслить духов, обратился к жертвоприношениям — кровью маленьких детей он умиротворял демонов, а из их костей изготавливал магические порошки.

Несмотря на широко распространившуюся репутацию похабника и колдуна, падение барона де Рэ началось с ничтожного проступка. Жоффруа ле Феррон, казначей Бретани, в сентябре 1440 года купил замок Сент-Этьен де Мальмор, принадлежавший барону де Рэ. Когда к барону за бумагами явился брат Жоффруа, Жан ле Феррон, барон (то ли в подпитии, то ли раздосадованный утратой замка) отказался принять его, а когда тот стал настаивать, избил его и заключил в тюрьму. Подобное обращение с простолюдином могло бы в те дни остаться незамеченным, но Феррон был священником. Епископ Малеструа ухватился за этот предлог, чтобы заставить барона де Рэ предстать перед судом по обвинениям, которые он давно уже тайно заготавливал. Епископа поддержали инквизиция и гражданский суд. Епископ, инквизитор и герцог использовали этот великолепный повод, чтобы объявить барона де Рэ оскорбителем церкви, еретиком и детоубийцей. Такое обвинение давало им право конфисковать его собственность. Отобрать было проще, чем купить. Сначала де Рэ отверг их обвинения как «произвольные и безосновательные». Но его вину сочли столь очевидной, что уже 3 сентября, за 15 дней до начала суда, герцог Вретанский распоряжался предполагаемой долей земли барона де Рэ. С этого момента начинается третья, фантастическая часть жизни барона, ставшая самой короткой.

Обвинение, которое подготовили епископ Нантский Жан де Малеструа и инквизитор Жан Блуэн, представлявший главного инквизитора Франции Гильома Меричи, состояло из 47 пунктов, охватывавших три главных вопроса: оскорбление служителя церкви (за совершение насилия над Ферроном), вызывание демонов и сексуальные извращения с детьми. Например, в пункте 16 утверждалось, что «в одной из нижних комнат замка, или крепости Тиффож, принадлежавшего жене вышеназванного Жиля, около пяти лет назад монсеньер Франческо Прелати, самозванный специалист в запрещенном искусстве геомантии, и Жан де ла Ривьер начертили множество магических знаков, кругов и цифр. Также в некоем лесу около вышеназванной крепости Тиффож некто по имени Антуан де Палерм из Ломбардии вместе с другими волшебниками и вызывателями демонов занимался гаданием и вызыванием злых духов по имени Орион, Вельзевул, Сатана и Велиал с помощью огня, фимиама, мирра, алоэ и других ароматических веществ».

Кроме вызывания духов, в обвинении упоминались и человеческие жертвоприношения. В 15 пункте обвинения читаем: «В соответствии с первоначальными обвинениями на основании общественных слухов, завершившихся тайным расследованием, проведенным Его высокопреподобием епископом Нантским в его городе и епархии, с помощью уполномоченных представителей инквизиции и обвинителя епископского суда по следующим обвинениям в преступлениях и нарушениях, предусматриваемых церковными законами, и по поводу жалоб, угроз и стенаний, исходящих от многих личностей обоих полов, вопивших и жаловавшихся о потере и смерти своих детей. Вышеназванный обвиняемый Жиль де Рэ и его сообщники брали невинных мальчиков и девочек и бесчеловечно забивали их, убивали, расчленяли, сжигали и подвергали всяким пыткам, а вышеупомянутый Жиль, обвиняемый, приносил тела упомянутых невинных детей дьяволам, призывал и заклинал злых духов и предавался гнусному содомскому греху с маленькими мальчиками и противоестественно удовлетворял свою похоть с молоденькими девочками, отвергая естественный способ копуляции, когда невинные мальчики и девочки были живы, а иногда и мертвы или даже во время их смертных судорог».

Другие обвинения дополняли перечисленные преступления. В одном говорилось, что Жиль де Рэ приказал «сжечь тела вышеназванных невинных детей и выбросить их в рвы и канавы вокруг упомянутых замков и в выгребные ямы упомянутого замка Ла-Сюэ». В другом утверждалось, что де Рэ якобы предлагал «руку, глаза и сердце одного из упомянутых детей со своей кровью в хрустальном кубке демону Барону в знак уважения и поклонения». В третьем — Рэ подвергался судебному преследованию за хранение и чтение запрещенных книг по магии.

В целом де Рэ был осужден как «еретик, вероотступник, вызыватель демонов…повинный в преступлениях и противоестественных пороках, содомии, богохульстве и осквернении неприкосновенности святой церкви».

13 сентября 1440 года епископ вызвал де Рэ (не оказавшего сопротивления) в суд. Предварительные слушания состоялись 28 сентября, 8, 11 и 13 октября, официальный суд начался 15 октября. Герцог Бретанский Иоанн V санкционировал действовавший одновременно светский суд, начавшийся 17 сентября.

После шести заседаний 19 октября де Рэ был подвергнут пытке, и, чтобы получить необходимые изобличающие показания, его слуги и четыре предполагаемых сообщника были также подвергнуты пытке. В целом было заслушано 110 свидетелей, включая доносчиков.

Показания в гражданском суде связывались с исчезновением детей. Типичным было свидетельство Тома Эйсе:

«Томас Эйсе и его жена, проживающие в Сент-Питергейте, свидетельствуют под присягой, что они жили в Машекуле в течение года и были там на прошлое Рождество. И тогда, поскольку они были бедными людьми, они отправили своего сына, около десяти лет, просить подаяние в замок Машекуль, где тогда находился сир де Рэ, и с того времени не видели вышеназванного ребенка и не имели вестей о нем. За исключением того, что жена вышеназванного Эйсе сказала, что маленькая девочка, чьего имени и происхождения она не знает, сказала ей, что она видела ее сына на раздаче подаяния в вышеназванном замке и что подаяние было сначала роздано девочкам, а затем мальчикам. Эта маленькая девочка сказала, будто она слышала, что один из людей из замка сказал сыну вышеупомянутого Эйсе, что у него нет мяса, но если он придет в упомянутый замок, то получит немного, и после этой беседы он вошел в упомянутый замок».

Двое приближенных барона — Анри Гриар, 26 лет, и Этьен Корилло по прозвищу Пуату, 22 года, дали показания перед обоими трибуналами об участи пропавших детей. Пуату сказал, что он насчитал примерно от 36 до 46 голов мертвых детей и что он видел, как его хозяин «занимался своим противоестественным распутством с упомянутыми детьми, мальчиками и девочками, для чего сначала распутной страстью брал свой член в левую или правую руку и тер его, чтобы он стал прямым и торчащим, затем помещал его между бедрами или ногами упомянутых мальчиков или девочек, не беспокоясь насчет естественного женского вместилища, и с большим удовлетворением, пылом и сладострастным возбуждением терся своим мужским членом об их животы, пока не испускал на них свою сперму».

Перед светским судом Пуату добавил несколько дополнительных деталей, которые, как было заявлено, он дал «без пыток первой или второй степени». Он присягнул, что слышал, как де Рэ говорил, что «после оргазма на животах упомянутых детей, держа их ноги между своими, он получал значительное удовольствие, наблюдая за отделением голов детей от туловища. Иногда он делал надрезы на их шеях, чтобы заставить их умирать медленно, от чего сильно возбуждался, и, пока они истекали кровью до смертельного исхода, иногда мог мастурбировать с ними, а иногда он делал это после того, как они умирали, пока их тела были еще теплыми…Чтобы заглушить крики детей, когда он хотел иметь с ними отношения, он сначала обвязывал веревку вокруг их шеи и подвешивал их на три фута над полом в углу комнаты, и, как раз перед тем, как они умирали, он приказывал снять их, говоря, что они не должны промолвить ни единого словечка, затем возбуждал свой член, держа его в руке, и производил эякуляцию на их животы. Сделав это, он перерезал им горло и отделял их головы от тел. Когда они умирали, он спрашивал иногда, у кого из этих детей была самая красивая голова».