Долго полиция находилась в неведении, кого же она арестовала. Помог один из университетских однокашников Каляева. После этого у всех родственников арестованного произвели обыск.

Вначале заключенного держали в Якиманской части, затем перевели в Бутырскую тюрьму — в Пугачевскую башню. Через несколько дней его посетила великая княгиня Елизавета Федоровна, вдова убитою князя Сергея Александровича. Во время свидания она подарила ему иконку.

Каляев взял ее. Вот что писал по этому поводу защитник заключенного:

«Я был чрезвычайно поражен и обратился к Каляеву с вопросом: „Разве вы верующий человек?“ Он ответил: „Я мое дело сделал как мог, но я был и виновником величайшего человеческого горя неповинной женщины, и я чувствовал себя нравственно обязанным облегчить ей ее страдания, насколько это было возможно“».

Суд над Каляевым проходил в Особом присутствии Сената 5 апреля 1905 года в Москве. Дело слушалось при закрытых дверях. В зале находились лишь несколько жандармских офицеров, чинов магистратуры, лиц прокурорского надзора и мать обвиняемого. Она держалась мужественно и не проронила ни одной слезы, даже в тот момент, когда прочли смертный приговор сыну.

Обвинял Каляева И.Г. Щегловитов, ставший позже царским министром юстиции, которого прозвали Ванька-Каин. Защищали подсудимого адвокаты М.Л. Мандельштам и В.А. Жданов. Процесс начался с обычного вопроса: «Подсудимый Иван Каляев, вы получили обвинительный акт?» «Прежде всего фактическая поправка: я не подсудимый, я ваш пленник. Мы — две воюющие стороны. Вы — наемные слуги капитала и императорского правительства, я — народный мститель, социалист-революционер…»

Каляев говорил медленно, твердо, спокойно.

«Я вам запрещаю продолжать», — прервал его председатель. На вопрос: признаете ли вы себя виновным? — Каляев ответил: «Признаю, что смерть великого князя Сергея произошла от моей руки, но виновным себя в этом не признаю по мотивам нравственного содержания».

Когда Каляеву дали слово, он сказал, что суд, который его судит, не может считаться действительным, ибо судьи являются представителями того правительства, против которого борется партия социал-революционеров. Единственно праведным судом может быть суд народный, суд истории. Не он один, Каляев, а вся Россия борется сейчас против самодержавия. Стачки, демонстрации, аграрные беспорядки, вооруженные сопротивления и народные восстания увенчаются успехом. Он верит в это, видит грядущую свободу России и гордо умирает за нее. После прений сторон и последнего слова подсудимого был зачитан приговор.

Каляева признали виновным. По совокупности решение гласило: подвергнуть Ивана Платоновича Каляева, по лишении всех прав состояния, смертной казни через повешение.

«Я счастлив вашим приговором, — сказал Каляев судьям. — Надеюсь, что вы решитесь исполнить его надо мной так же открыто и всенародно, как я исполнил приговор партии социал-революционеров. Учитесь смотреть прямо в глаза надвигающейся революции».

Прошение о помиловании Каляев подавать не стал. «Помилование я считал бы позором», — писал он в одном из писем товарищам.

«Из рук убийцы рабочих 9 января я не приму жизни», — писал он уже царю. После приговора Каляев подал кассационную жалобу. Он заявил, что убил великого князя Сергея Александровича не как дядю императора, а за его вину перед народом. А в приговоре был сделан упор именно на «дядю императора».

С этим приговоренный не хотел соглашаться.

В одном из последних писем к матери Каляев писал: «…Состояние моего духа неизменно! Я счастлив сознанием, что поступил так, как этого требовал мой долг. Я сохранил в чистоте мою совесть и не нарушил целости моих убеждений. Вы знаете хорошо, что у меня не было личной жизни для себя, и если я и страдал в жизни, то лишь страданиями других. Было бы смешно заботиться мне о сохранении жизни теперь, когда я так счастлив своим концом. Я отказался от помилования, и Вы знаете почему. Не потому, конечно, что я расточил все свои силы телесные и душевные — напротив, я сберег все, что мне дала жизнь, ради моего конечного торжества в смерти…» После суда петербургский защитник Каляева встретился с подзащитным. «Он вышел ко мне совершенно спокойный, бодрый, в шляпе с воткнутой зеленой травой, — описывал защитник встречу. — Я спросил, что обозначает зеленая трава?.. — „Помните, — отвечал Каляев, — в начале романа Толстого 'Воскресение' говорится: как люди ни старались убить весну, как ни старались вырвать зеленую траву между камнями на площади перед тюрьмой, — а весна была весною, и трава зеленела даже около тюрьмы… Так и здесь, в Петропавловской крепости. Представьте себе, даже здесь трава пробивается между камнями…“»

9 мая 1905 года Каляева привезли на полицейском пароходе в Шлиссельбург — мрачную крепость, овеянную печальными легендами. Его поместили в камеру под надзор двух тюремных жандармов.

Каляев попросил себе бумаги, перо, табаку и спичек. Он долго писал, не отрываясь, часто рвал исписанные листки и вновь писал. Узник будто спешил до своей казни сказать кому-то последнее слово, боясь, что не успеет. Кончив писать, он прилег на кровать, накрылся одеялом. Его знобило. «Не думайте, что я дрожу от страха, — обратился он к караулившим его жандармам, — мне просто холодно, и я попросил бы дать мне второе одеяло». Его желание исполнили.

Почти весь день 9 мая Каляев писал, но затем все зачеркнул, оставив только слова, произнесенные Петром I перед Полтавской битвой: «А о Петре ведайте, недорога ему жизнь, была бы счастлива Россия».

В 9 часов вечера в камеру в сопровождении смотрителя Шлиссельбургской тюрьмы вошел прокурор. Он объявил: казнь будет ночью. Ни один мускул не дрогнул на лице осужденного. Прокурор подал ему для подписи прошение о помиловании. Каляев решительно отказался подписать Прокурор вышел, однако вскоре снова появился в камере и стал упрашивать заключенного подписать прошение. Восемь попыток сделал прокурор и каждый раз слышал от Каляева категоричное: «Нет!» Всю ночь Каляев не раздевался и не ложился спать. А в это время во дворе тюрьмы строили эшафот. Строили торопливо, чтобы успеть до рассвета. Стук топоров доносился до слуха обреченного.

Когда в камеру вошел священник, Каляев сказал ему, что он обрядов не признает, что он уже совершенно приготовил себя к смерти и в жизни со всем покончил, однако в пришедшем к нему священнике чувствует доброго человека. «А потому, — заключил Каляев, — дайте мне вас, просто как человека, поцеловать». Они поцеловались, и священник ушел.

На эшафот Каляев поднимался с гордо поднятой головой, твердым, уверенным шагом. Крест целовать отказался. Подошел палач, накинул на него саван, помог подняться на табурет, накинул на шею петлю и отбросил ногой табурет. Тело повисло в воздухе. Палач был пьян и накинул петлю кое-как, тело начало биться в судорогах. Сцена была настолько жуткой, что начальник штаба корпуса жандармов барон Медем зарычал на палача: «Я тебя, каналья, прикажу расстрелять, если сейчас не прекратишь страданий осужденного!»

Через полчаса палач вынул из петли повешенного и положил его на эшафот.

Крепостной врач обнажил покойному грудь, послушал, пощупал пульс: сердце Каляева не билось…

Солдаты уложили тело в деревянный ящик, снесли и закопали его за крепостной стеной — между валом, окаймляющим крепость со стороны озера, и Королевской башней. Здесь было место захоронения всех казненных в крепости в 80-х годах прошлого столетия.

Кто-то сказал, что революции делают герои, а плодами их пользуются проходимцы — очень точное замечание.