На состоявшемся в конце 1990 г. в Намангане конспиративном съезде мусульман-ваххабистов было принято решение начать борьбу за захват власти в Средней Азии. При этом указывалось на Россию как на врага ислама.

В конце же июля заместитель председателя КГБ Таджикской ССР А. Белоусов в интервью корреспонденту ТАСС заявлял, что «усиление влияния идей исламского фундаментализма в Таджикистане связано с активизацией деятельности пакистанских спецслужб, разработавших так называемую «Программу-М» по дестабилизации общественно-политической ситуации в среднеазиатских республиках и созданию условий для их выхода из состава СССР». По его словам, КГБ в то время располагало неопровержимыми фактами использования пакистанскими спецслужбами в этих целях вооруженной афганской оппозиции. Но на подобные предостережения не было соответствующей реакции со стороны союзного и республиканского руководства.

Действительно, экстремистски настроенные главари отрядов афганских мятежников постоянно совершали враждебные акции на советско-афганской границе (переходы границы, контрабанда оружия, захват скота, различные нападения и т. п.). Например, только в секторе ответственности Тахта-Базарского пограничного отряда в 1991 г. было снято более 100 мин (за каждый подорванный БТР выплачивалась круглая сумма в долларах), а также постоянно предпринимались попытки нарушения государственной границы и вооруженные нападения. Пограничниками этого отряда за год было задержано около 600 человек, из них до 40 % — вооруженных.

Дело в том, что по указанию руководителя ИССНА Азад Бека один из его полевых командиров, Моалем (по национальности туркмен, из отряда Ашура Пехлевана, провинция Фарьяб), еще в начале 1991 г. организовал несколько специально подготовленных групп, в задачу которых входило осуществление перебросок в СССР наркотиков, оружия и подрывной литературы. Они использовали несколько маршрутов перехода через афгано-советскую границу (в районе уездного центра Андхой).

Имели место случаи посещения штаба Моалема иностранными советниками по организации подрывных акций, которые проводили специальные мероприятия, а также встречались с членами группировки Азад Бека из числа советских граждан, действующих в качестве функционеров ИССНА на территории СССР.

Группы, насчитывающие в своем составе от трех до восьми человек, используя проводников из числа советских граждан туркменской и узбекской национальности, проникали на территорию СССР с контрабандными грузами. В частности, Моалем письменно докладывал Азад Беку «об успешном проведении в период августа-сентября 1991 г. двенадцати подобных переходов афгано-туркменской границы».

Однако наиболее сложная обстановка стала складываться на афгано-таджикской границе, которая на всей своей протяженности (2 тыс. км) подвергается фактически непрерывному нарушению со стороны жителей как Таджикистана, так и Афганистана. Боевики, как правило, хорошо вооружены, и огневые стычки здесь стали нормой службы для российских пограничников. Через границу просачиваются подготовленные в афганских учебных центрах боевики, разного рода «специалисты» и инструкторы. Торговля оружием и наркотиками стала самой доходной статьей мафиозных структур приграничных районов Таджикистана.

События в этом регионе стали развиваться по апробированному в Афганистане сценарию: сперва пропагандистская, проповедническая деятельность, потом организация и создание нелегальных вооруженных формирований и затем переход к активным действиям по захвату власти.

Во второй половине 1992 г. ситуация в Таджикистане вышла из-под контроля правительства. Руководство республики оказалось в растерянности и не в состоянии оказать должного влияния на урегулирование создавшегося положения. Власть в стране фактически перешла к оппозиции. К тому же на фоне политического и экономического кризиса, охватившего республику, верх стала одерживать политика решения накопившихся проблем с позиции силы, что привело к многочисленным жертвам среди мирного населения, уничтожению материальных ценностей. В стране вспыхнула гражданская война. Она принесла голод и хаос, кровь и боль, страдания и смерть. Число жертв стало исчисляться тысячами. Большое количество жителей в Кулябе, Курган-Тюбе и других населенных пунктах оказались беженцами и бездомными в своей собственной стране. Стали набирать силу экстремистско-исламистские и крайне националистические тенденции.

И все же правительству Республики Таджикистан удалось организовать отпор выступлению исламистов. В середине декабря 1992 г. они были выбиты из столицы, большинство их отрядов были разгромлены, часть ушла в горы или на афганскую территорию. После этого поражения формирования исламистов стали готовиться к проведению операции «Возмездие», создавая тем самым предпосылки для продолжения кровопролития в Таджикистане. Началась насильственная переправа беженцев на афганскую территорию (около 60 тыс. чел.). Этому способствовали действия таджикских исламских фундаменталистов и их союзников из Афганистана.

В конце января 1993 г. в Пешаваре прошло совещание представителей мусульманских стран. На нем были рассмотрены меры «по оказанию помощи таджикским братьям в их «священной войне». Было принято решение во главе отрядов боевиков ставить афганцев, обладающих опытом партизанской войны против Советской Армии, а также выделить таджикской оппозиции часть доходов от торговли наркотиками, поставляемыми на Запад, для закупки оружия и военного снаряжения». Некоторые лаборатории по переработке мака-сырца в афганских провинциях Бадахшан, Кунар и Нангархар переданы в распоряжение таджиков. Однако интересы панисламистов выходят далеко за пределы Таджикистана, они распространяются на всю Среднюю Азию, и не только.