В осенний период мятежники стремились расширить зону своего влияния в провинциях Нангархар, Бадахшан, Газни, Пактия, Герат, Гур. При этом они рассчитывали на возможное увеличение военной и финансовой помощи со стороны США и других западных государств. Как считал Ю. Халес, события в СССР подтолкнули Запад сместить акценты с политического на военный путь решения афганской проблемы, чтобы иметь возможность использовать моджахедов в интересах давления на новое советское руководство путем создания нестабильной ситуации у южных границ Советского Союза.

Мероприятия военного характера сопровождались активной антиправительственной пропагандой, направленной на разложение афганских ВС путем склонения солдат и офицеров к предательству и дезертирству (за шесть месяцев 1991 г. количество дезертиров превысило 30 тыс. чел.). Кроме того, агентура, внедренная в государственные и партийные структуры, распространяла слухи о якобы намечающемся с помощью советской стороны смещении Наджибуллы и полном прекращении поставок режиму вооружения, боевой техники и продовольствия, что влекло за собой рост неуверенности и панических настроений у сторонников режима и среди населения контролируемых госвластью районов.

В то же время в высшем партийном и государственном руководстве РА серьезно обострилась обстановка в связи с активизацией деятельности кармалистской группировки в партии «Отечество» (ПО). Непосредственным поводом для этого послужило обсуждение на июньском пленуме (11 июня 1991 г.) Центрального Совета партии «Отечество» возможности возвращения в Афганистан бывшего Генерального секретаря НДПА и председателя Ревсовета РА Бабрака Кармаля. Высказанное на пленуме Наджибуллой согласие на приезд Б. Кармаля привело к резкому усилению пропагандистской кампании кармалистов, в ходе которого сторонники бывшего руководителя РА призывались к консолидации сил в интересах сплочения всего народа вокруг Б. Кармаля «как символа истинно демократических преобразований и социальных реформ в Афганистане».

Наджибулла, обеспокоенный складывающейся ситуацией и угрозой возможных выступлений студенчества, интеллигенции, представителей военных кругов, а также активизацией деятельности руководящего ядра кармалистов во главе с М. Барьялаем (первый заместитель премьер-министра, член Исполнительного комитета Центрального Совета партии «Отечество», брат Б. Кармаля), предпринял ряд мер с целью предотвратить неконтролируемые процессы в развитии обстановки. 17 июня он провел внеочередные заседания Исполнительного комитета и Центрального Совета ПО, на которых были приняты решения об освобождении М. Барьялая от партийных и государственных постов и создании комиссии для проведения расследования и выявления всех организаторов указанной выше кампании, которая могла привести к взрыву в стране.

В выступлении на заседании ЦС ПО Наджибулла обвинил сторонников Б. Кармаля в распространении слухов о готовящемся военном перевороте заместителем председателя ПО С. Лаеком и министром обороны РА М. А. Ватанджаром.

Одновременно, исходя из оценки складывающейся обстановки в партии и особенно в армии (кармалисты занимали ведущие посты в ВС РА, в том числе начальник Генерального штаба афганской армии генерал армии М. А. Делавар, уполномоченный президента РА в провинции Кандагар генерал-полковник Н. Олюми, первый заместитель министра обороны РА, командующий войсками Кабульского гарнизона генерал армии М. Н. Азими, генерал-губернатор, командующий войсками Джелалабадского гарнизона генерал-полковник М. А. Луддин и др.), Наджибулла дал указание МГБ и МВД провести превентивные мероприятия, с тем чтобы воспрепятствовать их контактам, выработке единого плана действий, и установить контроль за их «подрывной деятельностью».

В результате предпринимаемых Наджибуллой мер была осуществлена перегруппировка сил в партии «Отечество». В то же время отмечалась активизация деятельности кармалистов по налаживанию контактов с группировкой «Хальк». При этом использовалось недовольство халькистов имевшими место против них репрессиями Наджибуллы после попытки государственного переворота в марте 1990 г. Поступали данные, что М. Барьялай заверил представителей «Хальк» об освобождении всех находящихся в заключении халькистов, в том числе и бывших членов Политбюро ЦК НДПА С. М. Зерая, Г. Д. Панджшери и других, а также возвращении на родину С. М. Гулябзоя в случае ухода с политической арены Наджибуллы.

В государственном руководстве РА значительно обострились отношения Наджибуллы и его ближайшего окружения с группой лиц (вице-президенты А. Х. Мохтат и М. Рафи и др.), которые считали себя не запятнанными сотрудничеством с режимом и поэтому могли претендовать на участие в будущем коалиционном правительстве.

Ослаблению позиций афганского руководства в стране и падению авторитета Наджибуллы способствовали резко возросшие внутриполитические противоречия и борьба за власть в высшем политическом и военном руководстве Афганистана. Фракционная борьба и разногласия в партии «Отечество» особенно обострились после возвращения в Кабул бывшего Генерального секретаря ЦК НДПА Б. Кармаля (самолетом авиакомпании «Ариана» 20 июня 1991 г.). Деятельность его сторонников создала непосредственную опасность раскола правящей партии. Кроме того, сложившаяся практика принятия важных решений единолично Наджибуллой зачастую приводила к ошибкам и искривлениям избранного курса, способствовала усилению противоречий в государственном и партийном руководстве.

В августе в поведении и деятельности президента Афганистана стала отмечаться нервозность, вызванная крупными неудачами в боевых действиях против вооруженных формирований оппозиции в летний период и усиливающейся активизацией мятежников в стратегически важных районах страны (зона Кабула, Джелалабад, Митерлам, Гардез, Газни, Кандагар, Калат, Файзабад).

Сложность ситуации в Афганистане усугублялась и тем, что в руководстве страны не только отсутствовало единство взглядов на пути реализации политики национального примирения, но и усиливались фракционизм и конфронтация. Наджибулле с большим трудом удавалось сдерживать нарастающую угрозу раскола в радах правящей партии «Отечество» (ПО) и осуществлять курс на нейтрализацию своих противников в различных звеньях государственно-административного аппарата и ВС РА.

Особое раздражение и беспокойство у Наджибуллы вызвала сдача мятежникам провинции Тахар и разгром пехотной дивизии правительственных войск. Даже после поражения в Хосте он вел себя более сдержанно. По указанию Наджибуллы, за допущенные в Тахаре просчеты были подвергнуты аресту 26 командиров частей и подразделений, действовавших в этой провинции, включая командира 55-й пд генерал-майора Абдул Рашида Татара. Виновниками сдачи Тахара были также объявлены руководители РОТА. Многие отряды этой организации в решающий момент отказались воевать или перешли на сторону Ахмад Шаха Масуда. Подвергся аресту один из членов руководства РОТА, редактор газеты «Азади» Гейрат. Угроза ареста нависла над лидером РОТА М. Кушани, который допускал критические высказывания в адрес президента РА.

Наиболее активную работу против президента РА вели сторонники Б. Кармаля. Влиятельные функционеры-кармалисты (Б. Кармаль — бывший Генсек НДПА, М. Барьялай — бывший заместитель премьер-министра РА, Н. Кавьяни — заместитель председателя ПО, Н. А. Нур — член Исполнительного комитета Центрального Совета ПО, генерал армии М. Н. Азими — первый заместитель МО, генерал армии М. А. Делавар — начальник ГШ ВС РА, генерал-полковник А. Фаттах — командующий ВВС и ПВО, генерал-полковник М. А. Луддин и другие лица) настойчиво стремились укрепить позиции своей группировки во всех институтах государственной власти в Афганистане. Для достижения поставленных целей кармалисты шли на союз с другими политическими фракциями внутри партии «Отечество» и леводемократическими организациями (РОТА, ОТА и др.).

Такая деятельность кармалистов вызывала определенную озабоченность у президента РА и заставляла его действовать. Имея информацию о намерениях сторонников Б. Кармаля организовать выступление с целью отстранения его от власти, Наджибулла готовился предпринять экстренные меры для возможной нейтрализации кармалистов. Чтобы группировка Б. Кармаля в союзе с другими силами не предприняла попытку открытого вооруженного выступления, как это имело место в марте 1990 г. со стороны халькистов во главе с Шах Наваз Танаем, президентом РА в качестве превентивных мероприятий последовательно осуществлялся курс на лишение кармалистов потенциальной опоры среди военных. В частности, вслед за отправкой в СССР генерал-полковника Н. Олюми президент РА распорядился срочно направить в Советский Союз на отдых и лечение генерал-полковника А. Луддина (лидера кармалистов в Джелалабаде), хотя последний являлся цементирующим звеном в обороне провинциального центра.