Во время войн 1654 — 1658 гг. царь часто отсутствовал из Москвы, находился следовательно вдали от Никона и присутствием своим не сдерживал властолюбия патриарха. Возвратившись из походов, он стал тяготиться его влиянием. Враги Никона воспользовались охлаждением к нему царя и непочтительно стали относиться к патриарху. Горделивая душа архипастыря не могла снести обиды; 10 июля 1658 года он отказался от своего сана и уехал в Воскресенский монастырь. Государь, однако, не скоро решился покончить с этим делом. Лишь в 1666 году на духовном соборе, под председательством Александрийского и Антиохийского патриархов, Никон лишен архиерейского сана и заточен в Белозерский Ферапонтов монастырь. В тот же период войн (1654 — 1667 гг.) царь Алексей лично побывал в Витебске, Полоцке, Могилеве, Ковно, Гродно, особенно в Вильне и здесь ознакомился с новым образом жизни; по возвращении в Москву он сделал перемены в придворной обстановке. Внутри дворца появились обои (золотые кожи) и мебель на немецкий и польский образец. Снаружи резьба не производилась лишь на поверхности дерева по русскому обычаю, а стала фигурной, во вкусе рококо.

Едва успела стихнуть война с Польшей, как правительство должно было обратить внимание на новые внутренние беспорядки, на Соловецкое возмущение и бунт Разина. С падением Никона не уничтожено было главное его нововведение: исправление церковных книг. Многие священники и монастыри не согласились принять эти новшества. Особенно упорное сопротивление оказал Соловецкий монастырь; осажденный с 1668 года, он взят был воеводой Мещериновым 22 января 1676 г.; мятежники были перевешаны. В тоже время на юге поднял бунт донской казак Степан Разин. Ограбивши караван гостя Шорина в 1667 г., Разин двинулся на Яик, взял Яицкий городок, грабил персидские суда, но в Астрахани принес повинную. В мае 1670 года он снова отправился на Волгу, взял Царицын, Черный Яр, Астрахань, Саратов, Самару и поднял Черемису, Чувашей, Мордву, Татар, но под Симбирском разбит был Кн. Ю. Барятинским, бежал на Дон и, выданный атаманом Корнилом Яковлевым, казнен в Москве 6 июня 1671 года. Вскоре после казни Разина началась война с Турцией из за Малороссии. Брюховецкий изменил Москве, но и сам был убит приверженцами Дорошенки. Последний стал гетманом обеих сторон Днепра, хотя управление левой стороной поручил наказному гетману Многогрешному. Многогрешный избран был в гетманы на раде в Глухове (в марте 1669 г.), снова перешел на сторону Москвы, но свергнут старшинами и сослан в Сибирь. На его место в июне 1672 г. избран Иван Самойлович. Между тем турецкий Султан Магомет IV, которому поддался Дорошенко, не хотел отказаться и от левобережной Украины. Началась война, в которой прославился польский король Ян Собесский, бывший коронным гетманом. Война окончилась 20-тилетним миром лишь в 1681 году.

Из внутренних распоряжений при царе Алексее замечательны: запрещение (в 1648 г.) беломестцам (монастырям и лицам, находившимся на государственной, военной или гражданской службе) владеть черными, тяглыми землями и промышленными, торговыми заведениями (лавками и проч.) на посаде, окончательное прикрепление тяглых классов, крестьян и посадских людей, к месту жительства; переход воспрещен был в 1648 г. не только крестьянам-хозяевам, но и детям их, братьям и племянникам. Основаны новые центральные учреждения, каковы приказы: Тайных дел (не позже 1658 г.), Хлебный (не позже 1663 г.), Рейтарский (с 1651 г.), Счетных дел (упом. с 1657 г.), занятый проверкой прихода, расхода и остатков денежных сумм, Малороссийский (упом. с 1649 г.), Литовский (1656 — 1667), Монастырский (1648 — 1677). В финансовом отношении сделано также несколько преобразований: в 1646 и след. годах совершена перепись тяглых дворов с их совершеннолетним и несовершеннолетним населением мужского пола, сделана неудачная вышеуказанная попытка введения новой соляной пошлины; указом от 30 апр. 1654 г. запрещено было взимать мелкие таможенные пошлины (мыт, проезжие пошлины и годовщину) или отдавать их на откуп, и велено было зачислить в рублевые пошлины, взимаемые в таможнях; в начале 1656 г. (не позже 3-го марта), ввиду недостатка денежных средств, выпущены медные деньги. Вскоре (с 1658 г.) медный рубль стал цениться в 10, 12, а в 60-х годах даже в 20 и 25 раз дешевле серебряного; наступившая вследствие этого страшная дороговизна вызвала народный мятеж 25 июля 1662 года. Мятеж усмирен обещанием царя наказать виновных и высылкою стрелецкого войска против мятежников. Указом от 19 июня 1667 г. велено было приступить к постройке кораблей в селе Дединове на Оке; впрочем выстроенный тогда же корабль сгорел в Астрахани. В области законодательства: составлено и издано Уложение (печаталось в 1-й раз 7 — 20 мая 1649 г.), и пополняющие его в некоторых отношениях: Новоторговый устав 1667 г., Новоуказные статьи о разбойных и убийственных делах 1669 г., Новоуказные статьи о поместьях 1676 г. При царе Алексее продолжалось колонизационное движение в Сибирь. Прославились в этом отношении: А. Булыгин, О. Степанов, Е. Хабаров и другие. Основаны Нерчинск (1658 г.), Иркутск (1659 г.), Селенгинск (1666 г.).

В последние годы правления царя Алексея при дворе особенно возвысился А. С. Матвеев. Через два года по смерти М. И. Милославской (4 марта 1669 г.), царь женился на его родственнице, Наталье Кирилловне Нарышкиной, 22 янв. 1671 г. Матвеев, поклонник западноевропейских обычаев, давал театральные представления, на которые ходил не только сам царь, но и царица, царевичи и царевны, (напр. 2 ноября 1672 г. в селе Преображенском). 1-го сентября 1674 г. царь «объявил» сына своего Федора народу, как наследника престола, а под 30 января 1676 г. умер, 47 лет от роду.

Царь Алексей от М. И. Милославской имел детей: Дмитрия (р. 1649 окт., ум. 1651 окт.), Евдокию (р. 1650 фев., ум. 1712 март), Марфу (1652 авг. ум. 1707 июль), Алексея (р. 1654 февр., ум. 1670 янв.), Анну (р. 1655 янв., ум. 1659 май), Софью (р. 1657 сент., ум. 1704 июль), Екатерину (1658 нояб., ум. 1718 май), Maрию (1660 янв., ум. 1723 март), Федора (1661 май, ум. 1682 апр.), Феодосию (1662 май, ум. 1713 дек.), Симеона (1665 апр., ум. 1669 июнь), Ивана (1666 авг., ум. 1696 янв.), Евдокию (1669 фев., ум. 1669 фев.), От Н. К. Нарышкиной царь имел детей: Петра (р. 1672 мая 30, ум. 1725 г. янв. 28), Наталью (1673 авг., ум. 1716 июнь), Федора (1674 сент., ум. 1678 нояб.).

Важнейшие сочинения по истории царствования царя Алексея: С. Соловьев, «Истор. России», т. X, XI и ХII; В. Берх, «Царствование Алексея Михайловича» (Спб., 1831 г.); И. Забелин , «Царь Алексей Михайлович» (в «Опытах изучения русских древ. и истор.» т. I, стр. 203 — 281; тоже в «Отеч. Зап.», т. 110, стр. 825 — 378); М. Хмыров, «Царь Алексей Мих. и его время» (в «Древ. и Нов. России», т. III, 1875 г.); С. Платонов, «Царь Алексей Мих.» (в «Истор. Вест.» 1886 г., май, стр. 265 — 275).

Алексей Петрович, царевич — старший сын Петра Великого от первого его брака с Е. Ф. Лопухиной, род. 18 февр. 1690 г., ум. 26 июня 1718 г. Царевич Алексей первые годы своей жизни оставался на попечении бабушки, Натальи Кирилловны и матери, Евдокии Федоровны; отец его слишком занят был кипучею общественною деятельностью, от которой отдыха не у семейного очага, а на воинских потехах или в немецкой слободе. По смерти Натальи Кирилловны (в 1694 г.) в жизни царевича главное место заняла мать его, что имело влияние на те дружеские отношения, в каких он находился к ней и в позднейшее время. Шести лет царевич Алексей стал учиться грамоте по часослову и букварю у Никифора Вяземского, человека простого и малообразованного, знакомился также с «естеством письмен, ударением гласа и препинанием словес» по грамматике Кариона Истомина. В сентябре 1698 года, по заточении царицы Евдокии в Суздальский монастырь, царевич лишился материнского присмотра и перевезен к тетке, Наталье Алексеевне, в село Преображенское. Здесь, однако, под руководством учителя своего Н. Вяземского и воспитателей Нарышкиных (Алексея и Василия) он мало чем занимался, за исключением разве «избных забав» и «больше учился ханжить». Его окружали в это время Нарышкины (Василий и Михаил Григорьевича, Алексей и Иван Ивановичи) и Вяземские (Никифор, Сергей, Лев, Петр, Андрей). Дурное влияние на него имели его духовник, верхоспасский поп, потом протопоп Яков Игнатьев, благовещенский ключарь Алексий, поп Леонтий Меньшиков, который заведуя воспитанием царевича, сознательно небрежно относился к делу, с целью дискредитировать Алексея Петровича в глазах царя. Царь, однако, решил было (в 1699 г.). отправит сына в Дрезден для обучения наукам, но вскоре (быть может под влиянием смерти генерала Карловича, которому предполагалось поручить это обучение) изменил свое решение. В наставники царевичу приглашен был Саксонец Нейгебауер, бывший студент Лейпцигского университета. Он не сумел привязать к себе царевича, ссорился с прежними его учителями и досаждал Меньшикову, а поэтому в июле 1702 г. потерял должность. В следующем году место его занял Гюйссен, человек льстивый, не желавший принять на себя ответственности в возложенном на него поручении, а потому и мало достоверный в своих рассказах о царевиче. Но и Гюйссен, очевидно, не слишком заботился об успешном воспитании Алексея Петровича, так как и после отъезда Гюйссена в 1705 г. царевич Алексей все еще продолжал учиться. В 1708 г. Н. Вяземский доносил, что царевич занимается языками немецким и французским, изучает «четыре части цифири», твердит склонения и падежи, пишет атлас и читает историю.