Но тот проигнорировал приказ, заявив: «Я взял обязательство довести Северный поход до успешного конца». Чан Кайши теперь обладал огромной реальной военной силой, так как в число приверженцев боевого генерала вошли бывшие китайские военачальники-милитаристы циньского правительства.
31 июля и 1 августа 1926 года полки двух корпусов НРА, находившиеся под командованием коммунистов, выполняя инструкции КПК, разоружили гоминьдановские воинские части в городе Наньчане. День 1 августа 1926 года стал днём рождения китайской Красной армии. Восставшие пять дней контролировали Наньчан, но под натиском чанкайшистских войск вынуждены были отступить и у морского побережья рассеялись, за исключением немногочисленного отряда под командованием Чжу Дэ, который укрылся в горах на западе провинции Цзянси. Это и явилось подлинным началом 22-летней гражданской войны в Китае.
В 1927 году, 12 апреля, генерал Чан Кайши захватил власть, сосредоточив в своих руках посты председателя Центрального исполнительного совета Гоминьдана, президента Китайской республики, главнокомандующего всеми её вооружёнными силами. Он на правах президента присвоил себе воинское звание генералиссимуса. Резиденцией правительств Чан Кайши стал город Нанкин. Его жена Сун Цинмен была введена в президиум Антиимпериалистической лиги. Рядом с нанкинскими крепостными стенами началось строительство огромного мавзолея для основателя Гоминьдана Сунь Ятсена.
Генералиссимус Чан Кайши заявил о решимости завершить Северный поход. Ему противостояли военачальники-милитаристы, захватившие власть в тех провинциях, где расквартировывались подчинённые им войска. Наиболее крупным из них был маршал Чжан Цзолинь, военный правитель Маньчжурии и Северо-Восточного Китая. Армия Чан Кайши начала успешное наступление через Хэфэй (провинция Аньхой) и Сюйчжоу (провинция Цзянсу) на войска милитариста Сунь Чуаньфана.
В июне 1927 года Чан Кайши получает сильного союзника в лице «христианского генерала» Фэй Юйсяня из провинции Шаньси. Летом этого же года из страны высылаются советские политические и военные советники. В августе — сентябре гоминьдановцы подавляют силой оружия «восстание осеннего урожая» в провинции Хунань под руководством Мао Цзэдуна. Тот бежит в горы западной части провинции Цзянси, где к нему вскоре присоединяется отряд Чжу Дэ.
8 августа 1927 года Чан Кайши неожиданно подаёт в отставку и отбывает в Японию. Оттуда он возвращается в Китай 6 января следующего года. Благодаря такому тактическому ходу ликвидируется раскол в Гоминьдане. Чан Кайши снова назначается главнокомандующим национальной армией и председателем Центрального исполнительного комитета Гоминьдана. Он приказывает продолжить Северный поход, чтобы объединить страну.
К гоминьдановцам присоединяется военный правитель провинции Шаньси Ень Сишань, и они объединёнными силами (700 тысяч человек) форсируют реку Хуанхэ и захватывают 4 июня 1828 года город Пекин. Полумиллионная армия милитаристов Северного Китая терпит поражение. Маршал Чжан Цзолинь отступает в Маньчжурию. Около Мукдена его личный поезд взрывают японцы. Военным правителем Маньчжурии становится его сын — «молодой маршал» Чжан Сюэлян, с которым гоминьдановцы налаживают отношения.
В 1828 году становится ясно, что гоминьдановскому Китаю грозит война с Японией. В мае в шандуньском городе Цзинани произошли первые военные столкновения между чанкайшистскими и японскими войсками. Через год большая часть провинции Шаньдун оказалась в руках японцев, которые после переговоров с правительством Китая вывели оттуда большую часть своих войск.
К осени 1828 года под командованием генералиссимуса Чан Кайши находилась почти двухмиллионная армия. Он предпринимает наступление на «советские районы», где укрепились войска Коммунистической партии. Против баз КПК в провинции Цзянси гоминьдановские войска совершили пять рейдов. Первых два закончились неудачей из-за активности партизан, третий и четвёртый — из-за действий японцев.
Пятый рейд был успешным: он планировался группой германских военных советников во главе с генералом Гансом фон Сектом, недавно ушедшим в отставку с поста начальника Генерального штаба Германии. Наступление чанкайшистских войск велось по сходящимся направлениям с использованием полевых укреплений и сети блокгаузов. Китайская Красная армия несла тяжёлые потери и, оставив «советский район» в провинции Цзянси, пробивалась на север, к монгольской границе.
19 сентября 1931 года мукденский (шэньянский) инцидент положил начало войне Китая с Японией. Две роты японских солдат проводили близ города Мукдена «ночные учения», и китайские полицейские открыли огонь. После этого батарея японских тяжёлых орудий разрушила казармы полицейских, и город Мукден с арсеналом и окрестностями оказался в руках императорской Квантунской армии. Начались бои, и к февралю 1932 года японцы захватили всю Маньчжурию, выбив оттуда китайские войска.
26 января 1932 года морская пехота японского адмирала Седзава высаживается в Шанхае. В считанные дни там оказывается около 70 тысяч японских войск. Китайская 19-я походная армия почти месяц оказывает интервентам упорное сопротивление. Но в конце концов гоминьдановские власти идут на уступки в переговорах с японской стороной. 18 февраля 1932 года провозглашается независимость государства Маньчжоу-Го под протекторатом Японии. На престол марионеточной страны японцы возводят бывшего китайского императора Генри Пу И.
Генералиссимус Чан Кайши после заключения зыбкого перемирия с Японией объявил войну китайской Красной армии. Он создал организацию «синерубашечников», которые по всей стране поддерживали культ личности главы Гоминьдана. «Синерубашечники» начали проводить «чистки» в гоминьдановской армии, в результате которых возрос авторитет КПК, а не Чан Кайши.
Летом 1936 года Чан Кайши возобновил «кампанию по борьбе с бандитами» — китайской Красной армии в провинции Шэньси. Однако действия 150-тысячной армии «молодого маршала» Чжана Сюэляна успеха не имели. 7 июля 1937 года японские войска проводили «ночные манёвры» на мосту Лугоуцяо (или иначе на мосту Марко Поло). Дело кончилось артиллерийской перестрелкой. Так Япония начала Вторую мировую войну в Азии. В июле японские войска развернули наступление в Северо-Восточном Китае. В августе японцы высадили десант под Шанхаем, но из-за сильного сопротивления гоминьдановских войск смогли взять город при помощи флота только через два месяца.
Чан Кайши к началу войны с Японией имел 1900 тысяч плохо обученных и плохо экипированных солдат и офицеров, 500 самолётов, 70 танков, тысячу орудий разного калибра, 10 давно устаревших крейсеров, 15 сторожевых и торпедных катеров. Обученные резервы отсутствовали. Китайская промышленность не была готова к войне. В борьбе с японцами Чан Кайши номинально поддерживала КПК, которая имела в советском пограничном районе партизанскую армию приблизительно в 150 тысяч человек. Из 45 тысяч этих партизан гоминьдановское правительство сформировало 8-ю походную армию под командованием Чжу Дэ.
Для боевых действий в Китае Япония выделила 12 дивизий, насчитывавших 240-300 тысяч человек, около 1300 самолётов, около тысячи танков и бронемашин, 1,5 тысячи орудий. Оперативный резерв составляла часть Квантунской армии. Действия сухопутных сил поддерживал военно-морской флот. Японскими экспедиционными силами в Китае командовал С. Хата.
Наступающие японские войска овладели Пекином и территорией к северу от реки Хуанхэ. Нанкинское правительство обратилось за помощью к СССР, и 21 августа 1937 года стороны заключили между собой договор о ненападении. В Китай пошла советская военная помощь, ему были предоставлены значительные кредиты. К середине февраля 1939 года в Китае работали и принимали участие в боевых действиях 3665 советских военных специалистов.
В декабре 1937 года японцы, наступавшие из Шанхая, захватили гоминьдановскую столицу Нанкин. В ожесточённых боях за неё китайская армия потеряла почти все свои танки и самолёты, большую часть артиллерии и военно-морского флота. Чан Кайши перенёс столицу западнее, в город Ханькоу. К середине 1939 года ему удалось восстановить свои военные силы, доведя армию до 3 миллионов человек. В сражении при Тайэрчжуане китайцы нанесли поражение противнику. Затем японцы не смогли захватить важный железнодорожный узел Чжэнчжоу. После захвата ими города Ханькоу генералиссимус Чан Кайши ещё раз перенёс столицу на запад — на сей раз в Чунцин.