Когда во всей Франции стали издавать наказы населения, которыми руководствовались члены Генеральных штатов, Бабеф принял на себя редактирование наказов жителей города Руа. Они содержали требования уничтожения феодалов, выкупа сеньориальных повинностей, упразднения права первородства, ограничения отцовской власти. Бабеф предложил внести в наказ также требования об отмене всех существовавших налогов и заменить их единым, равномерно распределенным обложением, а также установить систему «национального воспитания».

Народ горячо поддержал идеи Бабефа. Один из жителей Руа в апреле 1790 года назвал Бабефа самым непримиримым врагом откупщиков и их приспешников. Прямо противоположными были отзывы противников Бабефа. В постановлении директории департамента Соммы говорилось: «Бабеф является главным зачинщиком неповиновения законам и упорного сопротивления, которое жители Руа, Перонна и окружающих деревень оказывают временному восстановлению налогов». «Бабеф — вождь мятежников, зачинщик всех беспорядков и восстаний, происходивших в Руа по различным поводам», — жаловался на него мэр Руа.

Ночью 19 мая 1790 года Бабефа арестовали и препроводили в тюрьму Консьержери. Продержали его там около пятидесяти дней и освободили с оговоркой сохранения в силе приказа о взятии его под стражу. Выйти из заключения Бабефу помог Жан Поль Марат, ставший его «официальным защитником, братом и другом». 14 ноября 1790 года Бабефа избрали в генеральный совет коммуны города Руа, но через полтора месяца изгнали оттуда под предлогом, что выборы лица, против которого возбуждено судебное преследование, не могут считаться действительными. В это время Бабефу удалось осуществить свою заветную мечту — он стал редактором газеты «Пикардийский корреспондент». На ее страницах Бабеф высказывал свои взгляды по поводу действий Генеральных штатов, описывал жизнь провинции. По мере того как число подписчиков газеты увеличивалось, улучшалось и материальное положение Бабефа. Но скоро редактору пришлось столкнуться с первыми трудностями. Смелые разоблачения деятелей старого режима восстановили против него много богатых граждан провинции.

Сделали свое черное дело и доносы, клевета. Враги решили сфабриковать против Бабефа дело, обвинив его в контрреволюции. Основанием для этого послужило то, что во время революции появлялись новые названия местностей, а Бабеф, дескать, не хотел признавать новых названий и этим якобы доказывал свою приверженность старому режиму. На все эти вымышленные обвинения Бабефу пришлось отвечать. Но и в такой обстановке редактор не переставал критиковать действия нового правительства. Кары за смелые публикации долго ждать не пришлось — Бабефа снова бросили в тюрьму. Однако ходатайства друзей вновь позволили ему выйти на свободу. В сентябре 1792 года Бабефа назначили администратором департамента Соммы, и он переехал в Амьен. Это было опасное для дела революции время. Юг волновался. Европа с помощью оружия собиралась восстановить в Париже королевскую власть. Многие из подозреваемых гибли на эшафотах. Правители были заняты поиском заговорщиков, шпионов.

Не избежал влияния всеобщей подозрительности и Бабеф. С первых же дней своего вступления в должность он раскрыл крупный заговор, имевший будто бы своей целью впустить союзные войска в Перон.

Тем временем в Париже разгорелась борьба между жирондистами и якобинцами: решалась участь короля. Бабеф поддерживал якобинцев, выступавших за казнь монарха. Он организовал публичное сожжение королевских портретов и гербов. Поведения Бабефа не одобрили даже его сослуживцы. Один из многочисленных врагов обвинил его в подлоге при продаже национальных имуществ. Бабеф отправился в Амьен, чтобы объясниться, но там его схватили и посадили в тюрьму. Вскоре ему удалось обмануть бдительность стражи и бежать из тюрьмы в Париж. Так что процесс происходил без обвиняемого. 23 августа 1793 года Бабефа заочно осудили на двадцатилетнее тюремное заключение в кандалах.

В Париже Бабеф начал хлопотать о том, чтобы оправдаться от обвинения в подлоге и получить должность. С помощью писателя Сильвена Марешаля Бабеф получил сначала место в продовольственной администрации Парижа, потом в продовольственной комиссии Конвента. Сверх того он снова взялся за перо — писал брошюры, «летучие листки», в которых задевал многих влиятельных лиц.

Наказание не заставило себя долго ждать — Бабеф опять оказался в руках полиции. Содержали его в парижской тюрьме. Оттуда он писал массу прошений, жалоб, оправдательных писем. В конце концов эти хлопоты увенчались успехом. Конвент отправил дело Бабефа в кассационный суд, который, в свою очередь, передал дело для разбирательства в суд города Лана. Там было установлено, что обвинение Бабефа не имело под собой никаких оснований.

18 июня 1794 года после годичного тюремного заключения Бабеф вышел на свободу.

Ему удалось снова получить то место, которое он занимал до своего ареста. Однако вскоре, оставив службу, Бабеф занялся исключительно литературным трудом. Он начал издавать в Париже «Газету свободы печати».

К тому времени якобинцы благополучно привели Францию к глубочайшему экономическому кризису, который завершился термидорианским переворотом 28 июля 1794 года. Начался террор термидорианцев. Они разгромили аппарат революционно-демократической диктатуры, лишили Комитет общественного спасения его прежних полномочий и изменили его состав. Вместе с Парижской коммуной ликвидировали народные общества и революционные комитеты. По постановлению Конвента в ноябре 1794 года был закрыт Якобинский клуб. Термидорианцы спешили ликвидировать социально-экономическое законодательство якобинского Конвента, отменили все ограничения, введенные против спекуляции, стали отступать от государственного нормирования цен, отменили закон о «максимуме». Пользуясь этими послаблениями, торговцы и спекулянты сразу подняли цены на все продукты. В стране начался голод, процветали казнокрадство, взяточничество, махинации. Весной 1795 года трудящиеся Парижа дважды поднимали восстание.

Бабеф не сразу смог разобраться в том, что произошло в стране. Он приветствовал «революцию 9 термидора» и осуждал Робеспьера как тирана. Однако вскоре он пересмотрел свою позицию. Новую, очень высокую оценку Робеспьера и революционной диктатуры он высказал в нескольких статьях.

Но наиболее ярко вся перемена его взглядов отражена в одном из частных писем начала 1796 года: «Ныне я… упрекаю себя в том, что некогда чернил и революционное правительство, и Робеспьера, и Сен-Жюста, и других. Я полагаю, что эти люди сами по себе стоили больше, чем все остальные революционеры, вместе взятые, и что их диктаторское правление было дьявольски хорошо задумано». Бабеф подчеркивал: «…робеспьеризм — это демократия, и два эти слова совершенно тождественны… Мы лишь вторые Гракхи французской революции… мы лишь следуем за первыми великодушными защитниками народа, до нас указавшими ту цель справедливости и благоденствия, которой народ должен достигнуть». Провозгласив себя наследником и продолжателем дела Робеспьера, Бабеф в своей «Газете свободы печати» прежде всего принялся отстаивать свободу печатного слова от посягательств администрации. Причем был очень резок в выражениях, что в те времена было редкостью. По сути дела, особого давления на газету после 9 термидора не было, но Бабеф стремился укрепить в сознании общества принципы неограниченной свободы прессы, чтобы застраховать ее от правительственного давления в будущем.

«Выходки» Бабефа раздражали многих, и 13 октября 1794 года комитет общественной безопасности отдал приказ арестовать Бабефа. В тюрьме, где Бабеф находился до осени 1795 года, он работал над «Манифестом плебеев» и усиленно вел агитационную работу. Особенно сблизился он с арестованным гусарским капитаном Жерменом, ставшим впоследствии одним из виднейших организаторов движения бабувистов (последователей Бабефа). В парижской тюрьме Плесси он познакомился с Филиппом Буонарроти, деятелем революционного движения во Франции и Италии, коммунистом-утопистом. Именно в тюрьме сложилось основное ядро будущих участников утопически-коммунистического движения.