Главными проблемами в первые годы правления Перикла были дела военные. Афины воевали с Персией в Египте, поддержав восстание ливийца Инара, а в Греции военные столкновения происходили с Коринфом, Эпидавром, Эгиной и Спартой. В Египте афинские войска потерпели полное поражение. Инар был взят в плен и распят, а афиняне, окруженные на небольшом острове в дельте Нила, после многомесячной осады, в 454 году до н. э., сдались на милость победителям. Также и в Греции в сражении при Танагре афиняне под предводительством Перикла в 457 году до н. э. были разбиты спартанцами. Тогда Перикл, признав, что Кимон – гораздо лучший полководец, чем он сам, согласился удовлетворить требования народа и досрочно вернуть Кимона из ссылки. Кимон возглавил афинскую армию во время похода на Кипр, который он надеялся отвоевать у персов. Но во время похода он тяжело заболел и умер. Смерть Кимона была на руку Периклу, так как ослабила противостоявшую ему аристократическую партию.
Персидская и спартанская угроза заставили союзников сплотиться вокруг Афин. Для борьбы с персами Перикл унаследовал от предшественников Делосский морской союз – конфедерацию греческих городов-государств, в которой главенствовали Афины, обладавшие самой внушительной казной и флотом. Он пообещал беречь этот союз и не допустить персидский флот в омывающие Грецию моря. Перикл добился переноса союзной казны, взносы в которую делали 200 городов-государств, из Делоса в Афины. Периклу удалось убедить союзников, что только под охраной сильного афинского флота деньги будут в безопасности. Теперь Перикл мог бесконтрольно распоряжаться сотнями талантов союзных взносов ежегодно.
Тем временем в Греции военное счастье повернулось лицом к афинянам. Под руководством Кимона они разгромили в 457 году до н. э. беотийцев при Энофитах. В 458 году до н. э. афинская армия взяла Эгину, которой пришлось отныне вступить в Делосский союз и сделать туда максимальный среди других союзников взнос в 30 талантов. Афинский флот предпринял несколько экспедиций против Пелопоннеса. Одну из них возглавил лично Перикл. Как отмечал Плутарх, во время успешных боевых действий Перикл показал себя врагам грозным, а согражданам – осторожным и энергичным полководцем. Но сам Перикл прежде всего считал себя политиком, и лишь во вторую очередь – полководцем.
В 451–450 годах до н. э. со спартанцами было заключено пятилетнее перемирие. Его удалось добиться Кимону, которому спартанцы доверяли больше, чем Периклу. Однако вскоре войско Спарты вторглось в Среднюю Грецию, чтобы помочь дельфийцам, восставшим против спартанских союзников фокиян. Перикл лично возглавил афинское войско, которое изгнало спартанцев из Фокеи, после чего афинский стратег торжественно вернул фокиянам Дельфийское святилище. Перикл знал, что дипломатией порой можно достичь большего, чем захватить с помощью меча. В 449 году до н. э. Кимон, предварительно разбив персидское войско, заключил по поручению Перикла мир с Персией. Персы сохранили за собой Кипр, но отказались от притязаний на малоазийские греческие полисы. Персидскому флоту также на 50 лет было запрещено появляться в Эгейском море.
Но в 447 году до н. э. фиванцы захватили Херонею и Орхомен. В народном собрании Афин были сильны настроения против немедленного проведения операции возмездия – иначе беотийские союзники Афин могут перейти в лагерь Спарты. Однако Перикл считал, что надо соблюдать осторожность и не полагаться на волю переменчивого военного счастья. Стратегу Толмиду, который готов был во главе отряда добровольцев отправиться в Беотию, Перикл безуспешно советовал послушать самого надежного советника – время. Отряд Толмида был разгромлен, а сам он погиб. Когда же восстала Эвбея, отпадение которой создавало непосредственную угрозу Афинам, обеспечивая хороший плацдарм для высадки десанта, Перикл лично возглавил карательную экспедицию. Когда он был на Эвбее, пришло известие о мятеже в Мегарах, где истребили афинский гарнизон. В это время спартанский царь Плистонакс с армией подошел к границе Аттики. Срочно вернувшемуся в Афины Периклу удалось договориться с фактическим командующим спартанскими войсками полководцем Клеандром о том, что за взятку в 10 талантов он уведет спартанцев из Аттики. Потом Клеандру пришлось бежать из Спарты, так как соотечественники за измену приговорили его к смерти. На Плистонакса же наложили столь большой штраф, что он не смог его уплатить и вынужден был покинуть родину. Перикл же спокойно вернулся на Эвбею и завершил покорение острова. В 445 году между Афинами и возглавляемым Спартой Пелопоннесским союзом был заключен Тридцатилетний, или, как его называли современники, Периклов мир, по которому Афины признавали Пелопоннес сферой влияния Спарты, а та, в свою очередь, согласилась считать Аттику и государства Делосского союза сферой преимущественных афинских интересов. Перикл никогда не опускался до популизма. Принадлежа к древнему аристократическому роду, он смог завоевать также симпатии демократов, благодаря своей способности к компромиссам и уникальному ораторскому дару. Он направил свои усилия на то, чтобы предоставить гражданские права афинским беднякам. Перикл отменил имущественный ценз при избрании на государственные должности и ввел ежедневное жалованье за исполнение этих должностей. Тем самым был открыт путь во власть беднякам.
Перикл отличался в высшей степени рациональным мышлением и был чужд всякого рода суеверий. Периклу в течение почти четверти века удалось поддерживать относительный мир и стабильность в Элладе. Он также основал многие афинские колонии на черноморском побережье и в Южной Италии. На землях государств – членов Афинского союза также были созданы поселения – клерухии, где каждый афинянин мог безвозмездно получить небольшой участок обрабатываемой земли. Здесь же создавались военные гарнизоны, что гарантировало контроль Афин за союзниками. Заодно решалась проблема расселения за пределы Афин тех, кто не мог найти достойного занятия на родине.
При Перикле в Афинах развернулось строительство, небывалое за всю историю города. В частности, был построен Одеон – круглое здание для музыкальных представлений. Наиболее значительные здания и скульптуры возводились под руководством великого ваятеля и архитектора Фидия – друга Перикла. Уже в те времена распределение наиболее выгодных строительных контрактов среди своих родственников и друзей было обычным делом, и Перикл тоже не избежал этого соблазна. И за это его справедливо критиковали политические противники, упрекая, что он переводит союзную казну на золото и дорогие стройматериалы для украшения Афин. Согласно Плутарху, Перикл ответил на нападки следующим образом: «Афиняне не обязаны давать союзникам отчет в деньгах, потому что они ведут войну в защиту общих интересов и сдерживают варваров, тогда как союзники не поставляют ничего для ведения войны – ни людей, ни лошадей, ни кораблей, а лишь платят денежные взносы. Поэтому деньги принадлежат не тому, кто их дает, а тому, кому их дают, если он обеспечивает то, за что ему платят. Но если государство имеет достаточно предметов для ведения войны, оно вольно тратить богатство на такие работы, которые после их завершения дадут государству вечную славу, а во время исполнения будут служить источником благосостояния, так как дадут работу многим и разовьют новые потребности, которые будут занимать новые рабочие руки и создавать новые ремесла. Таким образом доставляется заработок чуть ли не всему государству, которое само себя содержит и кормит».
В 432 году до н. э. любовница Перикла Аспасия и его учитель Анаксагор были обвинены в непочтении к богам, а его друг великий скульптор Фидий – в растрате государственных средств. В связи с этим Перикл был отстранен от власти. Несколько недель спустя афиняне раскаялись и призвали Перикла обратно, наделив его еще большими полномочиями. Перикл пытался собрать в Афинах конгресс всех греческих полисов для урегулирования отношений между ними, но это мероприятие сорвалось из-за противодействия Спарты. Тем не менее Периклу удалось добиться переноса казны Делосского морского союза с Делоса в Афины. Зависимость союзников от Афин усилилась. Размер их взносов в союзную казну накануне Пелопоннесской войны достиг громадной по тем временам суммы в 600 талантов в год. По словам Плутарха, Перикл «направлял силы государства главным образом на охрану и укрепление уже завоеванного, считая, что достаточным будет остановить рост могущества Спарты, а не умножать и далее афинские владения».