Еще довольно продолжительное время после посещения Павзания, вплоть до византийского периода, А. пользовались сравнительно цветущим благосостоянием. Несмотря на многочисленные эдикты, преимущественно Феодосия I и его преемников, направленные против язычества, А. все еще оставались средоточием античного образования, пользовались покровительством императоров, хотя последние и вывозили оттуда некоторые художественные произведения для украшения новой столицы империи — Византии, и даже во время нашествий варваров, как напр. готов и герулов (207 по Р. Х.), А. пострадали сравнительно немного. Лишь в VI ст. по Р. Х., когда император Юстиниан и окончательно велел закрыть школы, в которых до тех пор преподавалась риторика и языческая философия, значение А. пало и они превратились в провинциальный византийский город; храмы были отчасти разрушены, отчасти же превращены в христ. церкви, хотя в числе его епископов и (857) архиепископов насчитывалось несколько ученых, пользовавшихся высоким уважением современников. Во время господства в Греции франков (с 1205) А. сделались столицей герцогства того же имени; герцогство это, кроме Аттики и Виотии, состояло еще из нескольких полос в Фокиде и юж. Фессалии и сначала находилось во владении бургундской фамилии де-ла-Рош, от которой оно в 1308 г. по наследству перешло к сводному брату последнего герцога, Вальтеру де Бриенн. Насколько можно судить по сохранившимся от того времени остаткам стен, хотя может быть они принадлежат еще к эпохе Юстиниана, пространство занимаемое тогда А. значительно сузилось и ограничилось почти одною только местностью вокруг северн. и вост. подножия крепостного холма. После этого город и герцогство перешло в руки каталон. наемников; убивших Вальтера в битве при Кефиссе, в 1311 г.; некоторое время спустя, они отдали герцогство под верховную власть арагонских королей Сицилии, управлявших им через своих наместников в А. В 1385 г. герцогство было завоевано флорентийцем Нерио Аччиажуоли (Райнерио I), семейство которого владело им до 1458 г., когда Мохаммед II присоединил А. к Турции. Парфенон, со времени Юстиниана и служивший христ. храмом св. Марии, был обращен в 1460 г. в мечеть. Пристроенный к Пропилеям во время господства франков рыцарский замок обращен в турецкие казармы. Последний остаток его, колоссальная бургунд. башня на южном его крыле, снесен только в последнее время.
Эпоха тур. господства, в продолжение кот. А. были причислены к Негропонтскому (Эвбейскому) пашалыку и управлялись турец. воеводами, подвластными паше, была временем глубокого упадка этого города. А. представляли в это время маленький провинциальный городок в 6 — 8000 жит., которые, за исключением турок (в руках последних находилась почти вся поземельная собственность) были отчасти греческого, отчасти албанского происхождения. Раскинутый на большом пространстве, с узкими и кривыми улицами, без стен (лишь в 1776 г. была воздвигнута вокруг города стена с выступающими башнями, но в 1835 г. она опять была уничтожена), город служил верным отражением упадка всей греч. нации. Архитектурные и художественные памятники древности, благодаря презрению к ним турок и тупому равнодушно греков, приходили все более и более в упадок и отчасти даже были насильственно разрушены. Так напр., сломан был турками изящный храм Афины-Победительницы для постройки бастиона перед Пропилеями (1687). Во время осады А. венецианцами, под предвод. Морозини в 1687, Пантеон был сильно поврежден бомбой, а в начале XIX в. лорд Эльджин, брит. посол при дворе Порты, лишил город значительной части его скульптурных украшений (1801 — 3). Хорагический памятник Фразилла и маленький храм в ионич. стиле на берегу Иллиса, превращенный впоследствии в церковь, были разрушены во второй половине XVIII ст. самими греками. К счастью, еще до наступления этой эпохи разрушений, в зап. Европе опять появился интерес к афинским древностям, что побудило нескольких ученых и художников разыскать сохранившиеся остатки этих памятников и познакомить с ними публику с помощью описаний и рисунков. Так напр., маркиз де Нуантель, франц. посланник при турец. дворе, поручил в 1674, находившемуся в его свите, живописцу Жаку Каррею снять рисунки с множества интереснейших памятников А., именно со скульптурных работ Парфенона. В следующем году в А. прибыли путешественники Жак Спон и Джорж Велер (Wheler), опубликовавшие потом в своих сочинениях отчеты о местных памятниках древности. Но особенные заслуги в этом деле принадлежат англ. архитекторам Стюарту и Реветту, которые в 1751 — 54 гг. тщательно измерили и сняли чертежи со всех еще существовавших тогда в А. античных памятников и опубликовали их в сочинении: «Antiquities of Athens» (4 т., Лондон, 1762 — 1818).
Война за независимость Греции сопровождалась еще большим опустошением города А. 21 июня 1822 г., после долгой осады, крепость перешла в руки греков, но 15 авг. 1826 г. город снова был взят турками. В акрополе горсть храбрецов почти в течение целого года еще оказывала сопротивление, но 5 июня 1827 г. и этот последний оплот греч. свободы должен был сдаться неприятелю. Большая часть греч. населения оставила тогда город, превратившийся почти в груду развалин, и лишь по окончании войны (1829), особенно, когда, благодаря Лондонской конференции (3 февр. 1830), Аттика вошла в состав новообразовавшегося Греч. государства, большинство оставивших город жителей снова вернулись в него и построили себе деревянные или глиняные хинины среди кучи развалин. Скоро появились переселенцы из других частей Греции, также как иностранцы из различных стран зап. Европы. Но даже по вступлении на престол короля Оттона (1833), А. в общем представляли еще груду развалин. Однако, перенесение сюда столицы и резиденции Греч. королевства (25 дек. 1834) в течение нескольких лет поразительно изменили вид города.
Эти новые Афины, назыв. новогреками Athina, расположены к С. и В. от акрополя и тянутся по направленно к Ликабетту, Патиссии и старой академии. Улицы большей частью прямые и широкие. Значительнейшее здание города — это, выстроенный Фридрихом фон Гертнером на вост. стороне его, обширный королевский дворец, с фасадом из пентелийского мрамора. Кроме дворца, заслуживают еще упоминания: здание университета (заложенное 14 июля 1839 г. и содержащее в себе университетскую и национальную библиотеку с 95000 т. и собрание монет), в сев.вост. части города, здание парламента с библиотекой в 35000 т.; обсерватория, расположенная к З. от города на так наз. холме Нимф и академия, великолепная постройка из пентелийского мрамора по плану архитектора Ганзена. За исключением большого и прекрасного сада за королевским дворцом, устройство которого, главным образом, составляет заслугу королевы Амалии, город довольно беден садами и деревьями. Из учреждений, имеющих целью содействие наукам и искусствам, кроме низших и средних школ, из которых особенно замечателен, названный по имени своего учредителя Арсакиона, девичий институт, в А. имеются: основанный в 1836 году университет, насчитывающий до 60 профессоров, 33 доцентов и 1995 студентов с принадлежащим к нему физиографическим и зоологическим музеем и ботаническим садом (по дороге в Элевзис), политехникум, далее, 4 гимназии, духовное училище (так назыв. школа Рицари), семинария для школьных учителей, археологическое общество, предпринявшее уже массу раскопок, городская клиника, лечебница для глазных болезней, основанный и содержимый на счет франц. правительства институт для содействия молодым франц. ученым в их археологических и топографических исследованиях Греции (так назыв. Ecole francaise), основанный в 1874 с этой же целью императ. немецкие археологич. институт, археологич. музей, 1 зимний и 3 летних театра. Из благотворительных учреждений в А. особенно замечательны два сиротских дома, воспитательный дом и богадельня. Городскими делами заведует демарх вместе с выборным общинным советом. В торговом отношении значение А. в последнее время значительно поднялось, хотя все еще не может сравняться с некоторыми другими греч. городами, напр. с Патрасом и Сирой (Гермуплис); промышленность незначительна. Населенно города, которое в 1834 г., когда А. сделались резиденцией, простиралось приблизительно лишь до 4000 жит., в 1884 г. равнялось уже 84903. С портовым городом Пиреем (21618 ж.) А. с 1869 г. соединены железной дорогой, длиною в 12 км., а в 1884г. Пирей-Патрасской ж. д. также с г. Элевзис.