Директивой ГШ ВС СССР №312/2/021 от 14.01.1984 года отряд был направлен в Афганистан для выполнения боевых задач на его территории. Отряд тремя эшелонами прибыл в г. Кушку по железной дороге, а 10.02.84 г. пересек государственную границу с ДРА, прибыв своим ходом 14.02.84 г. к новому месту постоянной дислокации г. Кандагар. Здесь отряд получил месяц на обустройство, акклиматизацию и изучение местных особенностей этой войны. Это время прошло в напряженной работе и боевой учебе, каждый понимал, что здесь все «по-взрослому». Повысилась дисциплина личного состава и без того высокая по союзным меркам. В подготовке к боевым действиям отряду помогали капитаны Турунтаев и Иванов, офицеры уже отвоевавшие в Афганистане. Из кабульской роты спецназ армейского подчинения прибыл старший лейтенант Кривчиков со своей группой для практического натаскивания командиров групп отряда. Обустроившись, приступил к выполнению боевых задач в зоне ответственности «ЮГ». Не обошлось и без курьезов. Как говорится, у семи нянек дитя без глазу. Несмотря на плотную опеку высокого начальства и постоянные проверки хода боевой подготовки в течение этого месяца, был допущен серьезный просчет. Уделив основное внимание боевым подразделениям практически забыли про «нерв армии» — группу связи, которая согласно штата мотострелкового батальона была укомплектована средствами связи, не позволяющими работать на большие расстояния. Однако, выполняя первую же боевую задачу, 1-я и 2-я группы первой роты действовали на удалении 260-270 километров от пункта постоянной дислокации. Для обмена опытом и обеспечения связи с Центром в группы были приданы заместители командиров групп — прапорщики — и радисты с радиостанциями Р-254 из кабульской роты. Незнание начальником связи отряда правил спецрадиосвязи сыграло злую шутку. Он разработал одну программу связи на две группы, а это означает, что обе группы будут работать в одно и то же время на одной и той же частоте и с одним и тем же позывным. В этой ситуации Центр никогда не догадается с кем именно с настоящий момент он связывается. Так и произошло. Когда командир РГ №312 обнаружил, что его десантировали с ошибкой 12 километров, он сообщил об этом в Центр и запросил разрешения на перемещение, но вместо него указание на перемещение получил командир 311-й группы, который выполнив распоряжение Центра, оказался среди барханов пустыни Регистан вдали от караванных маршрутов. Когда в его группе кончилась вода, он попросил ее доставить, но воду привезли 312-й группе, которая особой нужды в ней не испытывала, и приказали оставаться на месте. Нет необходимости рассказывать обо всех последствиях этого просчета, скажу лишь, что все обошлось без жертв. Как и положено, первый блин получился комом, но на своих ошибках учатся быстрее и в последующем буквально с первых выходов отряд доказал, что по праву считался одним из наиболее боеготовых подразделений округа, начав свою боевую историю крупным результатом. В ночь с 13 на 14 апреля 1984 года РГСпН №312 под командованием лейтенанта С. Козлова, переодевшись в афганскую национальную одежду, провела засаду на караванном маршруте мятежников в районе отметки 1379 и уничтожила 4 автомобиля «Симург», 47 мятежников, захватила автомобиль «Симург», большое количество оружия, боеприпасов, а также ценные документы. Ведя в течение пяти часов бой в окружении с превосходящим по численности противником без поддержки авиации группа потерь не имела. В течение долгого времени этот результат был рекордным в 40 ОА.
В мае 1984 года произошла реорганизация. В ротах специального назначения была упразднена должность заместителя командира группы — прапорщика, так как редкие представители этой категории в основном также набранные из пехоты перед вводом отряда в Афган, соответствовали этой непростой должности. Но была введена должность переводчика роты со штатной категорией «старший лейтенант». 4-я и 5-я роты были расформированы, из их личного состава в 1, 2, 3 ротах были сформированы 4 группы оружия. В 1-ю роту добавили три БМП-2, а в последующем ими полностью заменили БМП-1. 2-я и 3-я роты «пересели» на БТР-70. Группа минирования стала отдельной. В 1985 году в штат отряда был введен инженерно-саперный взвод, и на базе его и группы минирования была развернута 4-я рота.
В ходе боевых действий отряд приобретал все больший опыт и в течение всего времени нахождения в Афганистане занимал лидирующие места в 40 ОА по результативности, неся, в то же время, незначительные, по сравнению с другими частями, потери.
Так, в ночь с 20 на 21 сентября 1985 года РГСпН №333 под командованием старшего лейтенанта С. Кривенко, проведя засаду на дороге н. п. Шерджанака — г. Кандагар уничтожила автомобиль и ехавших в нем четырех американских советников с охраной. Это стало ясно из захваченных документов одного из них — Чарльза Торнтона.
Весной 1985 года с вводом в ДРА двух отдельных отрядов СпН и штаба 22 обрСпН 173 ооСпН вошел в ее состав.
Не прекращая засадных действий, отряд искал новые формы борьбы с моджахедами, в 1986 году провел ряд эффективных налетов на крупные базовые районы мятежников, такие как «Горы Хадигар», «Васатичигнай», «Чинарту» и т. д. Данные районы были полностью очищены от мятежников, инфраструктура их была уничтожена, и в результате они перестали существовать как очаги противодействия существовавшему режиму. В результате этих операций было захвачено большое количество стрелкового и тяжелого оружия, а также огромное количество боеприпасов к ним. В ходе захвата укрепленного базового района «Васатичигнай» сержант Арсенов закрыл грудью командира 3-й роты старшего лейтенанта А. Кравченко. За свой подвиг он удостоен высокого звания Героя Советского Союза посмертно.
В апреле 1986 года отряд применил по сути новый способ борьбы с караванами мятежников. РГСпН №322 под командованием лейтенанта Бескровного организовала наблюдательный пункт на господствующей в районе высоте с отметкой 2014. Обнаружив в ночное время движение автоколонны моджахедов, разведчики навели на нее вертолеты огневой поддержки, а после их удара в район стремительно вышли бронегруппы отряда, блокировав противника. Так, по сути, без риска для жизни солдат и офицеров было захвачено 6 автомобилей «Симург» с большим количеством оружия и боеприпасов. Этот способ неоднократно успешно применялся и в последующем.
Вплоть до выхода из РА отряд не снижал боевой активности в зоне своей ответственности. В ходе вывода советских частей из зоны ответственности «ЮГ» через г. Кушка в 1988 году отряд обеспечивал их безопасность, находясь в арьергарде, и вышел последним в августе 1988 года. С выводом в Союз организационно-штатная структура отряда была приведена в соответствие со штатом обычного отдельного отряда специального назначения, который входит в состав каждой бригады. Техника и часть вооружения, не соответствующие новому штату были сданы на склады. В отряде помимо штаба и управления остались три роты специального назначения, рота связи, группа минирования, автовзвод, взвод мат. обеспечения и ремонтное отделение. Из г. Кушка отряд в составе 22 обрСпН прибыл в августе 1988 года к новому месту постоянной дислокации н. п. Перекешкюль Азербайджанской ССР (КЗакВО). Не успев обустроиться, 23 ноября 1988 года отряд был привлечен для выполнения задач по поддержанию конституционного порядка в г. Баку. Располагаясь в Кировском районе города — месте компактного проживания армян — отряд нес особую нагрузку по предотвращению актов насилия и грабежей, направленных против них. Особенно трудным был 1989 год. В период с апреля по июнь 1990 года и с мая по июль 1991 года отряд принимал участие в урегулировании конфликта в Нагорном Карабахе. Группы отряда, действуя на территории Армении в районе н. п. Наямберян и Шавар Шаван, уничтожили 19 градобойных орудий, которые обстреливали населенные пункты Азербайджана. В июне 1992 года 173 ооСпН в составе 22 обрСпН был передислоцирован в пос. Ковалевка Аксайского района Ростовской области (СКВО), где и располагается в настоящее время. Так же не успев обустроиться, отряд 6 ноября был привлечен для урегулирования осетино-ингушского конфликта. На его начальном этапе разведгруппы отряда вели разведку мест дислокации незаконных вооруженных формирований чеченских и ингушских боевиков на территории Северной Осетии и Ингушетии. В дальнейшем на отряд была возложена задача по охране Временной администрации, сопровождению грузов гуманитарной помощи, а также по эвакуации мирного населения из района конфликта. В августе 1994 года отряд вернулся в п. п. д, однако спустя три месяца вновь покинул расположение части и ко 2 декабря 1994 года находился уже в Моздоке — начиналась Чеченская кампания. Разведорганы отряда участвовали в ней с самого начала, ведя разведку в интересах войск и, в частности, в интересах корпуса генерала Рохлина перед и во время штурма Грозного.
